To check this, I also followed Luiz Ibanez&#39; suggestion to John Drozd in the message &quot;problem with orientation of<br>dicom output from segmentation.<br><br>I pasted in the following lines into the codes:<br><br>std::cout &lt;&lt; reader-&gt;GetOutput()-&gt;GetDirection() &lt;&lt; std::endl;<br>

std::cout &lt;&lt; filter-&gt;GetOutput()-&gt;GetDirection() &lt;&lt; std::endl;<br><br>and got the following result:<br><br>0.997256 -0.0188216 -0.0716039<br>0.0740362 0.253523 0.964492<br>-8.34627e-10 -0.967146 0.254221<br>

<br>1 0 0<br>0 1 0<br>0 0 1<br><br>Does this mean for certain that the filter changes the axis&#39; orientation?<br><br>Kind regards,<br><br>Michael<br><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Nov 30, 2009 at 9:53 AM, michiel mentink <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:michael.mentink@st-hughs.ox.ac.uk">michael.mentink@st-hughs.ox.ac.uk</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">might this be the same problem as in<br><h1><span> problem with orientation of dicom output from segmentation</span></h1>

where the dicom 3d volume is changed in orientation?<br><br>Kind regards, Michael<div><div></div><div class="h5"><br>
<br><div class="gmail_quote">On Mon, Nov 30, 2009 at 9:42 AM, michiel mentink <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:michael.mentink@st-hughs.ox.ac.uk" target="_blank">michael.mentink@st-hughs.ox.ac.uk</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="gmail_quote"><div>Dear Bill,<br><br>I indeed didn&#39;t define the origin correctly. However, now there seems to be a more<br>serious problem.<br><br>Since I&#39;m not sure I can upload screenshots to this mailing list, I have put a <br>



ITKsnap screenshot of the original dcm volume view, together with output after<br>
the affine filter and code on this site:<br><br><a href="http://sites.google.com/site/michielmentink/programming/itk/image-translate" target="_blank">http://sites.google.com/site/michielmentink/programming/itk/image-translate</a><br>



<br>
You can see there that before and after the affine filter, using identity transformation,<br>the filesize, number of pixels, and pixel sizes are identical.<br><br>There is a small bit of the original volume visible in the resulting dicom volume, but<br>




it contains only image data on a eight slices and the slices are deformed. <br><br>What I can make of the data, it seems that the filter has rotated the dicom volume<br>so that the &#39;coronal&#39; (seeing)from the front) view now shows the &#39;axial&#39; view (seeing<br>




from above).<br>Also, the image is flipped in both X and Y axis.<br><br></div>If I change the Z origin to -69 instead of 69, most image slices actually contain the<br>image data, but still the views have been changed completely, like mentioned before.<div>


<div></div><div><br>
<br>What is going on? <br>What I really want to do is load in a dicom volume, translate it in the X, Y, Z direction<br>and save it. Normally, the affine filter should be used for this, right?<br>
<br>For completeness, I&#39;ve pasted the code again.<br><br>Kind regards, Michael<div><br><br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Nov 27, 2009 at 4:05 PM, Bill Lorensen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:bill.lorensen@gmail.com" target="_blank">bill.lorensen@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>




<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">What is the origin, spacing and direction of the input volume?<br>
<div><div></div><div><br>
On Fri, Nov 27, 2009 at 9:59 AM, michiel mentink<br>
&lt;<a href="mailto:michael.mentink@st-hughs.ox.ac.uk" target="_blank">michael.mentink@st-hughs.ox.ac.uk</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Dear all,<br>
&gt;<br>
&gt; I&#39;m trying to make a simple function that translates a dicom volume by a<br>
&gt; certain amount.<br>
&gt; It first opens all dicom slides of an mri scan.<br>
&gt;<br>
&gt; To do this, I pasted DicomSeriesReadImageWrite2.cxx and<br>
&gt; ResampleImageFilter.cxx and adjusted<br>
&gt; the latter so it accepts 3 dimensions instead of two and uses integer<br>
&gt; instead of unsigned char.<br>
&gt;<br>
&gt; The function compiles and a .vtk volume is written. However, there&#39;s no<br>
&gt; image data in the file.<br>
&gt; It does display all pixels with value 100, as I set by:<br>
&gt; filter-&gt;SetDefaultPixelValue( 100 );<br>
&gt;<br>
&gt; questions:<br>
&gt; 1) am I too naive to think that the ResampleImageFilter can easily be<br>
&gt; extended from 2 to 3 dimensions?<br>
&gt; 2) if not, what did I do wrong?<br>
&gt;<br>
</div></div></blockquote></div><br><br></div><div><div></div><div>#if defined(_MSC_VER)<br>#pragma warning ( disable : 4786 )<br>#endif<br><br>#ifdef __BORLANDC__<br>#define ITK_LEAN_AND_MEAN<br>#endif<br><br>
#include &quot;itkOrientedImage.h&quot;<br>
#include &quot;itkGDCMImageIO.h&quot;<br>#include &quot;itkGDCMSeriesFileNames.h&quot;<br>#include &quot;itkImageSeriesReader.h&quot;<br>#include &quot;itkImageFileWriter.h&quot;<br>#include &quot;itkResampleImageFilter.h&quot;<br>




