<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV>Thank you leila for your suggestions.</DIV>
<DIV>I have just build the Insight application, the configuration and the built are fine (102 projects) and now I want to run some of these apllications but I don't know how ? </DIV>
<DIV>SNAP exist in InsightApplications but I couldn't found it in InsightApplicationsBin or&nbsp;in the VC Solution explorer ? how can I use it ?</DIV>
<DIV>Thanks</DIV>
<DIV>Sara </DIV>
<DIV><BR><BR>--- En date de&nbsp;: <B>Mer 27.8.08, Leila Baghdadi <I>&lt;baghdadi@phenogenomics.ca&gt;</I></B> a écrit&nbsp;:<BR></DIV>
<BLOCKQUOTE style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: rgb(16,16,255) 2px solid">De: Leila Baghdadi &lt;baghdadi@phenogenomics.ca&gt;<BR>Objet: Re: [Insight-users] Fast Marching segmentation on 3D image: an empty result volume<BR>À: sara_meghellati@yahoo.fr<BR>Cc: "insight itk" &lt;insight-users@itk.org&gt;<BR>Date: Mercredi 27 Août 2008, 16h11<BR><BR><PRE>Sara,

Here is some advice on segmentation. 
When you first start using an algorithm, the best way is to visualize
the algorithm in action. So you need to use a program that allows you to
do that. Once you have figured out all the parameters you can use
command line programs!

I would suggest the SNAP program, it is part of InsightApplications and
it has a few version of level set implemented. You can open up your
image place your seed and see how it works. It has a few cool features
that allows you to preview the edge image and so on. (read the tutorial)

good luck

Leila

On Wed, 2008-27-08 at 14:04 +0000, sara meghellati wrote:
&gt; Hi,
&gt; Sorry to ask again, I looked in the mailing list but I couldn't find
&gt; an answer to my question.
&gt; I'm now testing the level set segmentation code with 3D data. I have
&gt; started with the fast marching based method. The code works well for
&gt; 2D image but when I use 3D date (I use Patient1.mhd from
&gt; http://public.kitware.com/pub/itk/Data/LiverTumor/) I get an empty
&gt; volume as segmented image. I have checked the output of smoothing,
&gt; gradient magnitude and the sigmoid and all are fine, just the output
&gt; of the FastMarchingFilter is empty.
&gt; To run this code I have used different seed points (for instance
&gt; (160,200,6)) but the result still always empty.
&gt; I used the same parameter as in page 539 of ItksoftwareGuide for left
&gt; ventricle and I have used a stopping value of 100.
&gt; Regarding the book, this code needs a good speed image to run well and
&gt; the seed region should be near to the images edges. Perhaps the
&gt; parameters I'm using are not suitable for this example so could you
&gt; tell me the appropriate parameters That can be used to make this code
&gt; running well for this example (Patient1.mhd)? or perhaps there
&gt; is other thing wrong.
&gt;  
&gt; Thank you in advance.
&gt; Regards
&gt; Sara
&gt;  
&gt;  
&gt;  
&gt;  
&gt; 
&gt; 
&gt; ______________________________________________________________________
&gt; Envoyé avec Yahoo! Mail.
&gt; Une boite mail plus intelligente. 
&gt; _______________________________________________
&gt; Insight-users mailing list
&gt; Insight-users@itk.org
&gt; http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users

</PRE></BLOCKQUOTE></td></tr></table><br>


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