
<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Wenwu,<div><br></div><div><div><blockquote type="cite">There are some problems when I learn the N4ITK. Firstly, in the paper-"N4ITK:Nick's N3 ITK Implementation For MRI Bias Field Correction" , I found there are 9 parameters (m_MaskMabel, m_numberOfHistogamBins, m_WeinerFilterNoise, m_BiasFieldFullWitdthAtHalfMaximum... ,)need to set, it can also be found in the N4ITK package.&nbsp; However, in the lastest ITK4.0, in the project-ITKBiasCorrectionTestDriver, I open the CMakeLists.txt, and some code is as followiing:<br>


&nbsp;<br>itk_add_test(NAME itkN4BiasFieldCorrectionImageFilterTest1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; COMMAND ITKBiasCorrectionTestDriver<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --compare DATA{Baseline/N4ControlPoints_3D.nii.gz}<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ${ITK_TEST_OUTPUT_DIR}/N4ControlPoints_3D.nii.gz<br>


&nbsp;&nbsp;&nbsp; itkN4BiasFieldCorrectionImageFilterTest<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; DATA{${ITK_DATA_ROOT}/Input/HeadMRVolumeCompressed.mha}&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; # input<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; ${ITK_TEST_OUTPUT_DIR}//N4ControlPoints_3D.nii.gz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; # <b>control point lattice&nbsp; .</b> , I also can not understand the mean of this parameter<br>


<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; # shrink factor<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10x10x10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; # number of iterations<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; none&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; # mask<br>


&nbsp;&nbsp;&nbsp; 150&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; # spline distance<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; )<br><br></blockquote><div><br></div><div>The control point lattice is the output defining&nbsp;the bias field. &nbsp;</div><div>You need to remember that this is a test, not a user-level</div><div>application which is what N4.cxx encapsulates.</div><div><br></div><div>Nick</div><div><br></div></div></div></body></html>