<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><DIV><BR></DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">Gaetan:</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">&nbsp;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">Thanks a lot.</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">&nbsp;</DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">Baoyun<BR></DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif"><FONT face=Tahoma size=2>
<HR SIZE=1>
<B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">From:</SPAN></B> Gaëtan Lehmann &lt;gaetan.lehmann@jouy.inra.fr&gt;<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">To:</SPAN></B> Baoyun Li &lt;baoyun_li123@yahoo.com&gt;<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">Cc:</SPAN></B> Luis Ibanez &lt;luis.ibanez@kitware.com&gt;; ITK Users &lt;insight-users@itk.org&gt;<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">Sent:</SPAN></B> Tue, November 17, 2009 12:57:47 PM<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">Subject:</SPAN></B> Re: [Insight-users] are itkConnectedComponentImageFilter and itkBinaryDilateImageFilter<BR></FONT><BR><BR>Le 16 nov. 09 à 20:47, Baoyun Li a écrit :<BR><BR>&gt; Dear Gaetan:<BR>&gt; <BR>&gt; Claiming structur element as [3 3 1] seems to be a simple solution.<BR>&gt; <BR>&gt; What I am wondering is how about if I only want to dilate or erod one voxel with slice? How to give teh structure elements in this case. Can I give structure elements as [1 1 0.33]?&nbsp; Seem the way you
 suggested has to do dilation with slice with 3 voxel.<BR><BR>[3, 3, 1] is the radius of the structuring element that you set with SetRadius(). The size of the structuring element element is the radius * 2 + 1 on each dimension. A kernel of radius [3, 3, 1] has a size [7, 7, 3].<BR><BR>If you want to work on slices, you can use a radius of 0 on the last dimension - [3, 3, 0] for example.<BR><BR>Gaëtan<BR><BR>&gt; <BR>&gt; Is that true:<BR>&gt; thanks<BR>&gt; <BR>&gt; Baoyun<BR>&gt; <BR>&gt; From: Gaëtan Lehmann &lt;<A href="mailto:gaetan.lehmann@jouy.inra.fr" ymailto="mailto:gaetan.lehmann@jouy.inra.fr">gaetan.lehmann@jouy.inra.fr</A>&gt;<BR>&gt; To: Baoyun Li &lt;<A href="mailto:baoyun_li123@yahoo.com" ymailto="mailto:baoyun_li123@yahoo.com">baoyun_li123@yahoo.com</A>&gt;; Luis Ibanez &lt;<A href="mailto:luis.ibanez@kitware.com" ymailto="mailto:luis.ibanez@kitware.com">luis.ibanez@kitware.com</A>&gt;<BR>&gt; Cc: ITK Users &lt;<A
 href="mailto:insight-users@itk.org" ymailto="mailto:insight-users@itk.org">insight-users@itk.org</A>&gt;<BR>&gt; Sent: Mon, November 16, 2009 9:20:19 AM<BR>&gt; Subject: Re: [Insight-users] are itkConnectedComponentImageFilter and itkBinaryDilateImageFilter<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; Hi,<BR>&gt; <BR>&gt; For BinaryDilateImageFilter, it is possible to take the spacing into account when choosing the kernel size - the size on the third dimension should be three time smaller than on the two other ones - for example [3,3,1]. There is nothing to do for the ConnectedComponentImageFilter.<BR>&gt; <BR>&gt; I'm not sure to understand how the spacing can have an impact on the performance of those filters - by definition, they are working on the neighbors of the pixels. Resampling the image shouldn't have much effect on the result, but will certainly have a quite bad effect on the execution time, and on the required memory!<BR>&gt; <BR>&gt; Gaëtan<BR>&gt; <BR>&gt;
