<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META content="text/html; charset=ISO-8859-1" http-equiv=Content-Type>
<META name=GENERATOR content="MSHTML 8.00.7600.16722"></HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff text=#000000>
<DIV dir=ltr align=left>&nbsp;</DIV>
<DIV dir=ltr align=left><SPAN class=257215313-06042011>Hi</SPAN></DIV>
<DIV dir=ltr align=left><SPAN class=257215313-06042011></SPAN>&nbsp;</DIV>
<DIV dir=ltr align=left><SPAN class=257215313-06042011>I do not want to segment 
heart, lung etc seperately, i want to segment human vs background/patient table, 
especially for CT head data. </SPAN></DIV>
<DIV dir=ltr align=left><SPAN class=257215313-06042011></SPAN>&nbsp;</DIV>
<DIV dir=ltr align=left><SPAN class=257215313-06042011>I don't think that this 
is a&nbsp;so special problem, in my opinion every time you want to register a ct 
data set you need such a segmentation for excluding background so i think this a 
very common task. I already wrote a segmentation algorithm based on the itk 
region grower with seed points in the image center but i get sometimes problems 
with the patient table (and i want it 100% automatic) so before i make 
complicated algorithms i want to first ask the community.</SPAN></DIV>
<DIV dir=ltr align=left><SPAN class=257215313-06042011></SPAN>&nbsp;</DIV>
<DIV dir=ltr align=left><SPAN class=257215313-06042011>best regards</SPAN></DIV>
<DIV dir=ltr align=left>
<HR tabIndex=-1>
</DIV>
<DIV dir=ltr align=left><FONT face=Tahoma><B>Von:</B> 
insight-users-bounces@itk.org [mailto:insight-users-bounces@itk.org] <B>Im 
Auftrag von </B>Jon Haitz Legarreta Gorroño<BR><B>Gesendet:</B> Mittwoch, 6. 
April 2011 10:48<BR><B>An:</B> insight-users@itk.org<BR><B>Betreff:</B> Re: 
[Insight-users] Segmentation of CT data<BR></FONT><BR></DIV>
<DIV></DIV><BR>Dear Gerald,<BR>the segmentation problem is highly specific and 
depends on the tissue you wish to segment. If you want to segment every 
organ/tissue in a CT dataset, I would dare to say that you will need to look for 
the most suitable algorithm for each of them.<BR>The ITK Software Guide presents 
an interesting range of segmentation algorithms that you can use your starting 
point.<BR><BR>So there is not a one-for-all, all-purpose algorithm. Segmenting 
all tissues you may have in a certain volume can be hard work.<BR>&nbsp;<BR>That 
said, I haven't had the opportunity to approach the patient-table removal 
problem. But if your requirements allow for some user interaction, you can 
imagine the user selecting a volumen of interest that excludes the table (may be 
too optimistic), or the user picking some seed points on the tissues you want to 
segment and the developping some of your algorithms around these points (this 
would be a typical starting point for the region growing algorithm you used). 
Granting the user some control when overflows occur could also be helpful. 
<BR>That way, in principle, you could avoid the problem. But I agree that it may 
not be that easy.<BR><BR>Best regards,<BR>JON HAITZ<BR><BR><BR><BR><BR>El 
05/04/2011 15:51, Lodron, Gerald escribió: 
<BLOCKQUOTE 
cite=mid:E70FE8EA6EBE9241BDB4CA6D8D12E1D8011055B656B6@RZJC1EX.jr1.local 
type="cite">
  <STYLE>BODY {
        MARGIN-TOP: 0em; FONT-FAMILY: Verdana; MARGIN-BOTTOM: 0em; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 10pt
}
PRE {
        MARGIN-TOP: 0em; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; MARGIN-BOTTOM: 0em; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 10pt
}
BLOCKQUOTE {
        MARGIN-TOP: 0em; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; MARGIN-BOTTOM: 0em; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 10pt
}
A {
        MARGIN-TOP: 0em; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; MARGIN-BOTTOM: 0em; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 10pt
}
MENU {
        MARGIN-TOP: 0em; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; MARGIN-BOTTOM: 0em; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 10pt
}
DD {
        MARGIN-TOP: 0em; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; MARGIN-BOTTOM: 0em; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 10pt
}
UL {
        MARGIN-TOP: 0em; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; MARGIN-BOTTOM: 0em; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 10pt
}
DT {
        MARGIN-TOP: 0em; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; MARGIN-BOTTOM: 0em; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 10pt
}
DIR {
        MARGIN-TOP: 0em; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; MARGIN-BOTTOM: 0em; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 10pt
}
ADDRESS {
        MARGIN-TOP: 0em; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; MARGIN-BOTTOM: 0em; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 10pt
}
H5 {
        MARGIN-TOP: 0em; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; MARGIN-BOTTOM: 0em; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 10pt
}
H6 {
        MARGIN-TOP: 0em; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; MARGIN-BOTTOM: 0em; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 10pt
}
HR {
        MARGIN-TOP: 0em; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; MARGIN-BOTTOM: 0em; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 10pt
}
P {
        MARGIN: 0in 0in 6pt; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 10pt
}
TD {
        MARGIN: 0in 0in 6pt; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 10pt
}
TR {
        MARGIN: 0in 0in 6pt; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 10pt
}
P.MsoNormal {
        MARGIN: 0in 0in 6pt; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 10pt
}
LI.MsoNormal {
        MARGIN: 0in 0in 6pt; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 10pt
}
DIV.MsoNormal {
        MARGIN: 0in 0in 6pt; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 10pt
}
LI {
        MARGIN-TOP: 3pt; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; MARGIN-BOTTOM: 3pt; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 10pt
}
UL {
        MARGIN-TOP: 3pt; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; MARGIN-BOTTOM: 3pt; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 10pt
}
OL {
        MARGIN-TOP: 3pt; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; MARGIN-BOTTOM: 3pt; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 10pt
}
H1 {
        MARGIN: 12pt 0in 3pt; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; COLOR: #003366; FONT-SIZE: 16pt
}
H2 {
        FONT-STYLE: italic; MARGIN: 12pt 0in 3pt; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; COLOR: #003366; FONT-SIZE: 14pt
}
H3 {
        MARGIN: 12pt 0in 3pt; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; COLOR: #003366; FONT-SIZE: 12pt
}
H4 {
        MARGIN: 12pt 0in 3pt; FONT-FAMILY: Verdana,Arial,sans-serif; COLOR: #003366; FONT-SIZE: 11pt
}
</STYLE>