<br>#include &quot;itkAffineTransform.h&quot;<br>#include &quot;itkNearestNeighborInterpolateImageFunction.h&quot;<br>// Software Guide : EndCodeSnippet<br><br>int main( int argc, char* argv[] )<br>{<br><br>  if( argc &lt; 3 )<br>




    {<br>    std::cerr &lt;&lt; &quot;Usage: &quot; &lt;&lt; std::endl;<br>    std::cerr &lt;&lt; argv[0] &lt;&lt; &quot; DicomDirectory  outputFileName  [seriesName]&quot; <br>              &lt;&lt; std::endl;<br>    return EXIT_FAILURE;<br>




    }<br><br>  typedef signed short    PixelType;<br>  const unsigned int      Dimension = 3;<br><br>  typedef itk::OrientedImage&lt; PixelType, Dimension &gt;         ImageType;<br><br>  typedef itk::ImageSeriesReader&lt; ImageType &gt;        ReaderType;<br>




  ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();<br><br>  typedef itk::GDCMImageIO       ImageIOType;<br>  ImageIOType::Pointer dicomIO = ImageIOType::New();<br>  <br>  reader-&gt;SetImageIO( dicomIO );<br><br>  typedef itk::GDCMSeriesFileNames NamesGeneratorType;<br>




  NamesGeneratorType::Pointer nameGenerator = NamesGeneratorType::New();<br><br>  nameGenerator-&gt;SetUseSeriesDetails( true );<br>  nameGenerator-&gt;AddSeriesRestriction(&quot;0008|0021&quot; );<br><br>  nameGenerator-&gt;SetDirectory( argv[1] );<br>




<br>  try<br>    {<br>    std::cout &lt;&lt; std::endl &lt;&lt; &quot;The directory: &quot; &lt;&lt; std::endl;<br>    std::cout &lt;&lt; std::endl &lt;&lt; argv[1] &lt;&lt; std::endl &lt;&lt; std::endl;<br>    std::cout &lt;&lt; &quot;Contains the following DICOM Series: &quot;;<br>




    std::cout &lt;&lt; std::endl &lt;&lt; std::endl;<br><br>    typedef std::vector&lt; std::string &gt;    SeriesIdContainer;<br>    <br>    const SeriesIdContainer &amp; seriesUID = nameGenerator-&gt;GetSeriesUIDs();<br>




    <br>    SeriesIdContainer::const_iterator seriesItr = seriesUID.begin();<br>    SeriesIdContainer::const_iterator seriesEnd = seriesUID.end();<br>    while( seriesItr != seriesEnd )<br>      {<br>      std::cout &lt;&lt; seriesItr-&gt;c_str() &lt;&lt; std::endl;<br>




      seriesItr++;<br>      }<br><br>    std::string seriesIdentifier;<br><br>    if( argc &gt; 3 ) // If no optional series identifier<br>      {<br>      seriesIdentifier = argv[3];<br>      }<br>    else<br>      {<br>




      seriesIdentifier = seriesUID.begin()-&gt;c_str();<br>      }<br><br>    std::cout &lt;&lt; std::endl &lt;&lt; std::endl;<br>    std::cout &lt;&lt; &quot;Now reading series: &quot; &lt;&lt; std::endl &lt;&lt; std::endl;<br>




    std::cout &lt;&lt; seriesIdentifier &lt;&lt; std::endl;<br>    std::cout &lt;&lt; std::endl &lt;&lt; std::endl;<br><br>    typedef std::vector&lt; std::string &gt;   FileNamesContainer;<br>    FileNamesContainer fileNames;<br>




