Hi<div><br></div><div>Your second region growing step, performed on the binary image is messing your segmentation. To fill holes in  binary images try</div><div><br><span class="Apple-style-span" style="background-color: rgb(255, 255, 255); "><table align="center" width="95%" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
<tbody><tr><td><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif">itk::VotingBinaryHoleFillingImageFilter<br>or</font></td></tr></tbody></table></span><span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px; background-color: rgb(255, 255, 255); "><table align="center" width="95%" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0">
<tbody><tr><td><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif">itk::VotingBinaryIterativeHoleFillingImageFilter<br><br>Regards</font></td></tr></tbody></table></span><div><br><div class="gmail_quote">On Sun, Sep 25, 2011 at 6:00 PM, John Hiller <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:john.hiller53@gmail.com">john.hiller53@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Hi ITK users,<div><br></div><div>From what I can understand, segment dicom images using a region growing segmentation filter (confidence connected to be specific) will construct a binary image.</div>
<div><br></div><div>After I do that kind of segmentation, I view the binary image in vtk and then I try to carry out the same segmentation filter on that binary image so that I can fill up any black holes</div>
<div>lingering around in the image. I want to do this because of the easiness of adding seeds with confidence connected filter.</div><div><br></div><div>However, I dont exactly get the result I want, what appears is just a white window, all white.</div>

<div><br></div><div>Is it not possible to segment binary images, are there alternatives to get rid of black holes in segmentation result where I can use my adding seed interface quite easily. I&#39;m  using vtk to get</div>

<div>the user to click on the image to add their seeds and I was hoping that I could do the same for those black holes.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>John</div>
<br>_____________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.html" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.html</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Sergio Vera<br><br> Alma IT Systems<br> C/ Vilana, 4B, 4º 1ª<br> 08022 Barcelona<br> T. (+34) 932 380 592<br> <a href="http://www.alma3d.com">www.alma3d.com</a><br>

</div></div>