<div>Thank you Daniele and Oleksandr.&nbsp; There is a lot of good information.</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>I was trying to use the orient image filter to re-orient the images to RPI direction as suggested by Daniele.&nbsp; However, I kept getting this exception druing writer-&gt;Update(): </div>
<div>
<p>ExceptionObject caught !</p>
<p>itk::ExceptionObject (0126F420)<br>Location: &quot;unknown&quot;<br>File: D:\InsightToolkit-3.2.0\Code\BasicFilters\itkPermuteAxesImageFilter.txx<br>Line: 104<br>Description: Order indices must not repeat</p></div>
<div>The code is very simple as below:</div>
<div>&nbsp;&nbsp;&nbsp; typedef itk::OrientImageFilter&lt;ImageType,ImageType&gt; OrienterType;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OrienterType::Pointer orienter = OrienterType::New();<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; orienter-&gt;UseImageDirectionOn();<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; orienter-&gt;SetDesiredCoordinateOrientation(itk::SpatialOrientation::ITK_COORDINATE_ORIENTATION_RPI);<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; orienter-&gt;SetInput(reader-&gt;GetOutput());</div>
<div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; writer-&gt;SetInput( orienter-&gt;GetOutput());</div>
<p>&nbsp;&nbsp; try<br>&nbsp;&nbsp; {&nbsp;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; writer-&gt;Update();<br>&nbsp;&nbsp; }</p>
<p>&nbsp;&nbsp; catch( itk::ExceptionObject &amp; err)<br>&nbsp;&nbsp; {<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; std::cerr &lt;&lt; &quot;ExceptionObject caught !&quot; &lt;&lt; std::endl;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; std::cerr &lt;&lt; err &lt;&lt; std::endl;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; return EXIT_FAILURE;<br>&nbsp;&nbsp; }:</p>

<div>&nbsp;</div>
<div>Any ideas?&nbsp; Any comments or feedback is greatly appreciated.</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Regards,</div>
<div>Brandon</div>
<div><br><br>&nbsp;</div>
<div><span class="gmail_quote">On 6/13/08, <b class="gmail_sendername">Daniele Domenichelli</b> &lt;<a href="mailto:daniele.domenichelli@gmail.com">daniele.domenichelli@gmail.com</a>&gt; wrote:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Oleksandr Dzyubak wrote:<br>&gt; The only problem is that the Analyze75 header does not have a tag with<br>
&gt; that info, right?<br><br>No, analyze has a tag &quot;orient&quot; (1 byte) but it has only 6 valid values<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; transverse unflipped<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; coronal unflipped<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sagittal unflipped<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; transverse flipped<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; coronal flipped<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sagittal flipped<br><br>Nifti uses quaternion for orientation. See nifti header if you are<br>interested:<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="http://nifti.nimh.nih.gov/pub/dist/src/niftilib/nifti1.h">http://nifti.nimh.nih.gov/pub/dist/src/niftilib/nifti1.h</a><br>
<br><br><br>&gt; The Analyze75 header size is 348 vs 352 for NifTI. Does it mean that<br>&gt; those extra bites can hold all the directional info in case of the NIfTI<br>&gt; format and well treated by the ITK filters?<br>
<br>No bytes from 349 to 352 are used for extensions.<br>Nifti header in not necessarily 352 bytes, it can contain extensions for<br>example to contain dicom tags (see nifti header for details)<br>Nifti stores informations about orientations of the image in bytes that<br>
were not used in Analyze<br><br><br>&gt; The question is since the Analyze image format has &quot;poor performance&quot; in<br>&gt; a sense<br>&gt; of the directional info, how does it affect the final results after ITK<br>
&gt; filters have been used<br>&gt; on those images? Do any &quot;info corruptions/changes&quot; squeeze in<br>&gt; automatically into<br>&gt; the image info tags afterwards since it might be implemented in a filter<br>&gt; by some defaults?<br>
<br>I think that the only thing you should take care of when using analyze<br>files is that you can&#39;t write them in any direction, so you may need to<br>reorient the image.<br><br>I&#39;m not sure about this anyway, because I mostly use nifti, maybe<br>
someone else on the mailing list who uses analyze can tell you something<br>more...<br><br><br>Regards,<br>Daniele<br></blockquote></div><br>