<div dir="ltr">Hi Matt, <div><br></div><div>Thanks for updating the release branch with the missing commits. </div><div><br></div><div>Slicer now compiles successfully and I confirm that the associated issues are resolved. See [1][2]</div>

<div><br></div><div style>Slicer has just been updated to build against the tip of the ITKv4 release branch (23793286). See <a href="http://viewvc.slicer.org/viewvc.cgi/Slicer4?view=revision&amp;revision=22355">http://viewvc.slicer.org/viewvc.cgi/Slicer4?view=revision&amp;revision=22355</a></div>

<div><br></div><div style>Thanks</div><div style>Jc</div><div><br></div><div>[1] <a href="http://na-mic.org/Bug/view.php?id=2945">http://na-mic.org/Bug/view.php?id=2945</a></div><div style>[2] <a href="http://na-mic.org/Bug/view.php?id=3254">http://na-mic.org/Bug/view.php?id=3254</a></div>

</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Aug 28, 2013 at 11:52 PM, Matt McCormick <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com" target="_blank">matt.mccormick@kitware.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Jc,<br>
<br>
Thank you very much for testing and the investigation!<br>
<br>
I did not turn the ITKIODCMTK Module when building and testing, and I<br>
missed those errors.<br>
<br>
It looks like Kent made some more patches before the 4.4.1 release<br>
that were not merged until after the release.  It is a good thing he<br>
writes good tests :-).<br>
<br>
I added the following:<br>
<div class="im"><br>
BUG: Need to set 3rd dir cosine for DICOM images<br>
</div>DOC: Rename DCMTKException DCMTKExceptionOrErrorReturn<br>
<div class="im">ENH: Accomodate Philips 4D Multiframe DICOM files<br>
<br>
</div>Build/test was verified.<br>
<br>
<br>
The other possible patch to be added depending on tomorrow&#39;s dashboard:<br>
<br>
  <a href="http://itk.org/gitweb?p=ITK.git;a=commit;h=6c095c513e22730d6b5d185d14338353136a5eb5" target="_blank">http://itk.org/gitweb?p=ITK.git;a=commit;h=6c095c513e22730d6b5d185d14338353136a5eb5</a><br>
<br>
This only effects WrapITK.<br>
<br>
<br>
Thanks,<br>
Matt<br>
<br>
<br>
On Wed, Aug 28, 2013 at 10:57 PM, Jean-Christophe Fillion-Robin<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">&lt;<a href="mailto:jchris.fillionr@kitware.com">jchris.fillionr@kitware.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; That patch should fix the release branch:<br>
&gt;<br>
&gt; diff --git a/Modules/IO/DCMTK/src/itkDCMTKImageIO.cxx<br>
&gt; b/Modules/IO/DCMTK/src/itkDCMTKImageIO.cxx<br>
&gt; index ee107a0..0f2abdd 100644<br>
&gt; --- a/Modules/IO/DCMTK/src/itkDCMTKImageIO.cxx<br>
&gt; +++ b/Modules/IO/DCMTK/src/itkDCMTKImageIO.cxx<br>
&gt; @@ -267,15 +267,8 @@ void DCMTKImageIO::ReadImageInformation()<br>
&gt;    reader.GetDimensions(rows,columns);<br>
&gt;    this-&gt;m_Dimensions[0] = columns;<br>
&gt;    this-&gt;m_Dimensions[1] = rows;<br>
&gt; -  if(numPhases == 1)<br>
&gt; -    {<br>
&gt; -    this-&gt;m_Dimensions[2] = reader.GetFrameCount();<br>
&gt; -    }<br>
&gt; -  else<br>
&gt; -    {<br>
&gt; -    this-&gt;m_Dimensions[2] = reader.GetFrameCount() / numPhases;<br>
&gt; -    this-&gt;m_Dimensions[3] = numPhases;<br>
&gt; -    }<br>
&gt; +  this-&gt;m_Dimensions[2] = reader.GetFrameCount();<br>
&gt; +<br>
&gt;    vnl_vector&lt;double&gt; rowDirection(3),columnDirection(3),sliceDirection(3);<br>
&gt;    reader.GetDirCosines(rowDirection,columnDirection,sliceDirection);<br>
&gt;    // orthogonalize<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On Wed, Aug 28, 2013 at 6:49 PM, Jean-Christophe Fillion-Robin<br>
&gt; &lt;<a href="mailto:jchris.fillionr@kitware.com">jchris.fillionr@kitware.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Hi Matt,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; The commits associated with file  Modules/IO/DCMTK/src/itkDCMTKImageIO.cxx<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; on release branch are:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; * 376aeec - BUG: Row/Column assignment into ImageDimensions was wrong (7<br>
&gt;&gt; hours ago) &lt;Kent Williams&gt;<br>
&gt;&gt; * ca8dedd - BUG: Dicom method for Dir Cosines made non-orthogonal<br>
&gt;&gt; directions (4 months ago) &lt;Kent Williams&gt;<br>
&gt;&gt; * 9c530ae - COMP: Fix all valid cppcheck warnings in &quot;ITK/Module&quot;<br>
&gt;&gt; directory (5 months ago) &lt;Ali Ghayoor&gt;<br>
&gt;&gt; * e081d83 - ENH: Add DCMTKImageIO to ITK (10 months ago) &lt;Kent Williams&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; on master branch are:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; * d30bd1f - BUG: Row/Column assignment into ImageDimensions was wrong (6<br>
&gt;&gt; days ago) &lt;Kent Williams&gt;<br>
&gt;&gt; * 4207729 - ENH: Accomodate Philips 4D Multiframe DICOM files (6 weeks<br>
&gt;&gt; ago) &lt;Kent Williams&gt;<br>
&gt;&gt; * df53542 - BUG: Need to set 3rd dir cosine for DICOM images (6 weeks ago)<br>
&gt;&gt; &lt;Kent Williams&gt;<br>
&gt;&gt; * ca8dedd - BUG: Dicom method for Dir Cosines made non-orthogonal<br>
&gt;&gt; directions (4 months ago) &lt;Kent Williams&gt;<br>
&gt;&gt; * 9c530ae - COMP: Fix all valid cppcheck warnings in &quot;ITK/Module&quot;<br>
&gt;&gt; directory (5 months ago) &lt;Ali Ghayoor&gt;<br>
&gt;&gt; * e081d83 - ENH: Add DCMTKImageIO to ITK (10 months ago) &lt;Kent Williams&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Considering the numPhases variable has been introduced by commit 4207729,<br>
&gt;&gt; I would suggest to also backport it.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Not sure about &quot;df53542&quot; what would be the implication for Slicer ?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Steve, Kent: Could you comment ?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Thanks<br>
&gt;&gt; Jc<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On Wed, Aug 28, 2013 at 6:38 PM, Jean-Christophe Fillion-Robin<br>
&gt;&gt; &lt;<a href="mailto:jchris.fillionr@kitware.com">jchris.fillionr@kitware.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Hi Matt,<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; I tried to locally build against the latest commit (3b54bc800) of the<br>