<br>    fileNames = nameGenerator-&gt;GetFileNames( seriesIdentifier );<br>    reader-&gt;SetFileNames( fileNames );<br>    try<br>      {<br>      reader-&gt;Update();<br>      }<br>    catch (itk::ExceptionObject &amp;ex)<br>




      {<br>      std::cout &lt;&lt; ex &lt;&lt; std::endl;<br>      return EXIT_FAILURE;<br>      }<br>    }<br>  catch (itk::ExceptionObject &amp;ex)<br>    {<br>    std::cout &lt;&lt; ex &lt;&lt; std::endl;<br>    return EXIT_FAILURE;<br>




    }<br>//  return EXIT_SUCCESS;<br><br>//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////<br></div></div>// FROM HERE NEW CODE</div></div><div><div><div></div><div><br>/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////<br>




<br>//  const     unsigned int   Dimension = 3;<br>//  typedef   unsigned char  InputPixelType;<br>//  typedef   unsigned char  OutputPixelType;<br></div></div>  typedef itk::Image&lt; PixelType, Dimension &gt;   InputImageType;<br>



</div><div><div></div><div><div>
  typedef itk::Image&lt; PixelType, Dimension &gt;   OutputImageType;<br></div><div>  typedef itk::ImageFileWriter&lt; ImageType &gt;  WriterType;<br>  WriterType::Pointer writer = WriterType::New();<br><br>  writer-&gt;SetFileName( argv[2] );<br>




<br></div><div>  typedef itk::ResampleImageFilter&lt;ImageType,ImageType&gt; FilterType;<br>  FilterType::Pointer filter = FilterType::New();<br><br>  typedef itk::AffineTransform&lt; double, Dimension &gt;  TransformType;<br>



  TransformType::Pointer transform = TransformType::New();<br>
  filter-&gt;SetTransform( transform );<br><br><br>  typedef itk::NearestNeighborInterpolateImageFunction&lt;ImageType, double &gt;  InterpolatorType;<br>  InterpolatorType::Pointer interpolator = InterpolatorType::New();<br>




  filter-&gt;SetInterpolator( interpolator );<br>  <br>  filter-&gt;SetDefaultPixelValue( 100 ); // if pixel in output image not defined, what value?<br><br>  double spacing[ Dimension ];<br>  spacing[0] = 0.29; // pixel spacing in millimeters along X<br>




  spacing[1] = 0.29; // pixel spacing in millimeters along Y<br></div>  spacing[2] = 3.3;  // pixel spacing in millimeters along Z<div><br><br>  filter-&gt;SetOutputSpacing( spacing );<br><br>  double origin[ Dimension ];<br>



</div>  origin[0] = -174.22;  // X space coordinate of origin<br>
  origin[1] = -125.00;  // Y space coordinate of origin<br>  origin[2] =   69.37;  // Z space coordinate of origin<div><br><br>  filter-&gt;SetOutputOrigin( origin );<br>  ImageType::DirectionType direction;<br>
  direction.SetIdentity();<br>
  filter-&gt;SetOutputDirection( direction );<br>  ImageType::SizeType   size;<br><br>  size[0] = 560;  // number of pixels along X<br>  size[1] = 560;  // number of pixels along Y<br></div>  size[2] = 26;<div>
<br><br>  filter-&gt;SetSize( size );<br>
  filter-&gt;SetInput( reader-&gt;GetOutput() );<br><br>  writer-&gt;SetInput( filter-&gt;GetOutput() );<br>  writer-&gt;Update();<br><br></div>  std::cout &lt;&lt; &quot;Writing the image&quot; &lt;&lt; std::endl &lt;&lt; std::endl;<br>




<br><br>  /* (this code not executed)<div><br>  TransformType::OutputVectorType translation;<br>  translation[0] = 0;  // X translation in millimeters<br>  translation[1] = 0;  // Y translation in millimeters<br>
</div>  translation[2] = 0;  // Z translation in millimeters<div><br>
<br>  transform-&gt;Translate( translation );<br>  // Software Guide : EndCodeSnippet<br><br>   writer-&gt;SetInput( filter-&gt;GetOutput() );<br><br>    std::cout  &lt;&lt; &quot;Writing the image as &quot; &lt;&lt; std::endl &lt;&lt; std::endl;<br>




    std::cout  &lt;&lt; argv[2] &lt;&lt; std::endl &lt;&lt; std::endl;<br>    writer-&gt;Update();<br></div>    */<br><br>}<br>
</div></div></div><br>
</blockquote></div><br>
</div></div></blockquote></div><br>