It appears the Analyze file format does not handle RGB images well (should an exception be thrown or concept checking catch this?). If you output the image as a meta or raw image (use .mhd or .raw file name extensions), results should be as expected.<br>
<br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 30, 2011 at 9:48 AM, robert tamburo <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:robert.tamburo@gmail.com">robert.tamburo@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Can you send me Region.hdr and Result.hdr?<div><div></div><div class="h5"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 30, 2011 at 9:46 AM, john smith <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mkitkinsightuser@gmail.com" target="_blank">mkitkinsightuser@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I have made this change in my previous code and now I do not get any 
errors. But when I run the algorithm I get very strange results. I get a volume with confused the red and blue colors and not the blue contour of the label image added on the initial grayscale 3D image. I hope someone could help as I cannot understand the reason why I am getting these results.<div>

<div></div><div><br>

<br>Thanks in advance<br><br><div class="gmail_quote">2011/6/30 john smith <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mkitkinsightuser@gmail.com" target="_blank">mkitkinsightuser@gmail.com</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204, 204, 204);padding-left:1ex">


<div><div></div><div>I have made this change in my previous code and now I do not get any 
errors. But when I run the algorithm I get very strange results. I send a
 docx file including the two inputs and the output of 
itkLabelOverlayImageFilter. I hope someone to help me as I cannot 
understand the reason why I am getting these results.<br>
<br>Thanks in advance<br><br><div class="gmail_quote">2011/6/30 john smith <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mkitkinsightuser@gmail.com" target="_blank">mkitkinsightuser@gmail.com</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204, 204, 204);padding-left:1ex">



<div><div></div><div>I have made this change in my previous code and now I do not get any 
errors. But when I run the algorithm I get very strange results. I send a
 docx file including the two inputs and the output of 
itkLabelOverlayImageFilter. I hope someone to help me as I cannot 
understand the reason why I am getting these results.<br>
<br>Thanks in advance<br><br><div class="gmail_quote">2011/6/30 john smith <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mkitkinsightuser@gmail.com" target="_blank">mkitkinsightuser@gmail.com</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204, 204, 204);padding-left:1ex">




I have made this change in my previous code and now I do not get any errors. But when I run the algorithm I get very strange results. I send a docx file including the two inputs and the output of itkLabelOverlayImageFilter. I hope someone to help me as I cannot understand the reason why I am getting these results.<br>





<br>Thanks in advance<div><div></div><div><br><h1 style="font-weight:normal"><span><br></span></h1><br><div class="gmail_quote">2011/6/30 john smith <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mkitkinsightuser@gmail.com" target="_blank">mkitkinsightuser@gmail.com</a>&gt;</span><br>





<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204, 204, 204);padding-left:1ex">You have right. I will post the solution for 2D immediatly.<br><br>Thanks for your response<div>



<div></div><div><br><br><div class="gmail_quote">2011/6/30 robert tamburo <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:robert.tamburo@gmail.com" target="_blank">robert.tamburo@gmail.com</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204, 204, 204);padding-left:1ex">Your typedef for RGBImageType does not have a template parameter for dimension.<div><br></div>




<div>Also, it&#39;d be nice if you posted your solution to your previous error for the benefit of other ITK users that may encounter the same problem.<br>
<br><div class="gmail_quote"><div><div></div><div>On Thu, Jun 30, 2011 at 8:45 AM, john smith <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mkitkinsightuser@gmail.com" target="_blank">mkitkinsightuser@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>






</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204, 204, 204);padding-left:1ex"><div><div></div><div>
Hello to all,<br><br>I had used the itkLabelOverlayImageFilter  in 2D and I didn;t have any problem. No I am trying to use tis filter in 3D. I have written exactly the same code but for 3D, and I get this error which I don&#39;t know what exactly means.<br>








<br>the error is the following:<br>error C2440: &#39;initializing&#39; : cannot convert from &#39;itk::Concept::Detail::UniqueType_unsigned_int&lt;__formal&gt;&#39; to &#39;itk::Concept::Detail::UniqueType_unsigned_int&lt;__formal&gt;&#39;<br>








