Sorry, I misread your email. I&#39;m assuming that by &#39;input image&#39; you mean the output of the reader. To reuse it, set an image to the reader output then disconnect the image from the pipeline, i.e.  inputImage = reader-&gt;GetOutput(); inputImage-&gt;DisconnectPipeline();  That _should_ allow you to use inputImage in filters and write it to disc with the writer. <div>
<div><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 7, 2011 at 1:56 PM, robert tamburo <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:robert.tamburo@gmail.com">robert.tamburo@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div><span style="background-color:rgb(255, 255, 255)">Are you calling update on the filter before setting the image to the filter output<font face="arial, sans-serif">?</font></span></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 7, 2011 at 1:25 PM, Martijn Steenwijk <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:martijnsteenwijk@gmail.com" target="_blank">martijnsteenwijk@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div><p class="MsoNormal">Dear all,<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">I would like to use an input image two times, so I have to Disconnect the pipeline. My pipeline is like this…<u></u><u></u></p>

<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">reader-&gt;SetFileName(myFile);<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">reader-&gt;Update();<u></u><u></u></p>

<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">// Create a binary mask of the input image<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">typedef itk::BinaryThresholdImageFilter&lt;ImageType,BinaryImageType&gt; BinaryThresholdImageFilterType;<u></u><u></u></p>

<p class="MsoNormal">BinaryThresholdImageFilterType::Pointer thresholdFilter = BinaryThresholdImageFilterType::New();<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">thresholdFilter-&gt;SetInput(reader-&gt;GetOutput());<u></u><u></u></p>

<p class="MsoNormal">thresholdFilter-&gt;SetUpperThreshold(0.0000);<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">thresholdFilter-&gt;SetInsideValue(0);<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">thresholdFilter-&gt;SetOutsideValue(255);<u></u><u></u></p>

<p class="MsoNormal">////<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">//  some other filters<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">////<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">ImageType::Pointer filteredImage = myFilterN-&gt;GetOutput();<u></u><u></u></p>

<p class="MsoNormal">filteredImage-&gt;DisconnectPipeline();<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">typedef itk::ImageFileWriter&lt;ImageType&gt;                 ImageWriterType;<u></u><u></u></p>

<p class="MsoNormal">ImageWriterType::Pointer writer = ImageWriterType::New();<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">writer-&gt;SetFileName(myOutFile);<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">writer-&gt;SetInput(reader-&gt;GetOutput());             // for debug purposes, just write the reader-&gt;Output();<u></u><u></u></p>

<p class="MsoNormal">writer-&gt;Update();<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">Unfortunately the written image does not contain the input image, but the output of myFilterN (filteredImage), which means, something gets wrong with disconnecting the pipeline. How can I fix this?<u></u><u></u></p>

<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">Best,<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">Martijn<u></u><u></u></p></div></div><br>_____________________________________<br>
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