Hi Bill,<br><br>Thank you very much for pointing out that MRML is Slicer specific. After reading your email, I poised my question to the slicer-users mailing list and Nicole on that mailing list pointed me to some existing Slicer code that I could look at:<br>
<br>&quot;If you look at the source code in the ModelMaker module, it reads in a mrml scene file:<br>
<a href="http://viewvc.slicer.org/viewcvs.cgi/trunk/Applications/CLI/ModelMaker.cxx?view=markup" target="_blank">http://viewvc.slicer.org/viewcvs.cgi/trunk/Applications/CLI/ModelMaker.cxx?view=markup</a><br>
Then you can call GetNodeByID or GetNodesByName on the mrml scene
variable to get the vtkMRMLScalarVolumeNode and then you can call
GetImageData on that to get the vtkImageData for manipulation.&quot;<br><br>john<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Sep 29, 2009 at 12:57 PM, Bill Lorensen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:bill.lorensen@gmail.com">bill.lorensen@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">There are no itk functions to load a mrml file. mrml is Slicer3 specific.<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
On Tue, Sep 29, 2009 at 12:36 PM, John Drozd &lt;<a href="mailto:john.drozd@gmail.com">john.drozd@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Hello,<br>
&gt;<br>
&gt; I am trying to read a MRML brain atlas (SPL_PNL_Brain_Atlas2008:<br>
&gt; &quot;brain_atlas_2008.mrml&quot; ) using ITK, so I can use an itk deformable<br>
&gt; registration with a DICOM brain subject.<br>
&gt;<br>
&gt; I welcome any suggestions if any one knows of any ITK functions which will<br>
&gt; help in loading the MRML brain atlas into a data structure so I can<br>
&gt; manipulate and deform it.<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks,<br>
&gt; john<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; John Drozd<br>
&gt; Postdoctoral Fellow<br>
&gt; Imaging Research Laboratories<br>
&gt; Robarts Research Institute<br>
&gt; Room 1256<br>
&gt; 100 Perth Drive<br>
&gt; London, ON<br>
&gt; N6A 5K8<br>
&gt; (519) 661-2111 ext. 25306<br>
&gt;<br>
</div></div>&gt; _____________________________________<br>
&gt; Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
&gt;<br>
&gt; Visit other Kitware open-source projects at<br>
&gt; <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
&gt;<br>
&gt; Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
&gt; <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
&gt;<br>
&gt; Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
&gt; <a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>John Drozd<br>Postdoctoral Fellow<br>Imaging Research Laboratories<br>Robarts Research Institute<br>Room 1256<br>100 Perth Drive<br>London, ON<br>N6A 5K8<br>(519) 661-2111 ext. 25306<br>