Hello Users,<br><br>I want to convert nifti images to the gray graph 
format used by mrGray (previous version of ITKGray).<br>The gray graph 
format is needed as input file of mrUnfold and HFM 
(HippocampalFlatMapping).<br>There is a hint at the following page:<br>
<br><a href="http://white.stanford.edu/newlm/index.php/Anatomical_Methods#Converting_NIFTI_Files_to_mrGray_Files" target="_blank">http://white.stanford.edu/newlm/index.php/Anatomical_Methods#Converting_NIFTI_Files_to_mrGray_Files</a><br>

<ol><li> Run the function <b>itkGray2mrGrayClass</b> with no arguments. 
You 
will be prompted to select the t1_class.nii.gz file. This function will 
create two new subdirectories, <b>Left/</b> and <b>Right/</b>, in the 
same anatomy directory as the NIFTI file. Within the Left/ and Right/ 
folders will be mrGray classification file, <b>Left/Left.Class</b> and <b>Right/Right.Class.</b>
</li><li> Open mrGray on a Windows machine. (The path to mrGray in the 
vistasoft repository is vistasoft/trunk/mrAnatomy/MrGray/mrGray.exe.)
</li><li> Create a new project, named &quot;Left.mrp&quot; in the left hemsiphere 
directory. 
</li><li> Select the menus <b>File | Classification | Load</b>, and 
select the <b>Left.Class</b> file created in step 2. 
</li><li> Select the menu <b>Classification | Grow Gray Matter</b>. 
Press OK.
</li><li> Save the gray graph. Select gray matter by holding down 
Control and left-clicking it. It should change color. Then select <b>File

  | Save Selected Gray</b>, and choose OK. (<b>Left.Gray</b> is a good 
default name for it.)
</li></ol><br>Steps 1-5 run. My problem is step number 6: mrGray do not 
grow the gray matter. It just do nothing. So I cannot save the gray 
graph.<br><br>Does anybody know this problem?<br>Or do you know another 
way how to solve the converting problem?<br>
<br>Thanks for help.<br><br>Sincerely yours,<br>Uli