Hello,<br><br>I am reading a brain subject in the form of a DICOM series using ITK and writing it out from memory as a volume.<br>I used the method shown in Examples/IO/DicomSeriesReadImageWrite2.cxx<br>I viewed the original DICOM series in 3D Slicer, and also viewed the outputted volume in 3D Slicer.<br>
I am using 3D Slicer because I am developing a segmentation module for 3D Slicer using ITK.<br>I noticed that the original DICOM series and the outputted volume are inverted in orientation, such that the original series is the radiologist view and the outputted volume is the neurosurgean view as per <a href="http://www.itk.org/pipermail/insight-users/2009-June/031128.html">http://www.itk.org/pipermail/insight-users/2009-June/031128.html</a> and <br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/Proposals:Orientation#DICOM_LPS_Differences_in_Visualization_presented_to_Radiologist_and_NeuroSurgeons">http://www.itk.org/Wiki/Proposals:Orientation#DICOM_LPS_Differences_in_Visualization_presented_to_Radiologist_and_NeuroSurgeons</a><br>
<br>Does this have something to do with what I read on the internet that vtk&#39;s images are flipped vertically from itk&#39;s images?<br clear="all">Is there a way to manipulate the image in memory using ITK so that Slicer will display the outputted volume in the same radiologist orientation as the original DICOM series?<br>
<br>Thank you.<br><br>john<br><br>-- <br>John Drozd<br>Postdoctoral Fellow<br>Imaging Research Laboratories<br>Robarts Research Institute<br>Room 1256<br>100 Perth Drive<br>London, Ontario, Canada<br>N6A 5K8<br>(519) 661-2111 ext. 25306<br>