<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><PRE><SPAN style="mso-bidi-font-style: italic">Dear itk experts,<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></SPAN></PRE><PRE><SPAN style="mso-bidi-font-style: italic">I’m segmenting a volume (3D grayscale image) using watershed method inspired from the WatershedSegmentation1 </SPAN></PRE><PRE><SPAN style="mso-bidi-font-style: italic">(2D </SPAN><?xml:namespace prefix = st1 ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" /><st1:stockticker><SPAN style="mso-bidi-font-style: italic">RGB</SPAN></st1:stockticker><SPAN style="mso-bidi-font-style: italic"> image as input)example provided within itk.<o:p></o:p></SPAN></PRE><PRE><SPAN style="mso-bidi-font-style: italic">My code is well working for 2D grayscale images but when I change </SPAN></PRE><PRE><SPAN style="mso-bidi-font-style: italic">the dimension to 3, the code
 still running as it get stuck in a </SPAN></PRE><PRE><SPAN style="mso-bidi-font-style: italic">loop!! I wait for more than 18min but no results!! Is it normal </SPAN></PRE><PRE><SPAN style="mso-bidi-font-style: italic">that this kind of segmentation takes age to give the result in 3d </SPAN></PRE><PRE><SPAN style="mso-bidi-font-style: italic">image or there is some thing wrong with my code? Please could you help me on that? Also, how can I follow the progress of the code?<o:p></o:p></SPAN></PRE><PRE><SPAN style="mso-bidi-font-style: italic">I pass my code bellow. In this example I used the 3D data provided</SPAN></PRE><PRE><SPAN style="mso-bidi-font-style: italic">in</SPAN><SPAN style="COLOR: #a31515; mso-no-proof: yes"> <A href="http://public.kitware.com/pub/itk/Data/LiverTumor/"><FONT color=#800080>http://public.kitware.com/pub/itk/Data/LiverTumor/</FONT></A>.<o:p></o:p></SPAN></PRE><PRE><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier
 New'; mso-no-proof: yes">#include</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> <SPAN style="COLOR: #a31515">&lt;iostream&gt;<o:p></o:p></SPAN></SPAN></PRE>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">#include</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> <SPAN style="COLOR: #a31515">"itkImage.h"<o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">#include</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> <SPAN style="COLOR: #a31515">"itkGradientAnisotropicDiffusionImageFilter.h"<o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">#include</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> <SPAN style="COLOR: #a31515">"itkGradientMagnitudeImageFilter.h"<o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">#include</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> <SPAN style="COLOR: #a31515">"itkWatershedImageFilter.h"<o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">#include</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> <SPAN style="COLOR: #a31515">"itkImageFileReader.h"<o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">#include</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> <SPAN style="COLOR: #a31515">"itkImageFileWriter.h"<o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">#include</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> <SPAN style="COLOR: #a31515">"itkVectorCastImageFilter.h"<o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">#include</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> <SPAN style="COLOR: #a31515">"itkUnaryFunctorImageFilter.h"<o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">#include</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> <SPAN style="COLOR: #a31515">"itkScalarToRGBPixelFunctor.h"<o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: #a31515; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">#include</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> <SPAN style="COLOR: #a31515">"itkVTKImageExport.h"<o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">#include</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> <SPAN style="COLOR: #a31515">"itkVTKImageImport.h"<o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: #a31515; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">#include</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> <SPAN style="COLOR: #a31515">"vtkImageData.h"<o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">#include</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> <SPAN style="COLOR: #a31515">"vtkImageImport.h"<o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">#include</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> <SPAN style="COLOR: #a31515">"vtkImageExport.h"<o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">#include</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> <SPAN style="COLOR: #a31515">"vtkImageActor.h"<o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">#include</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> <SPAN style="COLOR: #a31515">"vtkRenderer.h"<o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">#include</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> <SPAN style="COLOR: #a31515">"vtkRenderWindow.h"<o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">#include</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> <SPAN style="COLOR: #a31515">"vtkRenderWindowInteractor.h"<o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">#include</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> <SPAN style="COLOR: #a31515">"vtkInteractorStyleTrackballCamera.h"</SPAN> <o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">#include</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> <SPAN style="COLOR: #a31515">"vtkImageShiftScale.h"<o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: #a31515; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: green; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">// This function will connect the given itk::VTKImageExport filter to the given vtkImageImport filter.<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">template</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> &lt;<SPAN style="COLOR: blue">typename</SPAN> ITK_Exporter, <SPAN style="COLOR: blue">typename</SPAN> VTK_Importer&gt;<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">void</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> ConnectPipelines(ITK_Exporter exporter, VTK_Importer* importer)<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">{<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>importer-&gt;SetUpdateInformationCallback(exporter-&gt;GetUpdateInformationCallback());<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>importer-&gt;SetPipelineModifiedCallback(exporter-&gt;GetPipelineModifiedCallback());<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>importer-&gt;SetWholeExtentCallback(exporter-&gt;GetWholeExtentCallback());<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>importer-&gt;SetSpacingCallback(exporter-&gt;GetSpacingCallback());<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>importer-&gt;SetOriginCallback(exporter-&gt;GetOriginCallback());<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>importer-&gt;SetScalarTypeCallback(exporter-&gt;GetScalarTypeCallback());<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>importer-&gt;SetNumberOfComponentsCallback(exporter-&gt;GetNumberOfComponentsCallback());<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>importer-&gt;SetPropagateUpdateExtentCallback(exporter-&gt;GetPropagateUpdateExtentCallback());<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>importer-&gt;SetUpdateDataCallback(exporter-&gt;GetUpdateDataCallback());<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>importer-&gt;SetDataExtentCallback(exporter-&gt;GetDataExtentCallback());<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>importer-&gt;SetBufferPointerCallback(exporter-&gt;GetBufferPointerCallback());<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>importer-&gt;SetCallbackUserData(exporter-&gt;GetCallbackUserData());<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">}<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">int</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> main( )<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">{<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN><o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="COLOR: