<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    Thanks for the clarification.  So, it's always true that X is axis 0
    (where the index varies most slowly), Y is axis 1 and Z is axis 2
    (where the index varies most quickly).  So, all I need to do if
    apply an affine transform to change the axes to point into the
    desired direction.  For instance, something like <br>
    [[ 0,  0, 1, 0 ]<br>
     [ -1, 0, 0, 0 ]<br>
     [ 0,  1, 0, 0 ]<br>
     [ 0,  0, 0, 1 ] ]<br>
    will do what I want.<br>
    <br>
    David<br>
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTinVOYarH-u8r0jzZE3gaepv_9F9LzDGBW_LOm9Z@mail.gmail.com"
      type="cite">You need to use directions (transform matrix) in order
      to achieve all that.
      <div><br>
      </div>
      <div>X is the axis 0, Y 1 and Z 2, in image space. In world space
        they get transformed using the said transform matrix (or
        directions + spacing).</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>I am sure you can find much more info if you search for it.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Regards,</div>
      <div>Dženan<br>
        <br>
        <div class="gmail_quote">On Wed, Dec 15, 2010 at 19:20, David
          Nichols <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:dnichols@sourcesignal.com">dnichols@sourcesignal.com</a>&gt;</span>
          wrote:<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
            0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
            padding-left: 1ex;">My 'natural', image index oriented
            coordinate system is left handed.  I'm thinking that
            manipulating the itk origin and spacing can put things in
            the correct order.<br>
            <br>
            First, it seems that itk uses the C language index order,
            with the rightmost index changing most quickly. So, if I had
            an image with 120 slices, each of which had 128 rows and 110
            columns, I would declare it in C as<br>
            short int Image[120][128][110];<br>
            I want to set the origin of the physical coordinate system
            at voxel [0,0,0], with the x axis pointing in the direction
            of decreasing row, the y axis pointing in the direction of
            increasing column and the z axis pointing in the direction
            of increasing slice.  If I look at Image[k][i][j], then
            increasing x decreases i, increasing y increases j and
            increasing z increases k.<br>
            <br>
            Two issues. First, the examples in The Guide seem to assume
            that x goes with index 0, y with index 1 and z with index 2.
             How do I permute things to get them as described above?
             Secondly, to make an advancing row index point in the
            negative x direction, does one make the spacing negative in
            that dimension?  (This seems logical in one way and perverse
            in another.)  Finally, what would be the correct entries to
            use in a metaheader file?  One can use<br>
            <br>
            NDims = 3<br>
            DimSize = 110 128 120<br>
            ElementSize = 1 1 1<br>
            <br>
            but this doesn't give the x/y/z axes oriented as desired.<br>
            <br>
            I appreciate any advice you can provide.<br>
            <br>
            David<br>
            <br>
            _____________________________________<br>
            Powered by <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
            <br>
            Visit other Kitware open-source projects at<br>
            <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html"
              target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
            <br>
            Kitware offers ITK Training Courses, for more information
            visit:<br>
            <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.kitware.com/products/protraining.html"
              target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.html</a><br>
            <br>
            Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
            <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
            <br>
            Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
            <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users"
              target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
          </blockquote>
        </div>
        <br>
      </div>
      <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_____________________________________
Powered by <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.kitware.com">www.kitware.com</a>

Visit other Kitware open-source projects at
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a>

Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.kitware.com/products/protraining.html">http://www.kitware.com/products/protraining.html</a>

Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a>

Follow this link to subscribe/unsubscribe:
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a>



__________ NOD32 5708 (20101216) Information __________

This message was checked by NOD32 antivirus system.
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.eset.com">http://www.eset.com</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>