<br>Hi Motes,<br><br>Depending on the optimizer that you are using,<br>the expression<br><br>   resampler-&gt;SetTransform( registration-&gt;GetTransform());<br><br>is incorrect, since not all optimizers set the Transform<br>
to be the one holding the last registration parameters.<br><br>Please follow what the Examples do in <br><br>             Insight/Examples/Registration/<br><br><br>  transform-&gt;SetFixedParameters( <br>     registration-&gt;GetTransform()-&gt;GetFixedParameters() );<br>
<br>  OptimizerType::ParametersType finalParameters = <br>                    registration-&gt;GetLastTransformParameters();<br><br>  transform-&gt;SetParameters( finalParameters );<br><br>  resampler-&gt;SetTransform( transform );<br>

<br><br>BTW: looking at the differences between <br><br> 
<a href="http://img718.imageshack.us/img718/5899/correct.jpg" target="_blank">http://img718.imageshack.us/img718/5899/correct.jpg</a><br> 
<a href="http://img203.imageshack.us/img203/8120/wrongd.jpg" target="_blank">http://img203.imageshack.us/img203/8120/wrongd.jpg</a><br><br>It looks like both are oriented the same way, and that the<br>only difference is the intensity level that you are setting<br>
in the Default value:<br><br>            resampler-&gt;SetDefaultPixelValue( 0 );<br><br>Is that black background what you consider to be incorrect ?<br><br><br><br>    Regards,<br><br><br>          Luis<br><br><br>-----------------------------------------------------<br>
<div class="gmail_quote">On Wed, Apr 21, 2010 at 8:00 AM, motes motes <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mort.motes@gmail.com">mort.motes@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Arg problem is still the same. I was previewing the moving image and<br>
not the registered image so any suggestions are still most welcome!<br>
<div class="im"><br>
<br>
<br>
On Wed, Apr 21, 2010 at 1:24 PM, motes motes &lt;<a href="mailto:mort.motes@gmail.com">mort.motes@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
</div><div><div></div><div class="h5">&gt; After running an AffineTransform registration process I am trying to<br>
&gt; compute the registered image using the following:<br>
&gt;<br>
&gt; // ....<br>
&gt;    try {<br>
&gt;      registration-&gt;Update();<br>
&gt;    }<br>
&gt;    catch( itk::ExceptionObject &amp; err ) {<br>
&gt;      std::cerr &lt;&lt; &quot;ExceptionObject caught !&quot; &lt;&lt; std::endl;<br>
&gt;      std::cerr &lt;&lt; err &lt;&lt; std::endl;<br>
&gt;      return;<br>
&gt;    }<br>
&gt;<br>
&gt;    resampler-&gt;SetInput(imageM);<br>
&gt;    resampler-&gt;SetInterpolator( registration-&gt;GetInterpolator() );<br>
&gt;    resampler-&gt;SetTransform( registration-&gt;GetTransform());<br>
&gt;    resampler-&gt;SetSize( imageF-&gt;GetLargestPossibleRegion().GetSize() );<br>
&gt;    resampler-&gt;SetOutputSpacing( imageF-&gt;GetSpacing() );<br>
&gt;    resampler-&gt;SetOutputOrigin( imageF-&gt;GetOrigin() );<br>
&gt;    resampler-&gt;SetDefaultPixelValue( 0 );<br>
&gt;    resampler-&gt;Update();<br>
&gt;<br>
&gt;    CopyImageToImage&lt;typename FixedImageType::Pointer,<br>
&gt; FixedImageType&gt;(resampler-&gt;GetOutput(), imageR);<br>
&gt;    display_image&lt;FixedImageType, Volume, short&gt;(imageR);<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; When I print the parameters after the registration I get:<br>
&gt;<br>
&gt; 25 = 1.06962 : [0.990631, 0.0905022, -0.0294116, -0.0802955, 1.00481,<br>
&gt; -0.035022, 0.0491173, -0.00658597, 0.910021, -3.12388, 6.25156,<br>
&gt; -21.9981]<br>
&gt;<br>
&gt; these I know are the correct parameters and should produce this image:<br>
&gt;<br>
&gt; <a href="http://img718.imageshack.us/img718/5899/correct.jpg" target="_blank">http://img718.imageshack.us/img718/5899/correct.jpg</a><br>
&gt;<br>
&gt; after running the above resampler. But instead I get:<br>
&gt;<br>
&gt; <a href="http://img203.imageshack.us/img203/8120/wrongd.jpg" target="_blank">http://img203.imageshack.us/img203/8120/wrongd.jpg</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Any ideas on what might go wrong in the resampler, it looks like the<br>
&gt; rotation is messed up for some reason?<br>
&gt;<br>
&gt; I have checked that the fixed and moving images are correct just<br>
&gt; before running the resampler.<br>
&gt;<br>
_____________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.html" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.html</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>