blue">typedef</SPAN> itk::Image&lt;<SPAN style="COLOR: blue">float</SPAN>, 3&gt;<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>ImageType; <SPAN style="COLOR: green"><o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="COLOR: blue">typedef</SPAN> itk::Image&lt;<SPAN style="COLOR: blue">unsigned</SPAN> <SPAN style="COLOR: blue">long</SPAN>, 3&gt;<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>LabeledImageType;<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="COLOR: blue">typedef</SPAN> itk::Image&lt;<SPAN style="COLOR: blue">float</SPAN>, 3&gt;<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>ScalarImageType;<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="COLOR: green">// for visualization purposes<o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="COLOR: blue">typedef</SPAN> itk::RGBPixel&lt;<SPAN style="COLOR: blue">unsigned</SPAN> <SPAN style="COLOR: blue">char</SPAN>&gt;<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>RGBPixelType;<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="COLOR: blue">typedef</SPAN> itk::Image&lt;RGBPixelType, 3&gt;<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>RGBImageType;<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="COLOR: blue">typedef</SPAN> itk::ImageFileReader&lt;ImageType&gt; FileReaderType;<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="COLOR: blue">typedef</SPAN> itk::GradientAnisotropicDiffusionImageFilter&lt;ImageType,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>ImageType&gt;<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>DiffusionFilterType;<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="COLOR: blue">typedef</SPAN> itk::GradientMagnitudeImageFilter&lt;ImageType,ImageType&gt;<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>GradientMagnitudeFilterType; <o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="COLOR: blue">typedef</SPAN> itk::WatershedImageFilter&lt;ScalarImageType&gt; WatershedFilterType; <SPAN style="COLOR: green"><o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="COLOR: blue">typedef</SPAN> itk::ImageFileWriter&lt;RGBImageType&gt; FileWriterType;<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>FileReaderType::Pointer reader = FileReaderType::New<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>reader-&gt;SetFileName( <SPAN style="COLOR: #a31515">"c:/images/3DImages/Patient01.mhd"</SPAN><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>);<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="COLOR: green">//reader-&gt;SetFileName("c:/Images/BrainProtonDensitySlice.png");<o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: green; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>DiffusionFilterType::Pointer diffusion = DiffusionFilterType::New();<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>diffusion-&gt;SetNumberOfIterations( atoi(<SPAN style="COLOR: #a31515">"10"</SPAN>) );<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>diffusion-&gt;SetConductanceParameter( atof(<SPAN style="COLOR: #a31515">"2.0"</SPAN>) );<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>diffusion-&gt;SetTimeStep(0.0625);<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: green; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>GradientMagnitudeFilterType::Pointer gradient = GradientMagnitudeFilterType::New();<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>WatershedFilterType::Pointer watershed = WatershedFilterType::New();<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>watershed-&gt;SetLevel( atof(<SPAN style="COLOR: #a31515">"0.15"</SPAN>) );<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>watershed-&gt;SetThreshold( atof(<SPAN style="COLOR: #a31515">"0.001"</SPAN>) );<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN><SPAN style="COLOR: green"><o:p></o:p></SPAN></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="COLOR: blue">typedef</SPAN> itk::Functor::ScalarToRGBPixelFunctor&lt;<SPAN style="COLOR: blue">unsigned</SPAN> <SPAN style="COLOR: blue">long</SPAN>&gt;<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>ColorMapFunctorType;<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><SPAN style="COLOR: blue">typedef</SPAN> itk::UnaryFunctorImageFilter&lt;LabeledImageType,<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>RGBImageType, ColorMapFunctorType&gt; ColorMapFilterType;<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>ColorMapFilterType::Pointer colormapper = ColorMapFilterType::New();<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>FileWriterType::Pointer writer = FileWriterType::New();<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>writer-&gt;SetFileName(<SPAN style="COLOR: #a31515">"c:/Images/WatershedSegImg.mhd"</SPAN>);<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>diffusion-&gt;SetInput(reader-&gt;GetOutput());<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>gradient-&gt;SetInput(diffusion-&gt;GetOutput());<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>watershed-&gt;SetInput(gradient-&gt;GetOutput());<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>colormapper-&gt;SetInput(watershed-&gt;GetOutput());<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>writer-&gt;SetInput(colormapper-&gt;GetOutput());<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>writer-&gt;Update();<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; COLOR: blue; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">try</SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"> <o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>{<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>writer-&gt;Update();<SPAN style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</SPAN><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp; </SPAN>}<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN><SPAN style="COLOR: blue">catch</SPAN> (itk::ExceptionObject &amp;e)<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>{<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>std::cerr &lt;&lt; e &lt;&lt; std::endl;<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>}<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN><o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN><SPAN style="COLOR: blue">return</SPAN> 0;<o:p></o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes"><o:p>&nbsp;</o:p></SPAN></DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt; mso-layout-grid-align: none"><SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-no-proof: yes">}<o:p></o:p></SPAN></DIV><PRE><SPAN style="mso-bidi-font-style: italic"><o:p></o:p></SPAN></PRE><PRE><SPAN style="mso-bidi-font-style: italic">Thanks<o:p></o:p></SPAN></PRE><PRE>Sara <SPAN style="mso-bidi-font-style: italic"><o:p></o:p></SPAN></PRE></td></tr></table><br>


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