<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
<br>Thanks for the reply Tom.<br>When I increase the # iterations to say, -i 1000x500x100x50, I am giving 4 multi-resolutions steps.. Is the image scaling factor assumed to be 1/8, 1/4, 1/2 and 1 uniformly for all 3 axes? Can we set different scaling factors for the 3 axes knowing that the out-of-plane resolution is typically worse than the in-plane resolution in a standard clinical image.<br>Can you provide some more details about the utility of the 2 parameters: Deformation field sigma, Update field sigma.<br><br>Thanks again,<br>Ganesh<br><br><font style="" color="#1f497d" face="Verdana">************************************************************************</font><font style="" color="#1f497d" face="Verdana"><br></font><font style="" color="#1f497d" face="Verdana">
"What the mind of man can conceive and believe, It can achieve" - </font><font style="" color="#1f497d" face="Verdana"><span class="ecxil">Napolean</span></font><font style="" color="#1f497d" face="Verdana"> </font><font style="" color="#1f497d" face="Verdana"><span class="ecxil">Hill</span></font><font style="" color="#1f497d" face="Verdana"><br></font><font style="" color="#1f497d" face="Verdana">
-Ganesh 
Narayanasamy,Ph.D., PostDoc-University of Kentucky Cancer Center</font><font style="" color="#1f497d" face="Verdana"><br></font><font style="" color="#1f497d" face="Verdana">
</font><font style="" color="#1f497d" face="Verdana">************************************************************************</font><br><br><br><br>&gt; From: tom.vercauteren@m4x.org<br>&gt; Date: Thu, 24 Feb 2011 08:47:01 +0100<br>&gt; Subject: Re: [Insight-users] Demons Registration<br>&gt; To: nganesh76@hotmail.com<br>&gt; CC: insight-users@itk.org<br>&gt; <br>&gt; Hi Ganesh,<br>&gt; <br>&gt; On Wed, Feb 23, 2011 at 19:04, Ganesh Narayanasamy<br>&gt; &lt;nganesh76@hotmail.com&gt; wrote:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; When I run DemonsRegistration using the options as given in the command line<br>&gt; &gt; below, I can get a few output files like final image, deformation field etc.<br>&gt; &gt; How would I get the rest of the output like "True field file"?<br>&gt; <br>&gt;  The "true field" is an input not an output. It may be used for<br>&gt; synthetic experiments where the actual deformation is known.<br>&gt; DemonsRegistration then compares at each iteration its result against<br>&gt; this ground truth (but of course it does not use it to drive the<br>&gt; registration).<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; &gt; As the image was not deforming enough, I had opted to reduce sigma from the<br>&gt; &gt; default value of 1.5 to 0.8.. is this the correct approach?<br>&gt; <br>&gt; This entirely depends on your use case... That being said, I would<br>&gt; first try to use more iterations and then reduce the sigma.<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; &gt; Size of the fixed and moving images are 384x384x64 pixels each. I would like<br>&gt; &gt; to register using the multi-resolution approach starting with 1/4th number<br>&gt; &gt; of pixels in all 3 axes (i.e, 96x96x16), going to 1/2 (ie., 192x192x32<br>&gt; &gt; pixels) and finally to the full image. How will I do this?<br>&gt; <br>&gt; It is already done, see the number of multiresolution levels and<br>&gt; number of iterations per level:<br>&gt; &gt;   Number of multiresolution levels: 3<br>&gt; &gt;   Number of demons iterations: [ 15 10 5 ]<br>&gt; <br>&gt; Hope this helps,<br>&gt; Tom<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; &gt; Command:<br>&gt; &gt;&gt;DemonsRegistration.exe -f CBCT1.mha -m CBCT4.mha -o Final.mha -O DefFld.mha<br>&gt; &gt;&gt; -s 0.8 -d 1<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Starting demons registration with the following arguments:<br>&gt; &gt; Arguments structure:<br>&gt; &gt; &nbsp; Fixed image file: CBCT1.mha<br>&gt; &gt; &nbsp; Moving image file: CBCT4.mha<br>&gt; &gt; &nbsp; Input field file:<br>&gt; &gt; &nbsp; Input transform file:<br>&gt; &gt; &nbsp; Output image file: Final.mha<br>&gt; &gt; &nbsp; Output field file: DefFld.mha<br>&gt; &gt; &nbsp; True field file:<br>&gt; &gt; &nbsp; Number of multiresolution levels: 3<br>&gt; &gt; &nbsp; Number of demons iterations: [ 15 10 5 ]<br>&gt; &gt; &nbsp; Deformation field sigma: 0.8<br>&gt; &gt; &nbsp; Update field sigma: 0<br>&gt; &gt; &nbsp; Maximum update step length: 2<br>&gt; &gt; &nbsp; Update rule: exponentialize and compose (Diffeomorphic)<br>&gt; &gt; &nbsp; Type of gradient: symmetrized (ESM for diffeomorphic and compositive)<br>&gt; &gt; &nbsp; Use histogram matching: false<br>&gt; &gt; &nbsp; Algorithm verbosity (debug level): 1<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Thanks,<br>&gt; &gt; Ganesh<br>                                               </body>
</html>