&gt;&gt;&gt; release branch and ITKv4 failed to build.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Here is the error:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; [ 99%] Building CXX object<br>
&gt;&gt;&gt; Modules/IO/DCMTK/src/CMakeFiles/ITKIODCMTK.dir/itkDCMTKImageIO.cxx.o<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; /home/jchris/Projects/Slicer-AHM-Superbuild-Release/ITKv4/Modules/IO/DCMTK/src/itkDCMTKImageIO.cxx:<br>
&gt;&gt;&gt; In member function ‘virtual void itk::DCMTKImageIO::ReadImageInformation()’:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; /home/jchris/Projects/Slicer-AHM-Superbuild-Release/ITKv4/Modules/IO/DCMTK/src/itkDCMTKImageIO.cxx:270:<br>
&gt;&gt;&gt; error: ‘numPhases’ was not declared in this scope<br>
&gt;&gt;&gt; At global scope:<br>
&gt;&gt;&gt; cc1plus: warning: unrecognized command line option &quot;-Wno-long-double&quot;<br>
&gt;&gt;&gt; make[2]: ***<br>
&gt;&gt;&gt; [Modules/IO/DCMTK/src/CMakeFiles/ITKIODCMTK.dir/itkDCMTKImageIO.cxx.o] Error<br>
&gt;&gt;&gt; 1<br>
&gt;&gt;&gt; make[1]: *** [Modules/IO/DCMTK/src/CMakeFiles/ITKIODCMTK.dir/all] Error 2<br>
&gt;&gt;&gt; make: *** [all] Error 2<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Jc<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; On Wed, Aug 28, 2013 at 6:14 PM, Jean-Christophe Fillion-Robin<br>
&gt;&gt;&gt; &lt;<a href="mailto:jchris.fillionr@kitware.com">jchris.fillionr@kitware.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Hi Matt,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Thanks for backporting these commit to the release branch. Today, I plan<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; on updating the ITK has used by Slicer from 35b90133a7 to 3b54bc800.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; If you plan on backporting other commits before the end of the day, let<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; me know.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Thanks<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Jc<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; On Wed, Aug 28, 2013 at 5:54 PM, Matt McCormick<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; &lt;<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com">matt.mccormick@kitware.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Thanks for the feedback.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Current list:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Arnaud Gelas (2):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;       BUG: Check that region for thread is not empty<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;       BUG: Fix failure in InteractivePause test<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Dirk Padfield (1):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;       BUG: ConstPointer assigned to non-const raw pointer<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Jim Miller (2):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;       BUG: GDCMImageIO ignore image orienations from MetaDataDictionary<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;       BUG: Two tests were writing to same filename.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Jonathan Guinet (1):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;       BUG: {Opening,Closing}ByReconstructionImageFilter information<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; propagation<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Kent Williams (2):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;       BUG: Guard against Divide by Zero<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;       BUG: Row/Column assignment into ImageDimensions was wrong<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Matthew McCormick (7):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;       BUG: Add missing ITKOpenJPEG dependency for ITKReview Module.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;       COMP: ITKOpenJPEG EXCLUDE_FROM_ALL.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;       BUG: Fix Module_Review enable with a single configure.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;       COMP: Do not try to include float.h for MinGW.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;       BUG: itkSingleLevelSetsv4WhitakerImage2DTest output clobber.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;       COMP: Avoid MetaIO config conflict with USE_SYSTEM_GDCM.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Xiaoxiao Liu (4):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;       ENH: Exclude ITKGDCM module when system GDCM is ON.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;       BUG: A fix for using sys installed GDCM.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;       COMP: New baseline image for MultiResImageRegistrationTest.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; On Wed, Aug 28, 2013 at 2:10 PM, Johnson, Hans J<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &lt;<a href="mailto:hans-johnson@uiowa.edu">hans-johnson@uiowa.edu</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; Matt,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; Kent&#39;s changes are definitely a good candidate.  It was clearly a bug<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; that<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; rarely affects the results (due to most data being square).  But for<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; non-square data it was a bug.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; Hans<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; On 8/28/13 8:38 AM, &quot;Bradley Lowekamp&quot; &lt;<a href="mailto:blowekamp@mail.nih.gov">blowekamp@mail.nih.gov</a>&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;Matt,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;I believe the Slicer developers were talking about Jim&#39;s GDCM patches<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;would be good in the release branch.