Hello,<br>I am relatively new to ITK so I apologize if this is a basic question.  I am working on implementing an algorithm to extract the brain from non-brain on an MRI.  In order to do this, I am using a deformable mesh model.  Specifically, I am using RegularSphereMeshSource and expanding it to match the image.  There are a few things I am trying to figure out how to do efficiently:<br>
<br>1. Calculate statistics (e.g. median intensity) for all image points inside the mesh.<br><br>2. Iterate through the mesh to figure out all points connected to any given vertex (when I implemented the algorithm in Matlab/C++ mex files, I built an adjacency list for each vertex).<br>
<br>3. Extract the final brain image (specifically, label all points outside the mesh 0) after deformation. <br><br>Sorry for the length of this post.  Thanks for your help.<br>