<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
    <title></title>
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Am 21.10.2010 19:17, schrieb Torsten Rohlfing:
    <blockquote cite="mid:4CC075AB.6050601@synapse.sri.com" type="cite">
      <meta http-equiv="content-type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      Hi guys -<br>
      <br>
      This is more of a question than a suggestion: does ITK currently
      support "pixel padding"? That is, can we currently define a value
      in the image data that serves as a marker for pixels that aren't
      really there? Think of it as a binary mask coded into the image
      itself.<br>
      <br>
      In my experience, when you register partial objects to complete
      objects (also interesting to register skull-stripped brains to
      full head images, for example), the key is to be able to exclude
      pixels from the metric computation altogether, rather than just
      setting them to zero.<br>
      <br>
      Alternatively, because we cannot always find a pixel value that
      isn't actually used by the data already, one could implement this
      behaviour by providing the registration framework with optional
      explicit binary masks for fixed and moving images.<br>
      <br>
      Best,<br>
      &nbsp; Torsten<br>
      <br>
      <blockquote type="cite">
        <pre>Hello Erik

You may want to try changing the number of resolutions employed in the
multi-resolution pyramid used to perform the registration.   In
addition, you may want to try switching the role of the fixed/moving
image.  We are currently revising the registration framework so now is
a good time to bring these types of issues up and work with us on
improving registration performance.

Brian


On Thu, Oct 21, 2010 at 4:35 AM, Erik Tuerke &lt;<a moz-do-not-send="true" href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users">tuerke at cbs.mpg.de</a>&gt; wrote:
&gt;<i> Hi!
</i>&gt;<i>
</i>&gt;<i> I want to register one hemisphere (actually 30 slices of 0.75 mm) to a
</i>&gt;<i> fullbrain scan (30 slices of 0.75mm, but shifted to superior for about 5 mm)
</i>&gt;<i> . Currently i am using a MattesMutualInformationImageToImage metric, a
</i>&gt;<i> RegularStepGradientDescentOptimizer and a VersorRigid3DTransform.
</i>&gt;<i>
</i>&gt;<i> Prior to the registration the hemisphere is roughly aligned to the fullbrain
</i>&gt;<i> (only needs translation of few mm and little rotation). If i start the
</i>&gt;<i> registration the optimizer finishes with a rotation of about 90 deg x and y.
</i>&gt;<i> I also tried a VersorRigid3DOptimizer and a NormalizedCorrelation with
</i>&gt;<i> almost the same result.
</i>&gt;<i>
</i>&gt;<i> The scalefactors of my optimizer are:
</i>&gt;<i> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; optimizerScaleRegularStepGradient[0] = 1.0;
</i>&gt;<i> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; optimizerScaleRegularStepGradient[1] = 1.0;
</i>&gt;<i> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; optimizerScaleRegularStepGradient[2] = 1.0;
</i>&gt;<i> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; optimizerScaleRegularStepGradient[3] = 1.0/1000.0;
</i>&gt;<i> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; optimizerScaleRegularStepGradient[4] = 1.0/1000.0;
</i>&gt;<i> &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; optimizerScaleRegularStepGradient[5] = 1.0/1000.0;
</i>&gt;<i>
</i>&gt;<i> I guess the itk examples are proposing the same values.
</i>&gt;<i> Is there any trick to apply such a sub-brain registration to a full-brain
</i>&gt;<i> registration. The worrying thing is that SPM gets it right :-(
</i>&gt;<i>
</i>&gt;<i> Thanks and best regards!!
</i>&gt;<i>
</i>&gt;<i> --
</i>&gt;<i> Erik Tuerke
</i>&gt;<i> Department of Neurophysics Max-Planck-Institute for Human Cognitive and
</i>&gt;<i> Brain Sciences
</i>&gt;<i> Stephanstrasse 1A
</i>&gt;<i> 04103 Leipzig
</i>&gt;<i> Germany Tel: +49 341 99 40-2440
</i>&gt;<i> Email: <a moz-do-not-send="true" href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users">tuerke at cbs.mpg.de</a>
</i>&gt;<i> <a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.cbs.mpg.de">www.cbs.mpg.de</a>
</i>&gt;<i>
</i>&gt;<i>
</i>&gt;<i> _____________________________________
</i>&gt;<i> Powered by <a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.kitware.com">www.kitware.com</a>
</i>&gt;<i>
</i>&gt;<i> Visit other Kitware open-source projects at
</i>&gt;<i> <a moz-do-not-send="true" href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a>
</i>&gt;<i>
</i>&gt;<i> Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:
</i>&gt;<i> <a moz-do-not-send="true" href="http://www.kitware.com/products/protraining.html">http://www.kitware.com/products/protraining.html</a>
</i>&gt;<i>
</i>&gt;<i> Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:
</i>&gt;<i> <a moz-do-not-send="true" href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a>
</i>&gt;<i>
</i>&gt;<i> Follow this link to subscribe/unsubscribe:
</i>&gt;<i> <a moz-do-not-send="true" href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a>
</i>&gt;<i>
</i>

</pre>
      </blockquote>
      <br>
      <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Torsten Rohlfing, PhD          SRI International, Neuroscience Program
 Senior Research Scientist      333 Ravenswood Ave, Menlo Park, CA 94025
  Phone: ++1 (650) 859-3379      Fax: ++1 (650) 859-2743
   <a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:torsten@synapse.sri.com">torsten@synapse.sri.com</a>        <a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.stanford.edu/%7Erohlfing/">http://www.stanford.edu/~rohlfing/</a>

     "Though this be madness, yet there is a method in't"
</pre>
      <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_____________________________________
Powered by <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.kitware.com">www.kitware.com</a>

Visit other Kitware open-source projects at
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a>

Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.kitware.com/products/protraining.html">http://www.kitware.com/products/protraining.html</a>

Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a>

Follow this link to subscribe/unsubscribe:
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a>
</pre>
    </blockquote>
    Hi!<br>
    <br>
    Well i think extracting a region of interest which should be
    considered during the registration is possible by passing a mask to
    the image metric. So the challenge is to define this mask
    automatically. I am first thinking of an Otsu filter to define such
    a mask.<br>
    A second possibility would be to use the "<a class="el"
href="http://www.itk.org/Doxygen318/html/classitk_1_1ImageToImageMetric.html#ae56734d7cc4bb45a6ba462e56f260546">SetUseFixedImageSamplesIntensityThreshold</a>"
    method or the "SetUseSequentialSampling" method&nbsp; of the
    MattesMutualInformationImageToImageMetric. But since these both
    methods are only implemented in the review code i did not use one of
    them.<br>
    <br>
    Best regards so far!<br>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Erik T&uuml;rke
Department of Neurophysics
Max-Planck-Institute for Human Cognitive and Brain Sciences
Stephanstrasse 1A
04103 Leipzig
Germany
Tel: +49 341 99 40-2440
Email: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:tuerke@cbs.mpg.de">tuerke@cbs.mpg.de</a>
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.cbs.mpg.de">www.cbs.mpg.de</a> </pre>
  </body>
</html>