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;Also it looked like these from Gordon and Kent may be import IO fixes<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; as<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;well:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; BUG: airOneLinify() infinite loop, synch w/ Teem for its 1.11.1<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; release<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; BUG: Row/Column assignment into ImageDimensions was wrong<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;Brad<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;On Aug 28, 2013, at 12:22 AM, Matt McCormick<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt; &lt;<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com">matt.mccormick@kitware.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Hi,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Requesting feedback for patches to include on the release branch<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; for<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;v4.4.2.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Currently:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Matthew McCormick (3):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Add missing ITKOpenJPEG dependency for ITKReview Module.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: ITKOpenJPEG EXCLUDE_FROM_ALL.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Fix Module_Review enable with a single configure.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Sean McBride (1):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: Fixed compiler error in C++11<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Xiaoxiao Liu (1):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Exclude ITKReview when ITK_USE_REVIEW if off.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Although the last one will be reverted to prevent unexpected<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; behavior<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; on a bugfix release.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Patches since v4.4.1 release:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Ali Ghayoor (3):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: transform reader/writer filters are templated on output<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; precision type<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Fix memory leak error in itkHDF5TransformIO<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      DOC: Migration guide is updated for multi precision of ITK<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Arnaud Gelas (9):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Check that region for thread is not empty<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: use concept checking instead of runtime checking<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Fix failure in InteractivePause test<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: updating level sets sparse layer visualization<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Upgrade doxygen config file<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: fix KWStyle errors in itkVTKVisualize* files<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Fix visualization of 3D level-sets<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Add Concept checking for 2D Visualization<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Use partial template specialization for iso value vis<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Bill Lorensen (1):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Reduce test times for Debug builds<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Brad King (1):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      MetaIO: Removed the deprecated _CM24 CMake variables<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Bradley Lowekamp (14):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Enabling shared IO modules on windows<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      DOC: adding Examples directory to ITK Doxygen<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      DOC: remove explicit doxygen example commands now<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; automatically<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;added<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: add installation of Export headers<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Remove ENABLED_SHARED option for IOSpatialObjects module<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Fix linking of factory register method on static windows<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      STYLE: Fix some style errors reported in continuous test<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Remove Spurious testing file<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: Use relative path for generate output header parameter<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Enable slice-by-slice streaming for ShrinkImageFilter<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      STYLE: Fix ShrinkImageStreamingTest style<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      PERF: Flip filter use increment in scanline direction<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      PERF: Additional FlipImageFilter performance by using input<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;iterator<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      PERF: Move test to IntegratedTest directory<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Brian Helba (10):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      STYLE: Unify style of &quot;operator delete[]&quot;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      STYLE: Remove superfluous return statements at the end of