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<body class='hmmessage'><div dir='ltr'>
<div>Hello,&nbsp;</div><div><br></div><div>I think have found a bug in many of the level set functions where the level set function derivatives could potentially not correspond with the advection derivatives and possibly other terms. &nbsp;Essentially, many of the level set methods use derivative/gradient filters which take into account image direction by default to compute some of their terms e.g. advection. &nbsp;The ComputeUpdate function in itkLevelSetFunction.hxx does not seem to take this into account when it computes the derivatives/gradients of the level set function. &nbsp;In my case where the cosine direction matrix was diagonal and had -1 for the first 2 elements, the x and y advection gradient were off by a sign with respect to the sign of the level set function gradients.</div><div><br></div><div>Suggestion: &nbsp;It'd be really great if the UseDirection option being set by default could be mentioned in the user guide because I was not aware of it until I'd spent a lot of time tracing a bug to one of the gradient filter's having that option set by default. &nbsp;Also, the option is easy to miss because the user guide does not mention the direction matrix once (as far as I can tell), which would also be a nice addition, amongst other things.</div><div><br></div><div><br></div><div>While we're on the topic of the direction matrix, this problem has raised some questions I have about it. &nbsp;Any answers or general insight would be greatly appreciated:</div><div><br></div><div>1.) I just want to verify that the direction matrix does not need to be diagonal or have unit elements and is fine as long as it's orthogonal?</div><div><br></div><div>2.) What coordinate system is the direction matrix rotating the image-coordinate system to? Basically I'm wondering where it comes from, not how it's made, as I understand given another coordinate system how to generate it.</div><div><br></div><div>Thanks!</div><div>- Chad</div>                                               </div></body>
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