<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style></head>
<body class='hmmessage'><div dir='ltr'>
I do not see any text here or was the point to push this message to the top again? &nbsp;This bug seems pretty significant to me as it could affect many 3D level set segmentation results. Has anyone considered it?<br><br><div><div id="SkyDrivePlaceholder"></div><hr id="stopSpelling">From: hans-johnson@uiowa.edu<br>To: chadz111@hotmail.com; insight-users@itk.org<br>Date: Wed, 4 Jul 2012 12:29:25 +0000<br>Subject: Re: [Insight-users] Possible LevelSet Bug Due To Filters' Default UseDirectionOn?<br><br>




<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<span id="ecxOLK_SRC_BODY_SECTION">
<div style="font-family:Calibri;font-size:11pt;text-align:left;color:black;border-bottom:medium none;border-left:medium none;padding-bottom:0in;padding-left:0in;padding-right:0in;border-top:#b5c4df 1pt solid;border-right:medium none;padding-top:3pt">
<span style="font-weight:bold">From: </span>Chad Stanford &lt;<a href="mailto:chadz111@hotmail.com">chadz111@hotmail.com</a>&gt;<br>
<span style="font-weight:bold">Date: </span>Tuesday, July 3, 2012 9:13 PM<br>
<span style="font-weight:bold">To: </span>"<a href="mailto:insight-users@itk.org">insight-users@itk.org</a>" &lt;<a href="mailto:insight-users@itk.org">insight-users@itk.org</a>&gt;<br>
<span style="font-weight:bold">Subject: </span>[Insight-users] Possible LevelSet Bug Due To Filters' Default UseDirectionOn?<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><style><!--
.ExternalClass .ecxhmmessage p
{padding:0px;}
.ExternalClass body.ecxhmmessage
{font-size:10pt;font-family:Tahoma;}

--></style>
<div class="ecxhmmessage">
<div dir="ltr">
<div>Hello,&nbsp;</div>
<div><br>
</div>
<div>I think have found a bug in many of the level set functions where the level set function derivatives could potentially not correspond with the advection derivatives and possibly other terms. &nbsp;Essentially, many of the level set methods use derivative/gradient
 filters which take into account image direction by default to compute some of their terms e.g. advection. &nbsp;The ComputeUpdate function in itkLevelSetFunction.hxx does not seem to take this into account when it computes the derivatives/gradients of the level
 set function. &nbsp;In my case where the cosine direction matrix was diagonal and had -1 for the first 2 elements, the x and y advection gradient were off by a sign with respect to the sign of the level set function gradients.</div>
<div><br>
</div>
<div>Suggestion: &nbsp;It'd be really great if the UseDirection option being set by default could be mentioned in the user guide because I was not aware of it until I'd spent a lot of time tracing a bug to one of the gradient filter's having that option set by default.
 &nbsp;Also, the option is easy to miss because the user guide does not mention the direction matrix once (as far as I can tell), which would also be a nice addition, amongst other things.</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>While we're on the topic of the direction matrix, this problem has raised some questions I have about it. &nbsp;Any answers or general insight would be greatly appreciated:</div>
<div><br>
</div>
<div>1.) I just want to verify that the direction matrix does not need to be diagonal or have unit elements and is fine as long as it's orthogonal?</div>
</div>
</div>
</div>
</span>
<div>Correct. &nbsp;It does not need to be orthogonal.</div>
<span id="ecxOLK_SRC_BODY_SECTION">
<div>
<div class="ecxhmmessage">
<div dir="ltr">
<div><br>
</div>
<div>2.) What coordinate system is the direction matrix rotating the image-coordinate system to? Basically I'm wondering where it comes from, not how it's made, as I understand given another coordinate system how to generate it.</div>
</div>
</div>
</div>
</span>
<div>The direction cosign follows the conventions described in the DICOM standard.</div>
<div><br>
</div>
<span id="ecxOLK_SRC_BODY_SECTION">
<div>
<div class="ecxhmmessage">
<div dir="ltr">
<div><br>
</div>
<div>Thanks!</div>
<div>- Chad</div>
</div>
</div>
</div>
</span><br>
<br>
<hr>
Notice: This UI Health Care e-mail (including attachments) is covered by the Electronic Communications Privacy Act, 18 U.S.C. 2510-2521, is confidential and may be legally privileged.&nbsp; If you are not the intended recipient, you are hereby notified that any
 retention, dissemination, distribution, or copying of this communication is strictly prohibited.&nbsp; Please reply to the sender that you have received the message in error, then delete it.&nbsp; Thank you.
<hr>


<br>_____________________________________
Powered by www.kitware.com

Visit other Kitware open-source projects at
http://www.kitware.com/opensource/opensource.html

Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:
http://www.kitware.com/products/protraining.php

Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:
http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ

Follow this link to subscribe/unsubscribe:
http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</div>                                               </div></body>
</html>