<div>Hi all,</div>
<div> </div>
<div>I originally have a dicom series of 2d slices which I had converted to a 3D dicom volume for processing.</div>
<div>I&#39;ll try processing the dicom series and then write the output to a dicom series of 2d slices, to see if I can circumvent this problem.</div>
<div>I&#39;ll let you know if this works?</div>
<div> </div>
<div>I&#39;ll provide a link to my data as well, but it probably won&#39;t be until the weekend.</div>
<div> </div>
<div>Thanks,</div>
<div>john<br><br></div>
<div class="gmail_quote">On Fri, Nov 27, 2009 at 12:23 PM, Mathieu Malaterre <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mathieu.malaterre@gmail.com">mathieu.malaterre@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">This is a post ITK 3.16 feature I am afraid:<br><br><a href="http://www.cmake.org/Bug/view.php?id=7748" target="_blank">http://www.cmake.org/Bug/view.php?id=7748</a><br>
<br>(0017626)<br>Mathieu.Malaterre (developer)<br>2009-09-19 06:51<br><br>       This will be post ITK 3.16.<br><br>Thanks for the patch ! Sorry for being so long to fix it.<br>
<div>
<div></div>
<div class="h5"><br>On Fri, Nov 27, 2009 at 6:11 PM, Bill Lorensen &lt;<a href="mailto:bill.lorensen@gmail.com">bill.lorensen@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>&gt; John,<br>&gt;<br>&gt; 3.16 will not help. This looks like a bug for sure.<br>
&gt;<br>&gt; Can you provide a link to a dataset that we can use to reproduce the<br>&gt; problem? We don&#39;t have much experience with 3D dicom files I&#39;m afraid.<br>&gt;<br>&gt; Bill<br>&gt;<br>&gt; On Fri, Nov 27, 2009 at 11:59 AM, John Drozd &lt;<a href="mailto:john.drozd@gmail.com">john.drozd@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt; Hi Bill,<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; I am currently using the ITK 3.14 that is in the 3D Slicer 3.4<br>&gt;&gt; directory Slicer3-lib/Insight<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; If I upgrade to ITK 3.16, will this solve my problem?<br>
&gt;&gt;<br>&gt;&gt; I downloaded ITK 3.16 and noticed using the diff command that<br>&gt;&gt; itkGDCMIO.h has been modified from what it was in ITK 3.14.<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; But when I ran diff on gdcmOrientation.cxx in both versions of ITK,<br>
&gt;&gt; diff showed no difference.<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; John<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; On Friday, November 27, 2009, Bill Lorensen &lt;<a href="mailto:bill.lorensen@gmail.com">bill.lorensen@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>&gt;&gt;&gt; John,<br>
&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; What version of itk are you using? Are you using the gdcm 1.x that is<br>&gt;&gt;&gt; in the itk source tree or an external gdcm 2.x version?<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; Bill<br>&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; On Thu, Nov 26, 2009 at 3:22 PM, John Drozd &lt;<a href="mailto:john.drozd@gmail.com">john.drozd@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>&gt;&gt;&gt;&gt; Hi Luis,<br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt; I was getting a segmentation fault because I had forgotten to change the<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Dimension from 2 to 3 in DicomReadPrintTag.cxx.<br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt; For the input image, I have:<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0020|0037) Image Orientation (Patient) = 0.0\0.0\-1.0\0.0\1.0\0.0<br>
&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt; For the output image, I have:<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0020|0037) Image Orientation (Patient) =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 0.000000\0.000000\1.000000\0.000000\1.000000\0.000000<br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; There is a difference.  Since the program is changing the orientation when<br>&gt;&gt;&gt;&gt; processed through the pipeline, is the best approach to manually change the<br>&gt;&gt;&gt;&gt; orientation tag of the dictionary and then copy the revised dictionary to<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; the output file?<br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt; john<br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt; Below are the full tags:<br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt;&gt; [jdrozd@trumpet DicomImageReadPrintTags]$ ./DicomImageReadPrintTags<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; correctedsubject5.dcm<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0002|0000) Group Length =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 214<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0002|0001) File Meta Information Version =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; AAE=<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0002|0002) Media Storage SOP Class UID =<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0002|0003) Media Storage SOP Instance UID =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 1.2.826.0.1.3680043.2.1125.1.10607669833050788267094246636093811<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0002|0010) Transfer Syntax UID =<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; 1.2.840.10008.1.2.1<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0002|0012) Implementation Class UID =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 147.144.143.155<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0002|0013) Implementation Version Name = ITK/GDCM<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 1.2.4<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; (0002|0016) Source Application Entity Title =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; NOTSPECIFIED<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0008|0008) Image Type =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; DERIVED\PRIMARY<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0008|0012) Instance Creation Date =<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; 20091029<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0008|0013) Instance Creation Time =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 135224<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0008|0016) SOP Class UID =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0008|0018) SOP