<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:10pt"><DIV>Thank you Dan and Luis!</DIV>
<DIV>Regards </DIV>
<DIV>Juliette<BR></DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif"><BR>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif"><FONT face=Tahoma size=2>
<HR SIZE=1>
<B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">De :</SPAN></B> Dan Mueller &lt;dan.muel@gmail.com&gt;<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">À :</SPAN></B> Juliette Deniau &lt;juliette.deniau@yahoo.fr&gt;<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">Cc :</SPAN></B> insight &lt;insight-users@itk.org&gt;<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">Envoyé le :</SPAN></B> Mercredi, 10 Décembre 2008, 14h48mn 10s<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">Objet&nbsp;:</SPAN></B> Re: [Insight-users] threshold parameter in watersehd segmentation<BR></FONT><BR>Hi Juliette,<BR><BR>You may also be interested in<BR>Code/Review/itkMorphologicalWatershedFromMarkersImageFilter which does<BR>not need level/threshold values. Instead you provide a "marker" image,<BR>containing labels roughly corresponding to the desired output labels<BR>(eg. a single seed in each object of interest).<BR><BR>The Insight Journal paper can be found here:<BR>&nbsp; &nbsp; <A
 href="http://www.insight-journal.org/browse/publication/92" target=_blank>http://www.insight-journal.org/browse/publication/92</A><BR><BR>Regards, Dan<BR><BR>2008/12/10 Luis Ibanez &lt;<A href="mailto:luis.ibanez@kitware.com" ymailto="mailto:luis.ibanez@kitware.com">luis.ibanez@kitware.com</A>&gt;:<BR>&gt;<BR>&gt; Hi Juliette,<BR>&gt;<BR>&gt; The Threshold parameter of the watershed filter is expected to be a<BR>&gt; number in the range of values of the input image intensities.<BR>&gt;<BR>&gt; This parameters will be used to define the "smallest" intensity change<BR>&gt; in the image that will be considered as a water basin. Usually you want<BR>&gt; to make this parameter something in the order of 1/100 or 1/1000 of the<BR>&gt; water level (this is just a guideline, not a clear cut rule).<BR>&gt;<BR>&gt; If you set the threshold value too low, then the filter will spend a lot<BR>&gt; of time processing very small details of the image, that you
 not<BR>&gt; actually care about. Note that if your image has a high level of noise,<BR>&gt; you may want to run a smoothing filter on it, before you pass it to the<BR>&gt; watershed segmentation filter.<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt;&nbsp; Regards,<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; Luis<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt; --------------------<BR>&gt; Juliette Deniau wrote:<BR>&gt;&gt;<BR>&gt;&gt; Hi all,<BR>&gt;&gt; Could any one explain me the meaning of the threshold parameter in<BR>&gt;&gt; watersehdImageFilter?<BR>&gt;&gt; I've read the SoftwareGuide and I've understand that this parameter is<BR>&gt;&gt; used to generate the initial segmentation via the steepest descent stategy.<BR>&gt;&gt;&nbsp; its used to remove shallow background regions...but I couldn't understand<BR>&gt;&gt; its a threshold of what?<BR>&gt;&gt; Thank you<BR>&gt;&gt; Juliette<BR>&gt;&gt;<BR>&gt;&gt;<BR>&gt;&gt;
 ------------------------------------------------------------------------<BR>&gt;&gt;<BR>&gt;&gt; _______________________________________________<BR>&gt;&gt; Insight-users mailing list<BR>&gt;&gt; <A href="mailto:Insight-users@itk.org" ymailto="mailto:Insight-users@itk.org">Insight-users@itk.org</A><BR>&gt;&gt; <A href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target=_blank>http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</A><BR>&gt;<BR>&gt; _______________________________________________<BR>&gt; Insight-users mailing list<BR>&gt; <A href="mailto:Insight-users@itk.org" ymailto="mailto:Insight-users@itk.org">Insight-users@itk.org</A><BR>&gt; <A href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target=_blank>http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</A><BR>&gt;<BR></DIV></DIV></div><br>



      </body></html>