Hi Andriy,<br><br>Sorry for repeating this email to you, but I previously had forgotten to carbon copy the Insight users mailing list.<br><br>Thanks,<br>john<br><br><div class="gmail_quote">---------- Forwarded message ----------<br>
From: <b class="gmail_sendername">John Drozd</b> <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:john.drozd@gmail.com">john.drozd@gmail.com</a>&gt;</span><br>Date: Fri, Nov 13, 2009 at 4:09 PM<br>Subject: Re: [Insight-users] statistical volume measurement of segmented ventricles<br>
To: Andriy Fedorov &lt;<a href="mailto:fedorov@bwh.harvard.edu">fedorov@bwh.harvard.edu</a>&gt;<br><br><br>Thanks Andriy.  I have an automated segmentation routine developed that segments the ventricles.  I will use the ITK classes to automatically label map this segmentation and then use the label statistics module that you described to give the volume statistics. However, I will also be creating a command line version to process lots of MRI images in which I will find the ITK classes useful, and use 3D Slicer for interactive visual correction.  That&#39;s my plan.<br>
<font color="#888888">
<br>John</font><div><div></div><div class="h5"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Nov 13, 2009 at 3:54 PM, Andriy Fedorov <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:fedorov@bwh.harvard.edu" target="_blank">fedorov@bwh.harvard.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div>On Fri, Nov 13, 2009 at 15:49, John Drozd &lt;<a href="mailto:john.drozd@gmail.com" target="_blank">john.drozd@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Thanks Andriy. I will be developing my ITK code to work as a module within<br>
&gt; 3D Slicer.<br>
&gt;<br>
<br>
</div>John,<br>
<br>
This is great!<br>
<br>
One thing you might want to consider is that 3D Slicer already has the<br>
capability to provide you statistics like mm^3 volume for a label. See<br>
the documentation here:<br>
<br>
<a href="http://wiki.slicer.org/slicerWiki/index.php/Modules:LabelStatistics-Documentation-3.4" target="_blank">http://wiki.slicer.org/slicerWiki/index.php/Modules:LabelStatistics-Documentation-3.4</a><br>
<br>
I just don&#39;t want you to spend time re-implementing existing<br>
functionality.... Please post to slicer mail list if you need any help<br>
regarding 3D Slicer module development.<br>
<font color="#888888"><br>
Andriy Fedorov<br>
</font><div><div></div><div><br>
<br>
<br>
<br>
&gt; Thanks,<br>
&gt; john<br>
&gt;<br>
&gt; On Fri, Nov 13, 2009 at 12:17 PM, Andriy Fedorov &lt;<a href="mailto:fedorov@bwh.harvard.edu" target="_blank">fedorov@bwh.harvard.edu</a>&gt;<br>
&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt; I had previously been using the ITK that came with the 3DSlicer<br>
&gt;&gt; &gt; download, 3D<br>
&gt;&gt; &gt; Slicer Version 3.4 RC1 1.0 (3D Slicer Version 3.4 RC11.0), which did not<br>
&gt;&gt; &gt; have these classes in its Slicer3-lib/Insight/Code/Review directory.<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Now, I have the impetus to use the latest 3.16.0 version of ITK.<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Hi John,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; 3D Slicer 3.4 is using ITK 3.14, that&#39;s why you didn&#39;t see the<br>
&gt;&gt; classes. If you check out the current trunk source code for Slicer (or<br>
&gt;&gt; get a recent nightly build) it is using the latest ITK 3.16. The<br>
&gt;&gt; instructions on building Slicer from source are available here<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; <a href="http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/Slicer3:Build_Instructions#Building_the_latest_development_version" target="_blank">http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/Slicer3:Build_Instructions#Building_the_latest_development_version</a><br>


&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Just FYI in case you would like to develop your tools within 3D Slicer.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Andriy Fedorov<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Thanks to both of you again,<br>
&gt;&gt; &gt; john<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; On Fri, Nov 13, 2009 at 11:20 AM, Bill Lorensen<br>
&gt;&gt; &gt; &lt;<a href="mailto:bill.lorensen@gmail.com" target="_blank">bill.lorensen@gmail.com</a>&gt;wrote:<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; John,<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; The classes in Gaetan&#39;s paper now reside in the Insight/Code/Review.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Bill<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; On Fri, Nov 13, 2009 at 4:29 AM, John Drozd &lt;<a href="mailto:john.drozd@gmail.com" target="_blank">john.drozd@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; wrote:<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Thank you very much.  This is very helpful.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; john<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; On Thu, Nov 12, 2009 at 3:42 PM, C.Cagatay Bilgin &lt;<a href="mailto:bilgic@cs.rpi.edu" target="_blank">bilgic@cs.rpi.edu</a>&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; wrote:<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; I use the following submission by Gaetan for<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; that purpose. Note that It has way more<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; morphological features than you asked for.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; <a href="http://www.insight-journal.org/browse/publication/176" target="_blank">http://www.insight-journal.org/browse/publication/176</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; Regards,<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; ----------------------------------------------------------------------------<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; Cemal Cagatay Bilgin,<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; Ph.D Candidate in Computer Science Department at RPI<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; <a href="mailto:bilgic@cs.rpi.edu" target="_blank">bilgic@cs.rpi.edu</a> -<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; <a href="http://www.cs.rpi.edu/%7Ebilgic" target="_blank">http://www.cs.rpi.edu/~bilgic</a>&lt;<a href="http://www.cs.rpi.edu/%7Ebilgic" target="_blank">http://www.cs.rpi.edu/%7Ebilgic</a>&gt;<br>


&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; Lally 01A, 110 8th Street Troy, NY 12180-3590, USA.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; Tel: (518) 276-8489, Fax:(518) 276-4033<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt; On Nov 12, 2009, at 12:31 PM, John Drozd wrote:<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Hello,<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Using Examples/Segmentation/ConnectedThresholdImageFilter.cxx,<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt; I successfully segmented ventricles from an mri image of a human<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt; brain.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Using ITK, I would like to calculate the statistical volume in mm^3<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt; of<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt; these segmented ventricles.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Are there any ITK functions that will allow me to calculate the<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt; volume<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; of<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt; a segmented region?<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Thanks,<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt; John<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt; _____________________________________<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Visit other Kitware open-source projects at<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt; <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt; <a href="http://www.kitware.com/products/protraining.html" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.html</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt; <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
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&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
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&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
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&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt; -------------- next part --------------<br>
&gt;&gt; &gt; An HTML attachment was scrubbed...<br>
&gt;&gt; &gt; URL:<br>
&gt;&gt; &gt; &lt;<a href="http://www.itk.org/pipermail/insight-users/attachments/20091113/1a33b2c2/attachment-0001.htm" target="_blank">http://www.itk.org/pipermail/insight-users/attachments/20091113/1a33b2c2/attachment-0001.htm</a>&gt;<br>


&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; ------------------------------<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; _______________________________________________<br>
&gt;&gt; &gt; Insight-users mailing list<br>
&gt;&gt; &gt; <a href="mailto:Insight-users@itk.org" target="_blank">Insight-users@itk.org</a><br>
&gt;&gt; &gt; <a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; End of Insight-users Digest, Vol 67, Issue 73<br>
&gt;&gt; &gt; *********************************************<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
</div></div></blockquote></div><br>
</div></div></div><br>