We&#39;ve had to deal with anisotropic CT data as well (2.5mm) etc and have run into similar issues.<br><br>You could try out using tracking based methods. An example is that by Stephen Aylward which follows the centerline (on the intensity ridges), starting from a seed point.<br>
<br>Colliding fronts on your vesselness measure (Frangi/Sato etc) might be suitable if you have the start and end points of your vessel.<br><br>----<br>Alternatively, you can resample your data to isotropic spacing before going about extracting vessels.<br>
<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Feb 13, 2009 at 3:04 AM, Bryn Lloyd <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:blloyd@vision.ee.ethz.ch">blloyd@vision.ee.ethz.ch</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi,<br>
<br>
<br>
I am trying to segment small vessels from MRA images (in mice).<br>
<br>
The images typically have a spacing of [0.1, 0.1, 0.5] mm.<br>
<br>
I find I can detect the vessels which are oriented more or less parallel to the z-direction quite well. The in-slice (x-y) vessels are much more difficult.<br>
<br>
One of the problems is that a vessel might e.g. be at position [10,10] in one slice and at [15,15] in the next. This large &quot;jump&quot; is due to the large spacing in z-direction.<br>
<br>
<br>
Can anybody suggest an approach which can handle such situations?<br>
<br>
I have tried region growing on &quot;vesselness&quot; feature images, and thought about using the CURVES algorithm. The problem with CURVES (I expect) is that there will be holes where the level set can leak out.<br>
<br>
In addition, the size of the vessels can be very small (approximately 2-5 pixels diameter). According to a mail from Luis, CURVES needs at least 5 pixels to work well. Can one trick CURVES to work also for smaller vessels, e.g. through (in-slice) re-sampling using nearest neighbor interpolation?<br>

<br>
<br>
Thanks<br>
Bryn<br>
<br>
<br>
_____________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at: <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Karthik Krishnan<br>R&amp;D Engineer,<br>Kitware Inc.<br>Ph: 518 371 3971 x119<br>Fax: 518 371 3971<br>