<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EstiloCorreo17
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page Section1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:70.85pt 3.0cm 70.85pt 3.0cm;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>
<!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>

<body lang=ES link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Hi Oleksandr,<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>I missed this post some time ago. Have you compared by any
chance these results to those of the Discrete Gaussian equivalents so we can also
check their coherency?<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><a
href="http://www.itk.org/Doxygen316/html/classitk_1_1DiscreteGaussianDerivativeImageFilter.html">http://www.itk.org/Doxygen316/html/classitk_1_1DiscreteGaussianDerivativeImageFilter.html</a>
(and related classes)<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><a
href="http://www.itk.org/Doxygen316/html/classitk_1_1DiscreteHessianGaussianImageFunction.html">http://www.itk.org/Doxygen316/html/classitk_1_1DiscreteHessianGaussianImageFunction.html</a><o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Do you have those Gaussian datasets / programs available?<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Regards<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Iván<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span lang=EN-US style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'>

<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>De:</span></b><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>
insight-users-bounces@itk.org [mailto:insight-users-bounces@itk.org] <b>En
nombre de </b>Oleksandr Dzyubak<br>
<b>Enviado el:</b> martes, 15 de diciembre de 2009 1:31<br>
<b>Para:</b> Luis Ibanez<br>
<b>CC:</b> insight-users@itk.org<br>
<b>Asunto:</b> Re: [Insight-users] Hessian format for
SymmetricEigenAnalysisImageFilter<o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><br>
Hi Luis,<br>
<br>
Looks like I am terribly missing something here...<br>
<br>
OK. For my testings I built objects with Gaussian profiles.<br>
These are simple: Gaussian lines with various sigmas extruded <br>
into Z-direction thus I got &quot;Gaussian planes&quot;.<br>
Objects: 3D Gaussian planes with Sigma=1,2,3,4,5,10 and intensities I=100.<br>
<br>
Now I use RecursiveGaussians and HessianRecursiveGaussian from the ITK stock
library<br>
and calculate the second order derivative across the Gaussian profiles:<br>
&nbsp;Hxx -- Hessian x-components, Gxx - Gaussian second order derivative,<br>
and GxGx - Gaussian second order derivative taken sequentially as Gx(Gx) <br>
using Gaussian first order derivative.<br>
<br>
Of course, all that was done with &quot;NormalizeAcrossScale&quot; ON and OFF.<br>
Afterwards the maximum of absolute values were measured.<br>
The results I summarized in the table below.<br>
<br>
Sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp; ITK_Hxx_OFF&nbsp;&nbsp;&nbsp;
ITK_Gxx_OFF&nbsp;&nbsp;&nbsp; ITK_Hxx_ON&nbsp;&nbsp;&nbsp;
ITK_Gxx_ON&nbsp;&nbsp;&nbsp; ITK_GxGx_OFF&nbsp;&nbsp;&nbsp; ITK_GxGx_ON<br>
<br>
1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 35.77&nbsp;&nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.77&nbsp;&nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
35.77&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 35.77&nbsp;&nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 19.47&nbsp;&nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 19.47<br>
2&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; 8.92&nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;
8.92&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;
&nbsp;&nbsp; 71.33&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;
71.33&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp;&nbsp; 4.87&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&nbsp;&nbsp; 19.47<br>
3&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;
3.96&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;
3.96&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
106.95&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; 106.95&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.16&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; 19.47<br>
4&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
2.23&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;
2.23&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
142.56&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; 142.56&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; 1.22&nbsp;&nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 19.47<br>
5&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;
1.43&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
1.43&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
178.18&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 178.18&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; 0.78&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; 19.47<br>
10&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
0.36&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;
0.36&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;
356.29&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 356.29&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; 0.19&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; 19.47<br>
<br>
<br>
As you can see from the table, Hxx is always equal to Gxx for both
&quot;NormalizeAcrossScale&quot; ON and OFF.<br>
Ok. No surprises here. So far so good. <br>
Should not be the values Scale indipendent though?<br>
<br>
Well, now lets take the second order derivative sequentially using Gx(Gx).<br>
Now there is a dramatic difference here.<br>
a) GxGx values do not match Gxx and Hxx anymore.<br>
b) &quot;ITK_GxGx_ON&quot; version apparently demonstrates Scale Space
invariance as it should be.<br>
<br>
<br>
Luis, I would highly appreciate any comments on that.<br>
<br>
Best regards,<br>
<br>
Alex<br>
<br>
<o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal>On Fri, Dec 11, 2009 at 7:39 PM, Luis Ibanez &lt;<a
href="mailto:luis.ibanez@kitware.com">luis.ibanez@kitware.com</a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>Hi Alex,<br>
<br>
<br>
The order for the Hessian follows the same<br>
pattern of the class<br>
<br>
&nbsp; Insight/Code/Common/<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;itkSymmetricSecondRankTensor.h<br>
<br>
The elements store only the upper right triangle<br>
of the actual matrix.<br>
<br>
For example, in 3D you get<br>
the following pattern<br>
<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0 &nbsp;1 &nbsp;2<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;3 &nbsp;4<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp;5<br>
<br>
All that to say:<br>
<br>
&nbsp; Yes,<br>
&nbsp; the order that you are using is correct:<br>
<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Dxx &nbsp;Dxy &nbsp;
&nbsp;Dxz<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; Dyy &nbsp; Dyz<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Dzz<br>
<br>
<br>
BTW:<br>
You may want to use (or at least look) the filter:<br>
<br>
&nbsp; Insight/Code/BasicFilters/<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;itkHessianRecursiveGaussianImageFilter.h<br>
<br>
<br>
<br>
&nbsp; &nbsp; Regards,<br>
<br>
<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Luis<br>
<br>
<br>
---------------------------------------------------------------<o:p></o:p></p>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal>On Fri, Dec 11, 2009 at 12:33 PM, Oleksandr Dzyubak &lt;<a
href="mailto:adzyubak@gmail.com">adzyubak@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; Dear users,<br>
&gt;<br>
&gt; After I built the individual Hessian components,<br>
&gt; in what order should I fill them up to further feed<br>
&gt; into the SymmetricEigenAnalysisImageFilter?<br>
&gt;<br>
&gt; At the moment I am using the order below.<br>
&gt;<br>
&gt; H[0] = Dxx<br>
&gt; H[1] = Dxy<br>
&gt; H[2] = Dxz<br>
&gt; H[3] = Dyy<br>
&gt; H[4] = Dyz<br>
&gt; H[5] = Dzz<br>
&gt;<br>
&gt; Is this correct order?<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks,<br>
&gt;<br>
&gt; Alex<br>
&gt;<br>
&gt;<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal>&gt; _____________________________________<br>
&gt; Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
&gt;<br>
&gt; Visit other Kitware open-source projects at<br>
&gt; <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
&gt;<br>
&gt; Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
&gt; <a href="http://www.kitware.com/products/protraining.html" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.html</a><br>
&gt;<br>
&gt; Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
&gt; <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
&gt;<br>
&gt; Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
&gt; <a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
&gt;<o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

</div>

</body>

</html>