<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hi Vladimir,<br>
    <br>
    Thanks for your efforts. Definitely looking forward to using MINC
    with ITK and decided to give it a try today, but get compiler
    errors:<br>
    <br>
    InsightToolkit-4.1.0/Modules/External/minc/volume_io/Prog_utils/time.c:
    In function 'current_cpu_seconds':<br>
    InsightToolkit-4.1.0/Modules/External/minc/volume_io/Prog_utils/time.c:85:
    error: expected '=', ',', ';', 'asm' or '__attribute__' before
    'first'<br>
    InsightToolkit-4.1.0/Modules/External/minc/volume_io/Prog_utils/time.c:85:
    error: 'first' undeclared (first use in this function)<br>
    InsightToolkit-4.1.0/Modules/External/minc/volume_io/Prog_utils/time.c:85:
    error: (Each undeclared identifier is reported only once<br>
    InsightToolkit-4.1.0/Modules/External/minc/volume_io/Prog_utils/time.c:85:
    error: for each function it appears in.)<br>
    InsightToolkit-4.1.0/Modules/External/minc/volume_io/Prog_utils/time.c:86:
    error: 'clock_t' undeclared (first use in this function)<br>
    InsightToolkit-4.1.0/Modules/External/minc/volume_io/Prog_utils/time.c:86:
    error: expected ';' before 'current'<br>
    InsightToolkit-4.1.0/Modules/External/minc/volume_io/Prog_utils/time.c:97:
    error: 'current' undeclared (first use in this function)<br>
    make[2]: ***
    [Modules/External/minc/CMakeFiles/ITKIOMINC.dir/volume_io/Prog_utils/time.c.o]
    Error 1<br>
    make[1]: *** [Modules/External/minc/CMakeFiles/ITKIOMINC.dir/all]
    Error 2<br>
    make: *** [all] Error 2<br>
    <br>
    It seems like time.h is not getting included because HAVE_SYS_TIME_H
    and HAVE_UNISTD_H are defined, but TIME_WITH_SYS_TIME is not, even
    though my system has both sys/time.h and time.h. If I comment out
    the pre-processing directives so that both get included the code
    compiles with warnings:<br>
    <br>
    InsightToolkit-4.1.0/Modules/External/minc/test/../ezminc/minc_io_exceptions.h:
    In constructor 'minc::generic_error::generic_error(const char*, int,
    const char*, int)':<br>
    InsightToolkit-4.1.0/Modules/External/minc/test/../ezminc/minc_io_exceptions.h:31:
    warning: declaration of 'code' shadows a member of 'this'<br>
    InsightToolkit-4.1.0/Modules/External/minc/test/../ezminc/minc_io_exceptions.h:31:
    warning: declaration of 'msg' shadows a member of 'this'<br>
    InsightToolkit-4.1.0/Modules/External/minc/test/../ezminc/minc_io_exceptions.h:31:
    warning: declaration of 'line' shadows a member of 'this'<br>
    InsightToolkit-4.1.0/Modules/External/minc/test/../ezminc/minc_io_exceptions.h:31:
    warning: declaration of 'file' shadows a member of 'this'<br>
    InsightToolkit-4.1.0/Modules/External/minc/test/itkMINCImageIOTest.cxx:
    At global scope:<br>
    InsightToolkit-4.1.0/Modules/External/minc/test/itkMINCImageIOTest.cxx:44:
    warning: 'void RandomPix(vnl_random&amp;, double&amp;)' defined but
    not used<br>
    <br>
    Unfortunately linking fails (full text in attachment):<br>
    <br>
    ../../../../lib/libITKIOMINC-4.1.a(minc_1_rw.cpp.o): In function
    `minc::minc_1_writer::open(char const*,
    std::vector&lt;minc::dim_info, std::allocator&lt;minc::dim_info&gt;
    &gt; const&amp;, int, nc_type, int)':<br>
    minc_1_rw.cpp:(.text+0x2633): undefined reference to `H5Iget_type'<br>
    ../../../../lib/libITKIOMINC-4.1.a(minc_1_rw.cpp.o): In function
    `minc::minc_1_reader::open(char const*, bool, bool, bool)':<br>
    minc_1_rw.cpp:(.text+0x2c15): undefined reference to `H5Iget_type'<br>
    ../../../../lib/libITKIOMINC-4.1.a(netcdf_convenience.c.o): In
    function `miclose':<br>
    netcdf_convenience.c:(.text+0x1300): undefined reference to
    `H5Iget_type'<br>
    ../../../../lib/libITKIOMINC-4.1.a(netcdf_convenience.c.o): In
    function `miopen':<br>
    netcdf_convenience.c:(.text+0x18f1): undefined reference to
    `H5check_version'<br>
    netcdf_convenience.c:(.text+0x1929): undefined reference to
    `H5check_version'<br>
    ../../../../lib/libITKIOMINC-4.1.a(hdf_convenience.c.o): In function
    `hdf_access':<br>
    hdf_convenience.c:(.text+0x50): undefined reference to
    `H5Eauto_is_v2'<br>
    hdf_convenience.c:(.text+0x69): undefined reference to
    `H5Eget_auto2'<br>
    hdf_convenience.c:(.text+0x74): undefined reference to
    `H5Eset_auto2'<br>
    ... &lt;snip hundreds of lines&gt; ...<br>
    <br>
    Regards,<br>
    &nbsp; Steven<br>
    <br>
    On 03/21/12 17:20, Vladimir S. FONOV wrote:
    <blockquote cite="mid:4F6A4609.1010007@gmail.com" type="cite">Hello
      Everybody,
      <br>
      <br>
      <br>
      I have managed to create an External module for ITKv4 to add MINC1
      and MINC2 io support.
      <br>
      <br>
      Unfortunately installation requires tweaking CMake/UseITK.cmake
      <br>
      <br>
      So, for those who are interested in trying it out:
      <br>
      after obtaining sources of ITKv4, apply provided patch ( it adds
      minc file format to the list of recognized formats) and clone minc
      into external module directory:
      <br>
      <br>
      <br>
      patch &lt; add_minc_file_format.patch
      <br>
      cd&nbsp; Modules/External/
      <br>
      git clone git://github.com/vfonov/minc.git
      <br>
      <br>
      <br>
      To compile you would need to have netcdf library installed in the
      system, module will use HDF5 bundled with ITK.
      <br>
      <br>
      As you can see the whole minc project is inserted as a module, if
      you think that it would be better idea to have only ITK - wrapper
      interface in the module let me know.
      <br>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_____________________________________
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    </blockquote>
    <br>
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