  <META name=GENERATOR content="MSHTML 8.00.7600.16722">
  <DIV>&nbsp;</DIV>
  <DIV><SPAN class=981144813-05042011>Hi</SPAN></DIV>
  <DIV><SPAN class=981144813-05042011></SPAN>&nbsp;</DIV>
  <DIV><SPAN class=981144813-05042011>Is there a "state-of-the-art" segmentation 
  filter for robust segmentation of the human body (with lung etc. without 
  patient table) in a CT data set in ITK? I am pretty sure that I am not the 
  first one which needs that...</SPAN></DIV>
  <DIV><SPAN class=981144813-05042011></SPAN>&nbsp;</DIV>
  <DIV><SPAN class=981144813-05042011>If not, does anyone knows a good algorithm 
  for that. I made one on my own with region growing but get sometimes problems 
  with the patient table...</SPAN></DIV>
  <DIV><SPAN class=981144813-05042011></SPAN>&nbsp;</DIV>
  <DIV><SPAN class=981144813-05042011>best regards,</SPAN></DIV>
  <DIV><SPAN class=981144813-05042011>Gerald</SPAN></DIV><PRE wrap=""><FIELDSET class=mimeAttachmentHeader></FIELDSET>
_____________________________________
Powered by <A class=moz-txt-link-abbreviated href="http://www.kitware.com">www.kitware.com</A>

Visit other Kitware open-source projects at
<A class=moz-txt-link-freetext href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</A>

Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:
<A class=moz-txt-link-freetext href="http://www.kitware.com/products/protraining.html">http://www.kitware.com/products/protraining.html</A>

Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:
<A class=moz-txt-link-freetext href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</A>

Follow this link to subscribe/unsubscribe:
<A class=moz-txt-link-freetext href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</A>
</PRE></BLOCKQUOTE>
<DIV class=moz-signature><BR></DIV></BODY></HTML>