<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Thanks!!! You're absolutely right. But it should be <br>outputImage-&gt;SetRegions(inputImage-&gt;GetBufferedRegion()); <br>instead of<br>outputImage-&gt;SetRegions(inputMaskImage-&gt;GetBufferedRegion());<br>because inputImage is the one like the outputImage not inputMaskImage..<br>Thanks a lot.<br><br><br><hr id="stopSpelling">Date: Mon, 20 Apr 2009 11:45:17 +1000<br>Subject: Re: [Insight-users] masking part of an image<br>From: nadan.zhu@gmail.com<br>To: babygirl_25@hotmail.com<br>CC: insight-users@itk.org<br><br>Hi, from your code, it seems that you forgot to allocate memory for your output image.<br>try to add<br>outputImage-&gt;SetRegions(inputMaskImage-&gt;GetBufferedRegion());<br>outputImage-&gt;Allocate();<br><br>before the loop.<br>
<br><br><br><br><a href="mailto:bill.lorensen@gmail.com">bill.lorensen@gmail.com</a>,<br><br><div class="EC_gmail_quote">2009/4/20 shoosh moosh <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:babygirl_25@hotmail.com">babygirl_25@hotmail.com</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="EC_gmail_quote" style="padding-left: 1ex;">



<div>
This is what I got when I printed them:<br><br>Image (0x857c040)<br>&nbsp; RTTI typeinfo:&nbsp;&nbsp; itk::Image&lt;short, 3u&gt;<br>&nbsp; Reference Count: 2<br>&nbsp; Modified Time: 205<br>&nbsp; Debug: Off<br>&nbsp; Observers: <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; none<br>&nbsp; Source: (0x8579948) <br>
&nbsp; Source output index: 0<br>&nbsp; Release Data: Off<br>&nbsp; Data Released: False<br>&nbsp; Global Release Data: Off<br>&nbsp; PipelineMTime: 27<br>&nbsp; UpdateMTime: 206<br>&nbsp; LargestPossibleRegion: <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dimension: 3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Index: [0, 0, 0]<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; Size: [540, 520, 720]<br>&nbsp; BufferedRegion: <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dimension: 3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Index: [0, 0, 0]<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Size: [540, 520, 720]<br>&nbsp; RequestedRegion: <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dimension: 3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Index: [0, 0, 0]<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Size: [540, 520, 720]<br>&nbsp; Spacing: [1, 1, 1]<br>
&nbsp; Origin: [0, 0, 0]<br>&nbsp; Direction
 : <br>1 0 0<br>0 1 0<br>0 0 1<br><br>&nbsp; IndexToPointMatrix: <br>&nbsp; 1 0 0<br>0 1 0<br>0 0 1<br><br>&nbsp; PointToIndexMatrix: <br>&nbsp; 1 0 0<br>0 1 0<br>0 0 1<br><br>&nbsp; PixelContainer: <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; ImportImageContainer (0x857c1f8)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RTTI typeinfo:&nbsp;&nbsp; itk::ImportImageContainer&lt;unsigned long, short&gt;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Reference Count: 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Modified Time: 203<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Debug: Off<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Observers: <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; none<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Pointer: 0x9fb12008<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Container manages memory: true<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Size: 202176000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Capacity: 202176000<br>
Image (0x857e938)<br>&nbsp; RTTI typeinfo:&nbsp;&nbsp; itk::Image&lt;unsigned char, 3u&gt;<br>&nbsp; Reference Count: 2<br>&nbsp; Modified Time: 3
 57<br>&nbsp; Debug: Off<br>&nbsp; Observers: <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; none<br>&nbsp; Source: (0x857c240) <br>&nbsp; Source output index: 0<br>&nbsp; Release Data: Off<br>&nbsp; Data Released: False<br>&nbsp; Global Release Data: Off<br>&nbsp; PipelineMTime: 28<br>&nbsp; UpdateMTime: 358<br>
&nbsp; LargestPossibleRegion: <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dimension: 3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Index: [0, 0, 0]<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Size: [540, 520, 720]<br>&nbsp; BufferedRegion: <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dimension: 3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Index: [0, 0, 0]<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Size: [540, 520, 720]<br>&nbsp; RequestedRegion: <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dimension: 3<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; Index: [0, 0, 0]<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Size: [540, 520, 720]<br>&nbsp; Spacing: [1, 1, 1]<br>&nbsp; Origin: [0, 0, 0]<br>&nbsp; Direction: <br>1 0 0<br>0 1 0<br>0 0 1<br><br>&nbsp; IndexToPointMatrix: <br>&nbsp; 1 0 0<br>0 1 0<br>0 0 1<br><br>&nbsp; PointToIndexMatrix: <br>
&nbsp; 1 0 0<br>0 1 0<br>0 0 1<br><br>&nbsp; Pi
