Hi everybody,<div><br></div><div>I guess someone has dealt with a problem similar to mine before. I am doing segmentation in a magnetic resonance image. The result of my segmentation is a polygonal model. Problem: How to visualize the resulting polygonal model along with scalar-field image?</div>


<div><br></div><div>I use Qt, ITK and OpenSceneGraph. First I tried using osgVolume (ray-casting renderer) together with polygonal data in the same scene, but with that setup the depth information is lost. I resorted to using isosurface of the image instead of the image itself. It works, but I have to manage physical coordinates by myself - which is both a reinvention of the wheel and error-prone.</div>


<div><br></div><div>So I decided to use ITK&#39;s physical coordinate managing routines (TransformPhysicalPointToIndex), but I ran into a problem. GetDirection does not return identity matrix for my images (at least not for sagittal ones), therefore my segmented parts end up displayed <b>outside</b> of the image.</div>

<div>a) Is there a way to force image reading routines to load images into memory in such a way to have an identity matrix for directions?<br>b) If not, is there a way to transform image data (using a filter) to get an image with identity matrix as &quot;directions&quot;. Is that filter ChangeInformationImageFilter?<br>

c) What is the proper way to construct a transformation matrix to be applied to the isosurface of the image (which was generated assuming identity matrix directions) in order to bring it to same coordinates I get when using TransformIndexToPhysicalPoint? Just using matrix returned by GetDirection and adding translation to account for origin does not work.</div>

<div><br></div><div>If anyone knows a better way to visualize a polygonal model alongside 3D image, I would like to hear it.</div><div>Off topic question: is combining polygons with scalar fields so simple in VTK to justify a switch from OSG to VTK?</div>


<div><br></div><div>Thanks to anyone who takes interest in this.</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Dženan</div>