<br>I&#39;ve added the source code to this email too, it is imageRegistration8 to which I added some things,<br>such as the mask.<br><br>cheers, Michael<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 23, 2010 at 11:13 AM, michiel mentink <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:michael.mentink@st-hughs.ox.ac.uk">michael.mentink@st-hughs.ox.ac.uk</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">thank you Luis, the source code compiles and links now.<br><br>However, I get this runtime error:<br>

<br>Starting proces... <br><br>ExceptionObject caught !<br><br>itk::ExceptionObject (0x998f420)<br>Location: &quot;void itk::MeanSquaresImageToImageMetric&lt;TFixedImage, TMovingImage&gt;::GetValueAndDerivative(const typename itk::ImageToImageMetric&lt;TFixedImage, TMovingImage&gt;::TransformParametersType&amp;, typename itk::ImageToImageMetric&lt;TFixedImage, TMovingImage&gt;::MeasureType&amp;, typename itk::ImageToImageMetric&lt;TFixedImage, TMovingImage&gt;::DerivativeType&amp;) const [with TFixedImage = itk::Image&lt;float, 3u&gt;, TMovingImage = itk::Image&lt;float, 3u&gt;]&quot; <br>



File: /MMprogs/src/ITK_src/Code/Algorithms/itkMeanSquaresImageToImageMetric.txx<br>Line: 364<br>Description: itk::ERROR: MeanSquaresImageToImageMetric(0x99423f0): All the points mapped to outside of the moving image<br><br>



<br>Just to be sure, I swapped moving and fixed image around and that didn&#39;t help...<br><br>I&#39;d like to troubleshoot what is going wrong. If I understand correctly (and correct me if I&#39;m wrong), the register algorithm tries to compare points<br>



that are outside one of the images. Both images do not have the same size, one of them is approximately half the size of the other.<br><br>Can anybody give me some ideas how to get information about point coordinate locations etc?<br>



<br>cheers, Michael<div><div></div><div class="h5"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Feb 22, 2010 at 11:34 PM, Luis Ibanez <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:luis.ibanez@kitware.com" target="_blank">luis.ibanez@kitware.com</a>&gt;</span> wrote:<br>


<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi Michiel,<br>
<br>
Why do you want to use a non-structured 3D mask, if you already<br>
have a binary mask from your segmentation, and you just need<br>
to connect it to the itk::ImageMaskSpatialObject ?<br>
<br>
Please look at the example:<br>
<br>
         Insight/Examples/Registration/<br>
                            ImageRegistration12.cxx<br>
<br>
It shows how to use image masks in a registration process.<br>
<br>
    Regards,<br>
<br>
<br>
             Luis<br>
<br>
<br>
--------------------------------------------<br>
<div><div></div><div>On Mon, Feb 22, 2010 at 12:23 PM, michiel mentink<br>
&lt;<a href="mailto:michael.mentink@st-hughs.ox.ac.uk" target="_blank">michael.mentink@st-hughs.ox.ac.uk</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; I have a segmented 3D volume in binary format (foreground, background).<br>
&gt;<br>
&gt; I&#39;d like to convert this into an image mask, so I can rigidly register the<br>
&gt; segmented volume, using the mask, to its&#39; original, unsegmented volume.<br>
&gt; (I&#39;m basically extending the imageRegistration8 example).<br>
&gt;<br>
&gt; Is it possible to create a non-structured 3D mask? (with random entries<br>
&gt; for mask points)<br>
&gt;<br>
&gt; Has anybody got an example how to do so?<br>
&gt;<br>
&gt; cheers,<br>
&gt; Michael<br>
&gt;<br>
</div></div><div><div></div><div>&gt; _____________________________________<br>
&gt; Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
&gt;<br>
&gt; Visit other Kitware open-source projects at<br>
&gt; <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
&gt;<br>
&gt; Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
&gt; <a href="http://www.kitware.com/products/protraining.html" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.html</a><br>
&gt;<br>
&gt; Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
&gt; <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
&gt;<br>
&gt; Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
&gt; <a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
</div></div></blockquote></div><br>
</div></div></blockquote></div><br>