<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><DIV><BR></DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">Dear All:</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">&nbsp;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">I am trying to resice the CT data to Isotropic, and the program I am using is ResampleVolumesToBeIsotropic.cxx for the ITK filter example.</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">&nbsp;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">&nbsp;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">My input data is called SE1.hdr</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">the space resolution is 0.7*0.7*2.5.</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">&nbsp;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">After I run the program, I got the output.hdr. The number of voxels and the spacing of the output are correct after I check the result at MRICro. But all the voxel has the default outside value. Seems after the indentity transform, all the voxels are out of range.</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">&nbsp;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">Also I&nbsp;output&nbsp;&nbsp;the SmootherY results, it is ok.</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">&nbsp;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">Can any body let me know what happend? How to check the value of transform.</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">&nbsp;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">/////////////////////////////changes I made on the code</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">typedef&nbsp;&nbsp; short&nbsp; InputPixelType;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">&nbsp;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">intensityWindowing-&gt;SetOutputMinimum(&nbsp;&nbsp; 0.0 );<BR>&nbsp; intensityWindowing-&gt;SetOutputMaximum( 1200.0 ); // floats but in the range of chars.<BR>typedef&nbsp;&nbsp; short&nbsp;&nbsp; OutputPixelType;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">&nbsp;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">and some writers to record the interval output.</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">&nbsp;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">&nbsp;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">////////////////////////</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">&nbsp;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">I also checked the results&nbsp;using NII as input and output, the resliced image contains all background value.. I doubt the problem happend at the </DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">&nbsp;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">&nbsp;typedef itk::IdentityTransform&lt; double, Dimension &gt;&nbsp; TransformType;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">&nbsp; TransformType::Pointer transform = TransformType::New();<BR>&nbsp; transform-&gt;SetIdentity();</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">&nbsp; resampler-&gt;SetTransform( transform );</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">&nbsp;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">Can somebody help me to figure out this problem??</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">&nbsp;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">&nbsp;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">Thanks</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">&nbsp;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif">Baoyun</DIV></DIV></div><br>



      </body></html>