void<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;functions<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      STYLE: Fix miscellaneous KWStyle errors<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Remove superfluous IMMEDIATE option from CMake<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; CONFIGURE_FILE<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      STYLE: Replace Unicode in ITK source with ASCII homoglyphs<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Use MINC API to free memory allocated by MINC<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      PERF: Allow delete of NULL pointers<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      PERF: Refactor some deletion code<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Refactor KWStyle testing<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: Make find_package usage compatible with &lt; CMake-2.8.8<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; C Cagatay Bilgin (1):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      DOC: Modify ShapeLabelObject comments.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Cyrille Faucheux (1):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Fix support for RLE-compressed &amp; upper-left BMP.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Dirk Padfield (2):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: ConstPointer assigned to non-const raw pointer<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Otsu code replaced with OtsuMultiple call<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Gordon Kindlmann (1):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: airOneLinify() infinite loop, synch w/ Teem for its<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; 1.11.1<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;release<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Irina Vidal-Migallon (3):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Remote module: GPU and CPU Smoothing recursive YVV<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Gaussian<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;Filter<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Remote module: GPU and CPU Smoothing recursive YVV<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Gaussian<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;Filter<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: YVV remote module - Add EXCLUDE_FROM_ALL option to<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; itk_module.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Jim Miller (2):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: GDCMImageIO ignore image orienations from<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; MetaDataDictionary<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Two tests were writing to same filename.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Jonathan Guinet (1):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: {Opening,Closing}ByReconstructionImageFilter information<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;propagation<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Kent Williams (2):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Guard against Divide by Zero<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Row/Column assignment into ImageDimensions was wrong<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Kishore Mosaliganti (6):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Allow visualization of initial level-set<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Add Set/GetNumberOfThreads for evolution<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: New binary mask term with test<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Set/Get number of threads for Whitaker evolution class<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Non-square images mesh not specified correctly<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Set the scaling factor of the level-set function<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Luis Ibanez (4):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      STYLE: Fixed miscelaneous style errors.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      DOC: Removed Doxygen \example tags for Tests.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: Fix warnings in matrix division by scalar.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: Attempt to fix warning about \param.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Mark Hiner (1):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      STYLE: update SCIFIO module name<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Matthew McCormick (23):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Add missing ITKOpenJPEG dependency for ITKReview Module.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: ITKOpenJPEG EXCLUDE_FROM_ALL.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: Fix invalid Doxygen LaTeX formula.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Fix Module_Review enable with a single configure.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: Wrap cost functions for templated precision.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Fix Module_Review enable with a single configure.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      DOC: Fix GradientDescentOptimizer doc grammar.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Using consistent naming for Transform template name<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; change.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Remove unused QUASI_NEWTON_STEP_ERROR.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: Do not try to include float.h for MinGW.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      STYLE: TScalarType -&gt; TScalar<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: Fix NIFTI CMake variable separation warning.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Use Transform::Clone() in ImageToImageMetric.