Hi Guozhi,<br><br>Please note that the classes from this IJ paper <a href="http://hdl.handle.net/1926/510">http://hdl.handle.net/1926/510</a><br>have already been added to ITK, and they are available in the directory:<br><br>
<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Insight/Code/Review<br><br><br>You should use these classes instead of the ones from the IJ paper.<br><br>Code changes have been applied to these classes since they were added<br>to the Code/Review directory.<br>
<br>If you attempt to build the code from the IJ paper you may end up having <br>filename conflicts with the files that are currently in Insight/Code/Review.<br><br>To be short: Please use only the files in Insight/Code/Review.<br>
<br>Also, you may want to use a recent version of ITK.<br>The recommended version will be ITK 3.10.1<br><br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Regards,<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Luis<br><br><br>-----------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Dec 23, 2008 at 2:36 PM, Tao,Guozhi <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:GTao@mdanderson.org">GTao@mdanderson.org</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear Luck:<br>
<br>
Thanks, it is now working.<br>
<br>
Merry Christmas<br>
<font color="#888888"><br>
Guozhi<br>
</font><div><div></div><div class="Wj3C7c"><br>
-----Original Message-----<br>
From: Luke Bloy [mailto:<a href="mailto:luke.bloy@gmail.com">luke.bloy@gmail.com</a>]<br>
Sent: Tuesday, December 23, 2008 12:37 PM<br>
To: Bill Lorensen<br>
Cc: Tao,Guozhi; <a href="mailto:insight-users@itk.org">insight-users@itk.org</a><br>
Subject: Re: [Insight-users] trouble to build diffeomorphic Demons<br>
<br>
Hi George,<br>
<br>
The screen shot you are showing are only the first of many advanced options.<br>
<br>
if you turn on the advanced options than use the down arrow key you come<br>
to it.<br>
<br>
<br>
&nbsp;ITK_IMAGE_BEHAVES_AS_ORIENTED_<br>
ON<br>
&nbsp;ITK_LEGACY_REMOVE<br>
OFF<br>
&nbsp;ITK_LEGACY_SILENT<br>
OFF<br>
&nbsp;ITK_MRI_UNC_DATABASE_DATA_ROOT<br>
ITK_MRI_UNC_DATABASE_DATA_ROOT-NOTFOUND<br>
&nbsp;ITK_USE_CONCEPT_CHECKING<br>
ON<br>
&nbsp;ITK_USE_CONSOLIDATED_MORPHOLOG<br>
OFF<br>
&nbsp;ITK_USE_DEPRECATED_LEVELSET_IN<br>
OFF<br>
&nbsp;ITK_USE_KWSTYLE<br>
OFF<br>
&nbsp;ITK_USE_LIBXML2<br>
OFF<br>
&nbsp;ITK_USE_MINC2<br>
OFF<br>
&nbsp;ITK_USE_OPTIMIZED_REGISTRATION<br>
OFF<br>
&nbsp;ITK_USE_ORIENTED_IMAGE_DIRECTI<br>
ON<br>
&nbsp;ITK_USE_PATENTED<br>
OFF<br>
&nbsp;ITK_USE_REVIEW<br>
ON<br>
&nbsp;ITK_USE_STRICT_CONCEPT_CHECKIN<br>
OFF<br>
&nbsp;ITK_USE_SYSTEM_GDCM<br>
OFF<br>
&nbsp;ITK_USE_SYSTEM_LIBXML2<br>
OFF<br>
<br>
ITK_USE_KWSTYLE: Enable the use of KWStyle for checking coding<br>
style.<br>
Press [enter] to edit option &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CMake Version 2.6 -<br>
patch 0<br>
Press [c] to configure<br>
Press [h] for help &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Press [q] to quit without generating<br>
Press [t] to toggle advanced mode (Currently On)<br>
<br>
<br>
<br>
-Luke<br>
<br>
Bill Lorensen wrote:<br>
&gt; Is this the configuration for your example, or the configuration when<br>
&gt; you build itk? The ITK_USE_REVIEW must be set when you build your ITK.<br>
&gt;<br>
&gt; On Tue, Dec 23, 2008 at 12:59 PM, Tao,Guozhi &lt;<a href="mailto:GTao@mdanderson.org">GTao@mdanderson.org</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;&gt; Hi, Bill:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; See below, it shows that advanced mode(currently on) since I algreay press t to toogle the advanced model.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; What I should do.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; George<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;BUILDNAME &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Linux-c++<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;BUILD_DOXYGEN &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;OFF<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;BUILD_EXAMPLES &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; OFF<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;BUILD_SHARED_LIBS &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;ON<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;BUILD_TESTING &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;OFF<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_AR &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; /usr/bin/ar<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_BACKWARDS_COMPATIBILITY &nbsp; &nbsp;2.4<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_BUILD_TYPE<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_COLOR_MAKEFILE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ON<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_CXX_COMPILER &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; /usr/bin/c++<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_CXX_FLAGS<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-g<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_CXX_FLAGS_MINSIZEREL &nbsp; &nbsp; &nbsp; -Os -DNDEBUG<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-O3 -DNDEBUG<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_CXX_FLAGS_RELWITHDEBINFO &nbsp; -O2 -g<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_C_COMPILER &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; /usr/bin/gcc<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_C_FLAGS<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Press [enter] to edit option &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CMake Version 2.6 - patch 2<br>