Instance UID =<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; 1.2.826.0.1.3680043.2.1125.1.10607669833050788267094246636093811<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0008|0020) Study Date =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 20081030<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0008|0030) Study Time =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 164348.940<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; (0008|0050) Accession Number<br>&gt;&gt;&gt;&gt; =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0008|0060) Modality =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; CT<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0008|0064) Conversion Type =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; WSD<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0008|0070) Manufacturer =<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Manifacturer<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0008|0080) Institution Name = GDCM<br>&gt;&gt;&gt;&gt; Hospital<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0008|0090) Referring Physician&#39;s Name = Refering<br>&gt;&gt;&gt;&gt; Phisician<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; (0010|0010) Patient&#39;s Name = Patient<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 188858520<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0010|0020) Patient ID =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 1747233212<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0010|0030) Patient&#39;s Birth Date =<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; 19500101<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0010|0040) Patient&#39;s Sex =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; M<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0018|0088) Spacing Between Slices =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 1.207500<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0018|1164) Imager Pixel Spacing =<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; 0.945750\0.945750<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0020|000d) Study Instance UID =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 1.2.826.0.1.3680043.2.1125.1.53653479342656887425609263146205769<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0020|000e) Series Instance UID =<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; 1.2.826.0.1.3680043.2.1125.1.47155241092896696198844159625679986<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0020|0010) Study ID =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 1533117581<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0020|0011) Series Number =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 2135500125<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; (0020|0013) Instance Number =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 165<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0020|0020) Patient Orientation =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; L\P<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0020|0032) Image Position (Patient) =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 199.237496852874\0.0\0.0<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; (0020|0037) Image Orientation (Patient) =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 0.0\0.0\-1.0\0.0\1.0\0.0<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0020|4000) Image Comments = NOT FOR CLINICAL<br>&gt;&gt;&gt;&gt; USE<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0028|0002) Samples per Pixel =<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; 1<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0028|0004) Photometric Interpretation =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; MONOCHROME2<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0028|0008) Number of Frames =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 166<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0028|0010) Rows =<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; 256<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0028|0011) Columns =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 256<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0028|0030) Pixel Spacing =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 0.945750\0.945750<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0028|0034) Pixel Aspect Ratio =<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; 1\1<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0028|0100) Bits Allocated =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 16<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0028|0101) Bits Stored =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 16<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0028|0102) High Bit =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 15<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; (0028|0103) Pixel Representation =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 0<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0028|1052) Rescale Intercept =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 0.0<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0028|1053) Rescale Slope =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 1.0<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; (0028|1054) Rescale Type =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; US<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (7fe0|0000) Group Length =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 21757964<br>&gt;&gt;&gt;&gt; Patient&#39;s Name (0010|0010)  is: Patient<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 188858520<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; Performing Physician&#39;s Name (0008|1050): (No Value Found in<br>&gt;&gt;&gt;&gt; File)<br>&gt;&gt;&gt;&gt; PixelType:<br>&gt;&gt;&gt;&gt; scalar<br>&gt;&gt;&gt;&gt; Component Type: unsigned_short<br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;&gt; [jdrozd@trumpet DicomImageReadPrintTags]$ ./DicomImageReadPrintTags<br>&gt;&gt;&gt;&gt; outsubject5.dcm<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0002|0000) Group Length =<br>&gt;&gt;&gt;&gt; 194<br>&gt;&gt;&gt;&gt; (0002|00<br>
&gt;&gt;<br></div></div>
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