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: Remove redundant Typename structs. #3195.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      STYLE: Fix include guard in level set visualization.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Use file(COPY .. instead of exec_process.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: Fix transform wrapping errors with ITK_WRAP_double OFF.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      DOC: Fix spelling errors in FourierDescriptors1.cxx.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Fix ITK_USE_REVIEW compatibility set syntax.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: Avoid MetaIO config conflict with USE_SYSTEM_GDCM.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: itkSingleLevelSetsv4WhitakerImage2DTest output clobber.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Test conversion writing float transform with templateless<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;writer.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: BMPImageIO buffer size computation.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Nick Tustison (1):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH:  Added B-spline registration test.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Sean McBride (1):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: Fixed compiler error in C++11<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Sureerat Reaungamornrat (1):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Make SetFixedImageRegion a virtual function<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Taylor Braun-Jones (1):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: Remove unused TransformFileWriter::m_Precision ivar<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Xiaoxiao Liu (11):<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: Relax tolerance for a regression test.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Exclude ITKGDCM module when system GDCM is ON.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Exclude ITKReview when ITK_USE_REVIEW if off.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: A fix for using sys installed GDCM.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: ITK_USE_Review did not turn Review module ON.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Simplify the steps to build remote modules.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Turn remote module LSTK off by default.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Deprecate ITK_USE_REVIEW.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      DOC: Migration guide for ITK_USE_REVIEW deprecation.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Remote module names need to be consistent.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: New baseline image for MultiResImageRegistrationTest.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Planned to include for the bugfix release if they apply cleanly on<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; the<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; release branch:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Arnaud Gelas:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Check that region for thread is not empty<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Fix failure in InteractivePause test<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Dirk Padfield:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: ConstPointer assigned to non-const raw pointer<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Jim Miller:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: GDCMImageIO ignore image orienations from<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; MetaDataDictionary<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Two tests were writing to same filename.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Jonathan Guinet:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: {Opening,Closing}ByReconstructionImageFilter information<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;propagation<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Kent Williams:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Guard against Divide by Zero<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: Row/Column assignment into ImageDimensions was wrong<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Matthew McCormick:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: Do not try to include float.h for MinGW.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: Remove redundant Typename structs. #3195.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: itkSingleLevelSetsv4WhitakerImage2DTest output clobber.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Sean McBride:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: Fixed compiler error in C++11<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Xiaoxiao Liu:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: Relax tolerance for a regression test.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      ENH: Exclude ITKGDCM module when system GDCM is ON.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      BUG: A fix for using sys installed GDCM.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;      COMP: New baseline image for MultiResImageRegistrationTest.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Please reply in this thread if the proposed additional patches are<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; not<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; simple bug fixes that address critical issues or if some patches<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; were<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; left out.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Thanks,<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Matt<br>
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&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
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