<div>hi, luis</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;&nbsp;&nbsp; i&#39;m also working on a similar project, you said &quot;that the images are somehow<br>normalized, both in intensities and in the scaling and orientation<br>of the shapes contained inside of the images.&quot; i still have some questions about this:</div>

<div>&nbsp;</div>
<div>I&nbsp;tried to build a traing set for 2D image,&nbsp;&nbsp; firstly&nbsp;i segement the structure&nbsp;for all MRI images (say 10 samples&nbsp;), the outputs&nbsp;are binary images, then i&nbsp; crop the images to smaller size which only contain the&nbsp;structure and use them as input for PCAshapeEstimator,&nbsp;please correct me if i&#39;m wrong in those steps, but&nbsp; why we still need intensity normalization for binary images?&nbsp;</div>

<div>&nbsp;</div>
<div>and, &nbsp;how to&nbsp;perform a normalization&nbsp;of scaling and orientation&nbsp;on segmented binary images (stucture) ? </div>
<div>&nbsp;</div>
<div>for now i&nbsp;just crop the&nbsp;images&nbsp;in&nbsp;the same&nbsp;dimension (width and height), no normalizations, i guess that&#39;s why i have some problem&nbsp;in segmentation when using GeodesicPriorShapeLevelSetImageFilters,&nbsp; &nbsp;i really appreciate if&nbsp;you&nbsp;or&nbsp;other itk users can&nbsp;help me out.&nbsp;</div>

<div>&nbsp;</div>
<div>thank you !</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>leo<br></div>
<div>&nbsp;</div>