 <BR>&gt; Le 15 nov. 09 à 16:48, Luis Ibanez a écrit :<BR>&gt; <BR>&gt; &gt; Hi Baoyun,<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; The two filters:<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; * itk::ConnectedComponentImageFilter&nbsp; &nbsp; and<BR>&gt; &gt; * itk::BinaryDilateImageFilter<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; Operate in Voxel (pixel) space.<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; They DO NOT take the image spacing into account.<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; You may want to resample you image off spacings:<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0x6 x 0.6 x 2.5 mm<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; into an isotropic image with spacing<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0x x 0.6 x 0.6333<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; (e.g. splitting Z slices into three).<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; In this way, the operations of the Connectivity and Morphology<BR>&gt; &gt; filters will be closer to the intuitive expectations.<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;
 Regards,<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Luis<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; -----------------------<BR>&gt; &gt; On Fri, Nov 13, 2009 at 2:38 PM, Baoyun Li &lt;<A href="mailto:baoyun_li123@yahoo.com" ymailto="mailto:baoyun_li123@yahoo.com">baoyun_li123@yahoo.com</A>&gt; wrote:<BR>&gt; &gt;&gt; Dear All:<BR>&gt; &gt;&gt;<BR>&gt; &gt;&gt; Can somebody tell me whetehr itkConnectedComponentImageFilter and<BR>&gt; &gt;&gt; itkBinaryDilateImageFilter are operated on the physical space or voxel<BR>&gt; &gt;&gt; space.<BR>&gt; &gt;&gt; I have 0.6mmx0.6mmx2.5 mm ct data and want to do some morphorlogical<BR>&gt; &gt;&gt; operation.<BR>&gt; &gt;&gt;<BR>&gt; &gt;&gt; I think the performance will be affected if the morphorlogical operation is<BR>&gt; &gt;&gt; done on voxel space.<BR>&gt; &gt;&gt;<BR>&gt; &gt;&gt; So please guid me wheter those filters are operated on physical space? If<BR>&gt; &gt;&gt; not, what
 should I do.<BR>&gt; &gt;&gt;<BR>&gt; &gt;&gt;<BR>&gt; &gt;&gt; Thanks<BR>&gt; &gt;&gt;<BR>&gt; &gt;&gt; Baoyun<BR>&gt; &gt;&gt;<BR>&gt; &gt;&gt; _____________________________________<BR>&gt; &gt;&gt; Powered by <A href="http://www.kitware.com/" target=_blank>www.kitware.com</A><BR>&gt; &gt;&gt;<BR>&gt; &gt;&gt; Visit other Kitware open-source projects at<BR>&gt; &gt;&gt; http://www.kitware.com/opensource/opensource.html<BR>&gt; &gt;&gt;<BR>&gt; &gt;&gt; Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<BR>&gt; &gt;&gt; http://www.kitware.com/products/protraining.html<BR>&gt; &gt;&gt;<BR>&gt; &gt;&gt; Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<BR>&gt; &gt;&gt; http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ<BR>&gt; &gt;&gt;<BR>&gt; &gt;&gt; Follow this link to subscribe/unsubscribe:<BR>&gt; &gt;&gt; http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users<BR>&gt; &gt;&gt;<BR>&gt; &gt;&gt;<BR>&gt; &gt; _____________________________________<BR>&gt;
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 Reproduction<BR>&gt; INRA de Jouy-en-Josas (France)<BR>&gt; tel: +33 1 34 65 29 66&nbsp; &nbsp; fax: 01 34 65 29 09<BR>&gt; http://voxel.jouy.inra.fr&nbsp; http://www.itk.org<BR>&gt; http://www.mandriva.org&nbsp; http://www.bepo.fr<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; <BR><BR>--Gaëtan Lehmann<BR>Biologie du Développement et de la Reproduction<BR>INRA de Jouy-en-Josas (France)<BR>tel: +33 1 34 65 29 66&nbsp; &nbsp; fax: 01 34 65 29 09<BR><A href="http://voxel.jouy.inra.fr/" target=_blank>http://voxel.jouy.inra.fr</A>&nbsp; <A href="http://www.itk.org/" target=_blank>http://www.itk.org</A><BR><A href="http://www.mandriva.org/" target=_blank>http://www.mandriva.org</A>&nbsp; <A href="http://www.bepo.fr/" target=_blank>http://www.bepo.fr</A><BR><BR></DIV><!-- cg2.c4.mail.gq1.yahoo.com compressed/chunked Fri Nov 13 11:32:15 PST 2009 --></div><br>

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