<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content=text/html;charset=iso-8859-7>
<META content="MSHTML 6.00.6000.16640" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY id=MailContainerBody 
style="PADDING-RIGHT: 10px; PADDING-LEFT: 10px; PADDING-TOP: 15px" 
bgColor=#ffffff leftMargin=0 topMargin=0 CanvasTabStop="true" 
name="Compose message area">
<DIV><FONT face=Arial size=2>I use the example <FONT face=Courier 
size=2>Examples/IO/DicomSeriesReadImageWrite2.cxx 
<P><FONT face=Arial>to read a DICOM series and write the volume as a .mha. When 
i visualize the volume using vtk i get the following </FONT></P>
<P><FONT face=Arial><A 
title="http://img122.imageshack.us/img122/718/vtkvolumeod4.jpg&#10;CTRL + Click to follow link" 
href="http://img122.imageshack.us/img122/718/vtkvolumeod4.jpg">http://img122.imageshack.us/img122/718/vtkvolumeod4.jpg</A></FONT></P>
<P><FONT face=Arial>When i visualize the volume brainweb1e1a10f20.mha that i get 
from ITK data the result is this</FONT></P>
<P><FONT face=Arial><A 
title="http://img59.imageshack.us/img59/8670/vtkvolumenormalco1.jpg&#10;CTRL + Click to follow link" 
href="http://img59.imageshack.us/img59/8670/vtkvolumenormalco1.jpg">http://img59.imageshack.us/img59/8670/vtkvolumenormalco1.jpg</A></FONT></P>
<P><FONT face=Arial>As you can see the first volume has not opacity at all. I 
mean i cannot see the brain inside the skull. Moreover the volume looks more 
like a cube to me cause of the images that compose it. The main problem is that 
i want to create a registration application and the registration will take hours 
if the volumes i create look like the first one, not to say that it will give me 
errors at the end. <FONT face=Arial>What am i doing wrong? Or is it chance a 
fault of the DICOM dataset i am using? </FONT></P></FONT>
<P><FONT face=Arial>Here is the code of </FONT><FONT 
face=Courier>DicomSeriesReadImageWrite2.cxx</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>{</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>typedef&nbsp;signed short&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
PixelType;<BR>&nbsp;const unsigned int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dimension = 
3;</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>&nbsp;typedef itk::OrientedImage&lt; PixelType, Dimension 
&gt; ImageType;</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>&nbsp;typedef itk::ImageSeriesReader&lt; ImageType &gt; 
ReaderType;<BR>&nbsp;ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>&nbsp;typedef 
itk::GDCMImageIO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
ImageIOType;<BR>&nbsp;ImageIOType::Pointer dicomIO = 
ImageIOType::New();</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>&nbsp;reader-&gt;SetImageIO( dicomIO );</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>&nbsp;typedef itk::GDCMSeriesFileNames 
NamesGeneratorType;<BR>&nbsp;NamesGeneratorType::Pointer nameGenerator = 
NamesGeneratorType::New();</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>&nbsp;nameGenerator-&gt;SetUseSeriesDetails( true 
);<BR>&nbsp;nameGenerator-&gt;AddSeriesRestriction("0008|0021" );</FONT></P>
<P><FONT 
face=Arial>&nbsp;nameGenerator-&gt;SetDirectory(directoryPath);<BR>&nbsp;<BR>&nbsp;std::cout 
&lt;&lt; std::endl &lt;&lt; "The directory: " &lt;&lt; 
std::endl;<BR>&nbsp;std::cout &lt;&lt; std::endl &lt;&lt; directoryPath &lt;&lt; 
std::endl &lt;&lt; std::endl;<BR>&nbsp;std::cout &lt;&lt; "Contains the 
following DICOM Series: ";<BR>&nbsp;std::cout &lt;&lt; std::endl &lt;&lt; 
std::endl;</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>&nbsp;typedef std::vector&lt; std::string 
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SeriesIdContainer;</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>&nbsp;const SeriesIdContainer &amp; seriesUID = 
nameGenerator-&gt;GetSeriesUIDs();</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>&nbsp;SeriesIdContainer::const_iterator seriesItr = 
seriesUID.begin();<BR>&nbsp;SeriesIdContainer::const_iterator seriesEnd = 
seriesUID.end();<BR>&nbsp;while( seriesItr != seriesEnd ) 
{<BR>&nbsp;&nbsp;std::cout &lt;&lt; seriesItr-&gt;c_str() &lt;&lt; 
std::endl;<BR>&nbsp;&nbsp;seriesItr++;<BR>&nbsp;}</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>&nbsp;std::string 
seriesIdentifier;<BR>&nbsp;seriesIdentifier = 
seriesUID.begin()-&gt;c_str();<BR>&nbsp;<BR>&nbsp;std::cout &lt;&lt; std::endl 
&lt;&lt; std::endl;<BR>&nbsp;std::cout &lt;&lt; "Now reading series: " &lt;&lt; 
std::endl &lt;&lt; std::endl;<BR>&nbsp;std::cout &lt;&lt; seriesIdentifier 
&lt;&lt; std::endl;<BR>&nbsp;std::cout &lt;&lt; std::endl &lt;&lt; 
std::endl;</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>&nbsp;typedef std::vector&lt; std::string &gt;&nbsp;&nbsp; 
FileNamesContainer;<BR>&nbsp;FileNamesContainer fileNames;</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>&nbsp;fileNames = nameGenerator-&gt;GetFileNames( 
seriesIdentifier );</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>&nbsp;reader-&gt;SetFileNames( fileNames 
);&nbsp;&nbsp;<BR>&nbsp;reader-&gt;Update();<BR>&nbsp;&nbsp;<BR>&nbsp;typedef 
itk::ImageFileWriter&lt; ImageType &gt; WriterType;<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
WriterType::Pointer writer = WriterType::New();<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; writer-&gt;SetFileName("output.mha");</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
writer-&gt;SetInput(reader-&gt;GetOutput());</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp; std::cout&nbsp; &lt;&lt; "Writing the 
image as " &lt;&lt; std::endl &lt;&lt; std::endl;<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
std::cout&nbsp; &lt;&lt; "output.mha" &lt;&lt; std::endl &lt;&lt; 
std::endl;</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp;writer-&gt;Update();</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>}</FONT></P>
<P><FONT face=Arial>Thanks in advance.</FONT></P>
<P><FONT face=Arial></FONT></FONT><FONT face="Times New Roman" 
size=2>&nbsp;</P></FONT></FONT></DIV></BODY></HTML>