
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=iso-8859-1"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Hi,</div><div><br></div><div>After applying the patch, we unfortunately had another issue with that file from one of our customers.</div><div><br></div><div>The orient code of the header is 3 (flipped transverse), which was not handled by the itkAnalyzeIO.&nbsp;</div><div><br></div><div>Applying the patch partially solved the issue, but the image is still flipped.</div><div><br></div><div>I noted a comment in itkAnalyzeDbh.h (I am using ITK 3.20).</div><div><br></div><div>It looks like orient codes 3, 4 and 5 are expected to have the middle axis flipped since they use a different coordinate system as 0, 1 and 2 (left-handed vs right handed).</div><div><br></div><div>I'd first like to confirm that behaviour.</div><div>I'd also like to have an idea of if/how easy or hard it would be to solve that issue.</div><div><br></div><div>Thank you,</div><div><br></div><div>Mathieu</div><div><br></div><div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">/**&lt; The 'orient' field in the data_history structure specifies the primary</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; orientation of the data as it is stored in the file on disk.&nbsp; This</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; usually corresponds to the orientation in the plane of acquisition,</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; given that this would correspond to the order in which the data is</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; written to disk by the scanner or other software application.</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); min-height: 15px; "><br></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; It would be vary rare that you would ever encounter any old ANALYZE 7.5</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; files that contain values of 'orient' which indicate that the data has been</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 'flipped'.&nbsp; The 'flipped flag' values were really only used internal to the</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Analyze program to precondition data for fast display in the Movie module,</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; where the images were actually flipped vertically in order to accommodate</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; the raster paint order on older graphics devices.&nbsp; The only cases you will</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; encounter will have values of 0, 1, or 2.</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); min-height: 15px; "><br></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; - hdr-&gt;orient&nbsp; "MayoClinic/Analyze" &nbsp; Origin &nbsp; dims[1]&nbsp; dims[2]&nbsp; dims[3]</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; - ======================================================================</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; - 0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; transverse-unflipped &nbsp; IRP &nbsp; &nbsp; &nbsp; R-&gt;L &nbsp; &nbsp; P-&gt;A&nbsp; &nbsp; I-&gt;S</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; - 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; coronal-unflipped&nbsp; &nbsp; &nbsp; IRP &nbsp; &nbsp; &nbsp; R-&gt;L &nbsp; &nbsp; I-&gt;S&nbsp; &nbsp; P-&gt;A</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; - 2&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; sagittal-unflipped &nbsp; &nbsp; IRP &nbsp; &nbsp; &nbsp; P-&gt;A &nbsp; &nbsp; I-&gt;S&nbsp; &nbsp; R-&gt;L</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; - 3&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; transverse-flipped &nbsp; &nbsp; IRA &nbsp; &nbsp; &nbsp; R-&gt;L &nbsp; &nbsp; A-&gt;P&nbsp; &nbsp; I-&gt;S</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; - 4&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; coronal-flipped&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; SRP &nbsp; &nbsp; &nbsp; R-&gt;L &nbsp; &nbsp; S-&gt;I&nbsp; &nbsp; P-&gt;A</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; - 5&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; sagittal-flipped &nbsp; &nbsp; &nbsp; ILP &nbsp; &nbsp; &nbsp; P-&gt;A &nbsp; &nbsp; I-&gt;S&nbsp; &nbsp; L-&gt;R</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; - Where the Origin disignators are with respect to the patient</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; - [(I)nferior|(S)uperior] [(L}eft|(R)ight] [(A)nterior|(P)osterior]</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); min-height: 15px; "><br></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; SPECIAL NOTE:&nbsp; THE BEHAVIOR OF THIS IO ROUTINE DIFFERS FROM THAT OF ANALYZE!</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; NO RE_ORIENTATION OF THE DATA WILL OCCUR IN THE ITK IMPLEMENTATION.</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Upon loading into the Analyze program, all data is reoriented into the</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3D Analyze Coordinate System.</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; The orientation of patient anatomy in the 3D Analyze Coordinate System</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; has a fixed orientation relative to each of the orthogonal axes.</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; This coordinate system does fix the origin in the subject's</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Inferior-Right-Posterior location relative to anatomy, with a</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; left-handed coordinate system for specification of the other</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; anatomy relative to the axes as given here:</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; - X-Y plane is Transverse</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; - X-Z plane is Coronal</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; - Y-Z plane is Sagittal</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">where:</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">- X axis runs from patient right (low X) to patient left (high X)</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">- Y axis runs from posterior (low Y) to anterior (high Y)</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Monaco; color: rgb(0, 132, 0); ">- Z axis runs from inferior (low Z) to superior (high Z)</div></div><div><br></div><div><br></div><br><div><div>On 2013-03-25, at 6:26 PM, Sean McBride &lt;<a href="mailto:sean@rogue-research.com">sean@rogue-research.com</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">On Mon, 25 Mar 2013 22:05:45 +0000, Matt McCormick said:<br><br><blockquote type="cite">After adding some missing colons :-)<br></blockquote><br>Whoops! &nbsp;I blame my coworker! :)<br><br><blockquote type="cite">the patch has been pushed:<br><br> <a href="http://itk.org/gitweb?p=ITK.git;a=c">http://itk.org/gitweb?p=ITK.git;a=c</a><br>ommit;h=a9fd63e26738f3c1449133c8077c67e072d1202a<br></blockquote><br>Thanks!<br><br>-- <br>____________________________________________________________<br>Sean McBride, B. Eng &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:sean@rogue-research.com">sean@rogue-research.com</a><br>Rogue Research &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="http://www.rogue-research.com">www.rogue-research.com</a> <br>Mac Software Developer &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Montr�al, Qu�bec, Canada<br><br><br>_______________________________________________<br>Powered by <a href="http://www.kitware.com">www.kitware.com</a><br><br>Visit other Kitware open-source projects at<br><a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br><br>Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>http://kitware.com/products/protraining.php<br><br>Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ<br><br>Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-developers<br></blockquote></div><br></body></html>