&gt;&gt;&gt; Press [c] to configure<br>
&gt;&gt;&gt; Press [h] for help &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Press [q] to quit without generating<br>
&gt;&gt;&gt; Press [t] to toggle advanced mode (Currently On)<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; -----Original Message-----<br>
&gt;&gt; From: Bill Lorensen [mailto:<a href="mailto:bill.lorensen@gmail.com">bill.lorensen@gmail.com</a>]<br>
&gt;&gt; Sent: Tuesday, December 23, 2008 11:53 AM<br>
&gt;&gt; To: Tao,Guozhi<br>
&gt;&gt; Cc: <a href="mailto:insight-users@itk.org">insight-users@itk.org</a><br>
&gt;&gt; Subject: Re: [Insight-users] trouble to build diffeomorphic Demons<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; It should be in the options. Perhaps it is under advanced. Type &#39;t&#39; to<br>
&gt;&gt; toggle advanced.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On Tue, Dec 23, 2008 at 12:37 PM, Tao,Guozhi &lt;<a href="mailto:GTao@mdanderson.org">GTao@mdanderson.org</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Hi,<br>
&gt;&gt;&gt; I actually use cmake-gui to build ITK binary, I did not see ITK_USE_REVIEW option, so I use add entry to add it.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Now I am trying to use ccmake, still I can not see ITK_USE_REVIEW option, how can I add it. See below cursor interface<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;BUILDNAME &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Linux-c++<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;BUILD_DOXYGEN &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;OFF<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;BUILD_EXAMPLES &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; OFF<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;BUILD_SHARED_LIBS &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;ON<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;BUILD_TESTING &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;OFF<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_AR &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; /usr/bin/ar<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_BACKWARDS_COMPATIBILITY &nbsp; &nbsp;2.4<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_BUILD_TYPE<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_COLOR_MAKEFILE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ON<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_CXX_COMPILER &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; /usr/bin/c++<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_CXX_FLAGS<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-g<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_CXX_FLAGS_MINSIZEREL &nbsp; &nbsp; &nbsp; -Os -DNDEBUG<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-O3 -DNDEBUG<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_CXX_FLAGS_RELWITHDEBINFO &nbsp; -O2 -g<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_C_COMPILER &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; /usr/bin/gcc<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; &nbsp;CMAKE_C_FLAGS<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Press [enter] to edit option &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CMake Version 2.6 - patch 2<br>
&gt;&gt;&gt; Press [c] to configure<br>
&gt;&gt;&gt; Press [h] for help &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Press [q] to quit without generating<br>
&gt;&gt;&gt; Press [t] to toggle advanced mode (Currently On)<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Best regards<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; George<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; -----Original Message-----<br>
&gt;&gt;&gt; From: Bill Lorensen [mailto:<a href="mailto:bill.lorensen@gmail.com">bill.lorensen@gmail.com</a>]<br>
&gt;&gt;&gt; Sent: Tuesday, December 23, 2008 10:32 AM<br>
&gt;&gt;&gt; To: Tao,Guozhi<br>
&gt;&gt;&gt; Cc: <a href="mailto:insight-users@itk.org">insight-users@itk.org</a><br>
&gt;&gt;&gt; Subject: Re: [Insight-users] trouble to build diffeomorphic Demons<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; You set it when you run cmakesetup (Windows) or ccmake (Linux) for<br>
