Dear all,<br><br><br>So as to segment lungs in CT volume, I implemented the following steps:<br>   - low-pass smoothing,<br>   - binary thresolding,<br>   - connected component analysis, <br>   - (eventually some objects relabelling).<br>
<br>So now I get a good binary mask of the lung volume.<br><br>Though, there are numerous veins and arteries in the lungs volume (appearing in black in my binary mask) that I would like to fill.<br><br>I tried a rolling-ball operator consisting of a morphological closing followed by a hole filling filter. But as my image is 512*512*605 it takes too long computation time for my application. Besides, the kernel should be pretty big so as to fill big holes.<br>
<br>So here comes my question:<br>Is it possible:<br>   - to extract the outer surface, by using marching cubes for instance, and fill inside the surface?<br>OR<br>   - to extract and operate on 2D slice to extract the outer contours, by using some itk or vtk contour filter, and of course fill inside the outer contours?<br>
<br><br>I have been struggling a few hours on this, so your help would be highly appreciated.<br><br>Thanks a lot in advance for your answer.<br><br>Fred<br>