 xelContainer: <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; ImportImageContainer (0x857eaf0)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RTTI typeinfo:&nbsp;&nbsp; itk::ImportImageContainer&lt;unsigned long, unsigned char&gt;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Reference Count: 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Modified Time: 355<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Debug: Off<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Observers: <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; none<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Pointer: 0x93a42008<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Container manages memory: true<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Size: 202176000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Capacity: 202176000<br><br>I think they are the same size, right? However one is a an image of short's while the other is of unsigned char's.<br>
<br><br><br><br>&gt; Date: Sun, 19 Apr 2009 15:35:53 -0400<div class="EC_im"><br>&gt; Subject: Re: [Insight-users] masking part of an image<br>&gt; From: <a href="mailto:bill.lorensen@gmail.com">bill.lorensen@gmail.com</a><br>
&gt; To: <a href="mailto:babygirl_25@hotmail.com">babygirl_25@hotmail.com</a><br></div>&amp;g
 t; CC: <a href="mailto:insight-users@itk.org">insight-users@itk.org</a><div><div></div><div class="h5"><br>&gt; <br>&gt; Are the input and input mask the same size? Try printing them.<br>&gt; inputImage-&gt;Print(std::cout);<br>
&gt; inputMaskImage-&gt;Print(std::cout);<br>&gt; <br>&gt; after the Update's<br>&gt; <br>&gt; 2009/4/19 shoosh moosh &lt;<a href="mailto:babygirl_25@hotmail.com">babygirl_25@hotmail.com</a>&gt;:<br>&gt; &gt; Ok, I added the reader-&gt;Update(), but now I'm getting a different error:<br>
&gt; &gt; Segmentation fault<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; The program apparently crashes in the for loop.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I think something might be wrong with lines 64-65, but I'm not sure what.<br>&gt; &gt; inputImage=reader1-&gt;GetOutput();<br>
&gt; &gt; inputMaskImage=reader2-&gt;GetOutput();<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I attached the code again.<br>&gt; &gt; Thanks<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; Date: Sun, 19 Apr 2009 14:57:47 -0400<br>&gt; &gt;&gt; Subject: Re: [Insight-users] masking part of an image<br>
&gt; &gt;&gt; From: <a href="mailto:bill.lorensen@gmail.com">bill.lorensen@gmail.com</a><br>
 &gt; &gt;&gt; To: <a href="mailto:babygirl_25@hotmail.com">babygirl_25@hotmail.com</a><br>&gt; &gt;&gt; CC: <a href="mailto:insight-users@itk.org">insight-users@itk.org</a><br>&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt; Do a reader1-&gt;Update() and reader2-&gt;Update() before accessing the<br>&gt; &gt;&gt; outputs of the reader.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; 2009/4/19 shoosh moosh &lt;<a href="mailto:babygirl_25@hotmail.com">babygirl_25@hotmail.com</a>&gt;:<br>
&gt; &gt;&gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt;&gt; &gt; I wrote up a program that takes as input 2 images - a 3D image, and a 3D<br>&gt; &gt;&gt; &gt; binary mask image with 0's in the parts im not interested and 1's in the<br>
&gt; &gt;&gt; &gt; parts I want to segment out. I want the program to simply multiply each<br>&gt; &gt;&gt; &gt; pixel in the original image with the corresponding pixel in the masking<br>&gt; &gt;&gt; &gt; image and produce a third image of the same size having only the region<br>
&gt; &gt;&gt; &gt; specified by 1's in the mask. The code compiles, but when I run it, I<br>&gt; &gt;&gt; &gt; get<br>&gt; &gt;&gt; &gt; this error:<br></div></div>&gt; &gt;&gt; &amp;
 gt;<div class="EC_im"><br>&gt; &gt;&gt; &gt; terminate called after throwing an instance of 'itk::ExceptionObject'<br>&gt; &gt;&gt; &gt; &nbsp; what():<br>&gt; &gt;&gt; &gt; /home/shoosh/InsightToolkit-3.10.2/Code/IO/itkNrrdImageIO.cxx:951:<br>
&gt; &gt;&gt; &gt; itk::ERROR: NrrdImageIO(0x8585a50): Write: Error wrapping nrrd for<br>&gt; &gt;&gt; &gt; output.nhdr:<br>&gt; &gt;&gt; &gt; [nrrd] nrrdWrap_nva:<br>&gt; &gt;&gt; &gt; [nrrd] _nrrdSizeCheck: axis 0 size is zero!<br>
&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Can some one tell me how to fix it. the code is attached.<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; ________________________________<br>
&gt; &gt;&gt; &gt; Get news, entertainment and everything you care about at Live.com. Check<br>&gt; &gt;&gt; &gt; it<br>&gt; &gt;&gt; &gt; out!<br>&gt; &gt;&gt; &gt; _____________________________________<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Powered by <a href="http://www.kitware.com">www.kitware.com</a><br>
&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Visit other
  Kitware open-source projects at<br>&gt; &gt;&gt; &gt; <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
&gt; &gt;&gt; &gt; <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt; Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>&gt; &gt;&gt; &gt; <a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ________________________________<br>&gt; &gt; See all the ways you can stay connected to friends and family<br><br><hr></div>What can you do with the new Windows Live? <a href="http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx">Find out</a></div>

<br>_____________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at: <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
<br></blockquote></div><br><br /><hr />Invite your mail contacts to join your friends list with Windows Live Spaces. It's easy! <a href='http://spaces.live.com/spacesapi.aspx?wx_action=create&wx_url=/friends.aspx&mkt=en-us' target='_new'>Try it!</a></body>
</html>