<html xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"
xmlns:ns0="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags">

<head>
<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 11 (filtered medium)">
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:"MS Mincho";
        panose-1:2 2 6 9 4 2 5 8 3 4;}
@font-face
        {font-family:"\@MS Mincho";
        panose-1:2 2 6 9 4 2 5 8 3 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.section1, li.section1, div.section1
        {mso-margin-top-alt:auto;
        margin-right:0cm;
        mso-margin-bottom-alt:auto;
        margin-left:0cm;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";}
span.EmailStyle18
        {mso-style-type:personal;
        font-family:Arial;
        color:windowtext;}
span.EmailStyle19
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:Arial;
        color:navy;}
ins
        {mso-style-type:export-only;
        text-decoration:none;}
span.msoIns
        {mso-style-type:export-only;
        text-decoration:underline;}
@page Section1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 90.0pt 72.0pt 90.0pt;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>

</head>

<body lang=EN-US link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Hello, everyone<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>I am trying to use itkResampleImageFilter to make some
transformation of the image. But it seems that all the intensity value of the
output is zero. Does anybody know what&#8217;s going on?<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Thanks! <o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <font color=blue><span
style='color:blue'>typedef</span></font> itk::Image&lt;<font color=blue><span
style='color:blue'>unsigned</span></font> <font color=blue><span
style='color:blue'>short</span></font>, 3&gt; ImageType;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <font color=blue><span
style='color:blue'>typedef</span></font> itk::ImageFileReader&lt;ImageType&gt;
ReaderType;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ReaderType::Pointer
reader = ReaderType::New();<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
reader-&gt;SetFileName( argv[1]);<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <font color=blue><span
style='color:blue'>typedef</span></font> itk::ResampleImageFilter&lt;ImageType,
ImageType&gt; ResampleType;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ResampleType::Pointer
resampler = ResampleType::New();<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; reader-&gt;Update();<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ImageType::Pointer
inputImage = reader-&gt;GetOutput();<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ImageType::SizeType
size = inputImage-&gt;GetLargestPossibleRegion().GetSize();<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
resampler-&gt;SetSize(size);<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <font color=blue><span
style='color:blue'>typedef</span></font> itk::AffineTransform&lt;<font
color=blue><span style='color:blue'>double</span></font>, 3&gt; TransformType;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
TransformType::Pointer transform = TransformType::New();<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
resampler-&gt;SetTransform(transform);<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <font color=blue><span
style='color:blue'>typedef</span></font>
itk::LinearInterpolateImageFunction&lt;ImageType&gt; InterpolationType;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; InterpolationType::Pointer
interpolator = InterpolationType::New();<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
resampler-&gt;SetInterpolator(interpolator);<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
ImageType::SpacingType spacing = reader-&gt;GetOutput()-&gt;GetSpacing();<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
resampler-&gt;SetOutputSpacing(spacing);<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <font color=blue><span
style='color:blue'>double</span></font> origin[2];<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; origin[0] = 0;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; origin[1] = 0;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal style='text-indent:36.0pt'><font size=2 face="Courier New"><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>origin[2] = 0;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
resampler-&gt;SetOutputOrigin(origin);<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
TransformType::OutputVectorType translation;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; translation[0] = 10;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; translation[1] = 0;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal style='text-indent:36.0pt'><font size=2 face="Courier New"><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>translation[2] = 0;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
transform-&gt;Translate(translation);<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
resampler-&gt;SetDefaultPixelValue(0);<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
resampler-&gt;SetInput(reader-&gt;GetOutput());<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
resampler-&gt;Update();<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <font color=blue><span
style='color:blue'>typedef</span></font> itk::ImageFileWriter&lt;ImageType&gt;
WriterType;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; WriterType::Pointer
writer = WriterType::New();<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; writer-&gt;SetInput(resampler-&gt;GetOutput());<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
writer-&gt;SetFileName( argv[2]<font color=maroon><span style='color:maroon'> </span></font>);<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Courier New"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; writer-&gt;Update();</span></font><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=section1 style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><font size=2
face="Times New Roman"><span style='font-size:10.0pt'>_____________________________________________</span></font>&nbsp;<o:p></o:p></p>

<p class=section1 style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><font size=2
face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>Huanxiang Lu</span></font><o:p></o:p></p>

<p class=section1 style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><font size=2
face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>Ph.D. Student,
Medical Image Analysis</span></font><o:p></o:p></p>

<p class=section1 style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><font size=3
face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt'>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=section1 style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><font size=2
face="Times New Roman"><span style='font-size:10.0pt'><ns0:place
 w:insAuthor="Miguel A. Gonzalez Ballester" w:insDate="2009-01-27T15:54:00Z"
 w:endInsAuthor="Miguel A. Gonzalez Ballester" w:endInsDate="2009-01-27T15:54:00Z"><ns0:PlaceType
  w:insAuthor="Miguel A. Gonzalez Ballester" w:insDate="2009-01-27T15:54:00Z"
  w:endInsAuthor="Miguel A. Gonzalez Ballester"
  w:endInsDate="2009-01-27T15:54:00Z"><font face=Arial><span style='font-family:
  Arial'>University</span></font><u style='text-decoration:none'><span
  class=msoIns><ins cite="mailto:Miguel%20A.%20Gonzalez%20Ballester"
  datetime="2009-01-27T15:54"></ns0:PlaceType></ins></span></u><font
 face=Arial><span style='font-family:Arial'> of </span></font><ns0:PlaceName
  w:insAuthor="Miguel A. Gonzalez Ballester" w:insDate="2009-01-27T15:54:00Z"
  w:endInsAuthor="Miguel A. Gonzalez Ballester"
  w:endInsDate="2009-01-27T15:54:00Z"><font face=Arial><span style='font-family:
  Arial'>Bern</span></font><u style='text-decoration:none'><span class=msoIns><ins
  cite="mailto:Miguel%20A.%20Gonzalez%20Ballester" datetime="2009-01-27T15:54"></ns0:PlaceName></ins></span></u></ns0:place></span></font><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=section1 style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><font size=2
face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>ARTORG Center for
Biomedical Engineering Research&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=section1 style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><font size=2
face=Arial><span lang=DE style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>Stauffacherstrasse
78<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=section1 style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><font size=2
face=Arial><span lang=DE style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>CH-3014
Bern<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=section1 style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><font size=2
face=Arial><span lang=DE style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>Tel +41 31
631 59 49</span></font><o:p></o:p></p>

<p class=section1 style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><font size=2
face=Arial><span lang=DE style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>Fax +41 31
631 59 60<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=section1 style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><font size=2
face=Arial><span lang=DE style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'><a
href="mailto:huanxiang.lu@artorg.unibe.ch"
title="mailto:huanxiang.lu@artorg.unibe.ch&#10;mailto:serena.bonaretti@artorg.unibe.ch">huanxiang.lu@artorg.unibe.ch</a></span></font><o:p></o:p></p>

<p class=section1 style='margin:0cm;margin-bottom:.0001pt'><font size=3
face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt'><a
href="http://www.artorg.unibe.ch/" title="http://www.artorg.unibe.ch/"><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>www.artorg.unibe.ch/</span></font></a><font
color=navy><span style='color:navy'><o:p></o:p></span></font></span></font></p>

</div>

</body>

</html>