<br>I hope someone could help me. <br>Thanks in advance<br><br>///////////// code///////////<br> typedef itk::Image&lt;unsigned char, 3&gt;  ImageType;<br>   ImageType::Pointer image1 = ImageType::New();<br>   ImageType::Pointer image_label = ImageType::New();<br>








 <br>   typedef   unsigned char           InternalPixelType_add;<br>   const     unsigned int    Dimension = 3;<br>   typedef itk::Image&lt; InternalPixelType_add, Dimension &gt;  InternalImageType_add;<br>   typedef  itk::ImageFileReader&lt; InternalImageType_add &gt; ReaderType_add;<br>








<br>    ReaderType_add::Pointer reader1 = ReaderType_add::New();<br>    reader1-&gt;SetFileName( fileName.toStdString()  );<br>    reader1-&gt;Update();<br>    image1 = reader1-&gt;GetOutput();<br><br>    ReaderType_add::Pointer reader2 = ReaderType_add::New();<br>








    reader2-&gt;SetFileName( &quot;result.hdr&quot;  );<br>    reader2-&gt;Update();<br>    image_label = reader2-&gt;GetOutput();<br><br><br>  typedef itk::RGBPixel&lt;unsigned char&gt; RGBPixelType;<br>  typedef itk::Image&lt;RGBPixelType&gt; RGBImageType;<br>








 <br>  typedef itk::LabelOverlayImageFilter&lt;ImageType, ImageType, RGBImageType&gt; <br>                                       LabelOverlayImageFilterType;<br>  LabelOverlayImageFilterType::Pointer labelOverlayImageFilter = LabelOverlayImageFilterType::New();<br>








  labelOverlayImageFilter-&gt;SetInput(image1);<br>  labelOverlayImageFilter-&gt;SetLabelImage(image_label);<br> // labelOverlayImageFilter-&gt;SetOpacity(.5);<br>  labelOverlayImageFilter-&gt;SetOpacity(1.0);<br>  labelOverlayImageFilter-&gt;ResetColors(); // reset color map<br>








  labelOverlayImageFilter-&gt;AddColor(0, 0, 255); // fill color map with blue<br>  labelOverlayImageFilter-&gt;SetBackgroundValue(0); // don&#39;t overlay the background, i.e., label 0<br>  labelOverlayImageFilter-&gt;Update();<br>








 <br>  typedef  itk::ImageFileWriter&lt; RGBImageType  &gt; WriterType;<br>  WriterType::Pointer writer = WriterType::New();<br>  writer-&gt;SetFileName(&quot;output.hdr&quot;);<br>  writer-&gt;SetInput(labelOverlayImageFilter-&gt;GetOutput());<br>








  writer-&gt;Update();<br><div style="padding:0px;margin-left:0px;margin-top:0px;overflow:hidden;word-wrap:break-word;color:black;font-size:10px;text-align:left;line-height:130%">
</div>
<br></div></div>_____________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.html" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.html</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br><div style="padding:0px;margin-left:0px;margin-top:0px;overflow:hidden;word-wrap:break-word;color:black;font-size:10px;text-align:left;line-height:130%">
</div>
</div></div></blockquote></div><br><div style="padding:0px;margin-left:0px;margin-top:0px;overflow:hidden;word-wrap:break-word;color:black;font-size:10px;text-align:left;line-height:130%">
</div>
</div></div></blockquote></div><br><div style="padding:0px;margin-left:0px;margin-top:0px;overflow:hidden;word-wrap:break-word;color:black;font-size:10px;text-align:left;line-height:130%">
</div>
</div></div></blockquote></div><br><div style="padding:0px;margin-left:0px;margin-top:0px;overflow:hidden;word-wrap:break-word;color:black;font-size:10px;text-align:left;line-height:130%">
</div>
</div></div></blockquote></div><br><div style="padding:0px;margin-left:0px;margin-top:0px;overflow:hidden;word-wrap:break-word;color:black;font-size:10px;text-align:left;line-height:130%">
</div>
</div></div></blockquote></div><br>
</div></div></blockquote></div><br>