<div>Hi,</div>
<div> </div>
<div>I don&#39;t know if this will help but attached is my code that reads two Dicom series and converts them to two DICOM volumes (a single DICOM file).</div>
<div> </div>
<div>John<br><br></div>
<div class="gmail_quote">On Fri, Oct 8, 2010 at 10:26 PM, C G <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:luckylakeway@gmail.com">luckylakeway@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">Hi anyone, I am attempting to read in DICOMs and I am getting the warning from itkGDCMSeriesFileNames.cxx &quot;No Series were found,&quot; which of course creates an error shortly thereafter.  I have ITK and InsightApplications 3.10.0.<br>
<br>my function code up to the problem point is below.  this code works for one dicom series I have, but not for another, and I cannot figure out why:<br>-------------------------------------------------------------------------------------<br>
    typedef  itk::ImageSeriesReader&lt; IImageType3d &gt; ReaderType;<br>    typedef itk::GDCMImageIO  ImageIOType;<br>    typedef itk::GDCMSeriesFileNames NamesGeneratorType;<br><br>    ReaderType::Pointer myreader = ReaderType::New();<br>
    ImageIOType::Pointer mydicomIO = ImageIOType::New();<br>    myreader-&gt; SetImageIO(mydicomIO);<br>    NamesGeneratorType::Pointer mynameGenerator = NamesGeneratorType::New();<br>    //mynameGenerator-&gt;SetUseSeriesDetails(true); //using vs not using this does not make a difference it seems<br>
    mynameGenerator-&gt;SetInputDirectory(directory);<br><br>    typedef std::vector&lt;std::string&gt; SeriesIdContainer;<br>    const SeriesIdContainer &amp; seriesUID = mynameGenerator-&gt;GetSeriesUIDs(); //THIS LINE GENERATES THE WARNING<br>
    std::string seriesIdentifier;<br>    seriesIdentifier = seriesUID.begin()-&gt;c_str(); //since i have no series UID this line kills the program<br>-------------------------------------------------------------------------------------<br>
<br>the GetSeriesUIDs function (where I&#39;m failing to get info from my dicom) in the GDCMSeriesFileNames.cxx file contains:<br>    gdcm::FileList *flist = m_SerieHelper-&gt;GetFirstSingleSerieUIDFileSet();<br>which is returning a null pointer.<br>
<br>this function is, in turn, from the gdcmSerieHelper class:<br>    FileList *SerieHelper::GetFirstSingleSerieUIDFileSet()<br>    {<br>       ItFileSetHt = SingleSerieUIDFileSetHT.begin();<br>       ........<br><br>SingleSerieUIDFileSetHT is defined as<br>
   typedef std::map&lt;std::string, FileList *&gt; SingleSerieUIDFileSetmap;<br>   SingleSerieUIDFileSetmap SingleSerieUIDFileSetHT;<br><br><br>*****<br>I can&#39;t seem to go any deeper into the code than that without having no idea what I&#39;m looking at anymore.  The weird issue is that this code WORKS in one case, fails in another.<br>
<br>Both folders contain 1 series each, with many individual slice files.  Both do have a value for the key pair 0020,000E (Series Instance UID), which is the one that the GetSeriesUIDs function actually grabs (I viewed both image sets in DicomWorks - also that key value does appear to be the same for all slices so that shouldn&#39;t be the problem).  Both series are numerically ordered, with no DIRFILE or DICOMDIR files anywhere (if that makes a difference...).<br>
<br>My code is based on the example code in the ITK guide and I don&#39;t see any big discrepancies with it.  It works fine for the one dicom series and I can&#39;t see what the big difference is between these two image sets, particularly since the key I think it wants appears to be present and valid for both image sets.<br>
<br>Any help or ideas would be greatly appreciated!<br>-courtenay<br><br>_____________________________________<br>Powered by <a href="http://www.kitware.com/" target="_blank">www.kitware.com</a><br><br>Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br><br>Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br><a href="http://www.kitware.com/products/protraining.html" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.html</a><br>
<br>Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br><a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br><br>Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br><a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
<br></blockquote></div><br>