&gt;&gt;&gt; your itk build.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Bill<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; On Tue, Dec 23, 2008 at 11:10 AM, Tao,Guozhi &lt;<a href="mailto:GTao@mdanderson.org">GTao@mdanderson.org</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Hi, Bill:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; When should I set ITK_USE_REVIEW ON?<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; AT the time of install ITK Binary at the beginging<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; or when I run cmke to for diffeomorphic demons<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; -----Original Message-----<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; From: Bill Lorensen [mailto:<a href="mailto:bill.lorensen@gmail.com">bill.lorensen@gmail.com</a>]<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Sent: Tuesday, December 23, 2008 10:00 AM<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; To: Tao,Guozhi<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Cc: <a href="mailto:insight-users@itk.org">insight-users@itk.org</a><br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Subject: Re: [Insight-users] trouble to build diffeomorphic Demons<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; When you run cmake, be sure to set ITK_USE_REVIEW ON. It is off by default.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; On Tue, Dec 23, 2008 at 10:56 AM, Tao,Guozhi &lt;<a href="mailto:GTao@mdanderson.org">GTao@mdanderson.org</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Hi, Luis and Everyone:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; I am new ITK user and have trouble to build diffeomorphic demons on red hat<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; linux.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 1 I installed Cmake and ITK. And I can build the HelloWorld Project and<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; several other registration projects in Example folders.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 2 Than I am trying to buid diffeomorphic Demons downloaded from<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="http://hdl.handle.net/1926/510" target="_blank">http://hdl.handle.net/1926/510</a> by Tom.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 3 I used the CMakeLists.txt given by Tom since I am not good at creating<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; CMake file. Cmake configuration and generating are ok.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 4 When I run make, it shows a lot of errors such as following<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; /hometools/Application/DiffeomorphicDemons-2008-11-Vercauteren-IJSource/DemonsRegistration.cxx:11:54:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; error: itkDiffeomorphicDemonsRegistrationFilter.h: No such file or directory<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; /home/tools/Application/DiffeomorphicDemons-2008-11-Vercauteren-IJSource/DemonsRegistration.cxx:13:60:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; error: itkFastSymmetricForcesDemonsRegistrationFilter.h: No such file or<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; directory<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; /home/tools/Application/DiffeomorphicDemons-2008-11-Vercauteren-IJSource/DemonsRegistration.cxx:14:43:<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; error: itkGridForwardWarpImageFilter.h: No such file or directory<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 5 Clearly the compuater can&#39;t find the class written by Tom, which is<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; located at ITK_source/code/Review folder. Can you please help me to figure<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; out this problem.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; By the way, I followed ITK_gettingstartedI to build ITK, so I disabled build<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; example and application.<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Thanks a lot and happy Christmas<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; George<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; _______________________________________________<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Insight-users mailing list<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="mailto:Insight-users@itk.org">Insight-users@itk.org</a><br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; Insight-users mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:Insight-users@itk.org">Insight-users@itk.org</a><br>
&gt; <a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
&gt;<br>
_______________________________________________<br>
Insight-users mailing list<br>
<a href="mailto:Insight-users@itk.org">Insight-users@itk.org</a><br>
<a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>