<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=iso-8859-1"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hello Thibault,<div><br></div><div>That is really not enough information for anyone to be able to help you.</div><div><br></div><div>Please provide a code snippet of what you tried to do. What do you expect the result to be, and what did you get as output? Also how did you examine your output?</div><div><br></div><div>Also keep in mind the standard SimpleITK representation of a binary image output ( frequently from threshold based segmentations ) is an unint8_t image of 0s and 1s. Many images viewers will appear to just show a black image when the content is actually there.</div><div><br></div><div>Brad</div><div><br><div><div>On Apr 29, 2013, at 4:19 AM, Thibault Varacca &lt;<a href="mailto:thibault.varacca@gmail.com">thibault.varacca@gmail.com</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1"><div dir="ltr">I tried to apply CastImageFilter 8bit -&gt; 32 bit float but nothing worked ...<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2013/4/29 Thibault Varacca <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:thibault.varacca@gmail.com" target="_blank">thibault.varacca@gmail.com</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi, <br></div>yes it works better ... <br></div>I have also another problem:&nbsp; i have a 32-bit float image in input and the filter generates an image of 8-bit unsigned integer. I want to have 32-bit float in output.<br>

</div>Any way to do this?<br></div>Thanks !<br></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2013/4/26 Bradley Lowekamp <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:blowekamp@mail.nih.gov" target="_blank">blowekamp@mail.nih.gov</a>&gt;</span><br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hello,<div><br></div><div>It appears you are not actually setting the seeds to the filter. There are two methods to choose from in C++:</div>

<div><br></div><div><div>Self &amp; <span style="white-space:pre-wrap">        </span>SetSeed (std::vector&lt; unsigned int &gt; idx)</div><div>Self &amp; <span style="white-space:pre-wrap">        </span>SetSeedList (std::vector&lt; std::vector&lt; unsigned int &gt; &gt; t)</div>

</div><div><br></div><div>What you have as variable "seedList" is really just a single seed. In Java the types of the arguments for the above methods should be&nbsp;VectorUInt32, and&nbsp;VectorUIntList respectfully. You should be able to use the first one with your current variable.</div>

<div><br></div><div>Brad</div><div><div><br></div><div><br><div><div>On Apr 26, 2013, at 10:48 AM, Thibault Varacca &lt;<a href="mailto:thibault.varacca@gmail.com" target="_blank">thibault.varacca@gmail.com</a>&gt; wrote:</div>

<br><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div>Ok the .mhd way to do this worked great.<br><br></div><div>I have to do 3D segmentation on raw images. I tryed to do this with the ThresholdImageFilter but all my values are at zero after applying the filter ...<br>


</div><div>My Raw images are Float32 3D 128x128x128, here is my code :<br><br>import org.itk.simple.ConnectedThresholdImageFilter;<br>import org.itk.simple.Image;<br>import org.itk.simple.ImageFileReader;<br>import org.itk.simple.ImageFileWriter;<br>


import org.itk.simple.VectorUInt32;<br><br>public class ImageReader {<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; private static String inputFilename = "fdk.xy.mhd";<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; private static String outputFilename = "output.mhd";<br><br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; public static void main(String[] args) {<br>
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; VectorUInt32 seedList = new VectorUInt32(3);<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ImageFileReader reader = new ImageFileReader();<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ImageFileWriter writer = new ImageFileWriter();<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ConnectedThresholdImageFilter filter = new ConnectedThresholdImageFilter();<br>


<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; reader.setFileName(inputFilename);<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; writer.setFileName(outputFilename);<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; Image input = reader.execute();<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; /* valeurs de seuil */<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; filter.setLower(0.003);<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; filter.setUpper(5);<br>


&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; filter.setReplaceValue((short) 5);<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; /* seed points */<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; seedList.clear();<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; seedList.push_back(100);<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; seedList.push_back(16);<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; seedList.push_back(46);<br><br><br>


&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; Image output = filter.execute(input);<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; writer.execute(output);<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; }<br><br></div><div>Do you know how to make it work?<br><br></div><div>Thank you !<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br>


<div class="gmail_quote">2013/4/26 Samuel Pichardo <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:sammeuly@gmail.com" target="_blank">sammeuly@gmail.com</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


<div style="word-wrap:break-word">Hi<div><br></div><div>In Python, you could use rather numpy io function&nbsp;</div><div><a href="http://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/generated/numpy.fromfile.html" target="_blank">http://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/generated/numpy.fromfile.html</a></div>


<div>and convert the arrays to simpleITK with&nbsp;</div><div><h3 style="text-align:left;color:rgb(34,34,34);text-overflow:ellipsis;overflow:hidden;font-size:medium;white-space:nowrap;font-family:arial,sans-serif;margin:0px;font-weight:normal;padding:0px">


<a href="http://www.nullege.com/codes/search/SimpleITK.GetImageFromArray" style="color:rgb(17,34,204)" target="_blank"><em style="font-weight:bold;font-style:normal">SimpleITK</em>.<em style="font-weight:bold;font-style:normal">GetImageFromArray</em></a></h3>


<div><br></div></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Sam</div><div><br></div><div><br></div><div><div><div><div>On 2013-04-26, at 4:59 AM, Thibault Varacca &lt;<a href="mailto:thibault.varacca@gmail.com" target="_blank">thibault.varacca@gmail.com</a>&gt; wrote:</div>


<br></div><blockquote type="cite"><div><div dir="ltr"><div><div><div>Dear all, <br></div>I'm looking to load and read raw images with simpleITK but I didn't find any RawReader(). <br></div>How can i do this?<br>


</div>Thanks !<br clear="all"><div>
<div><br>-- <br>Thibault Varacca<br>EFREI Promo 2014<br><div>06 60 53 11 35</div>
</div></div></div></div><div>
_____________________________________<br>Powered by <a href="http://www.kitware.com/" target="_blank">www.kitware.com</a><br><br>Visit other Kitware open-source projects at<br><a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>


<br>Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br><a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br><br>Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>


<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br><br>Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br><a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>


</div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Thibault Varacca<br>EFREI Promo 2014<br><div>06 60 53 11 35</div>
</div>
_____________________________________<br>Powered by <a href="http://www.kitware.com/" target="_blank">www.kitware.com</a><br><br>Visit other Kitware open-source projects at<br><a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>

<br>Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br><a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br><br>Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>

<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br><br>Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br><a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>

</blockquote></div><br></div></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Thibault Varacca<br>EFREI Promo 2014<br><div>06 60 53 11 35</div>
</div>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Thibault Varacca<br>EFREI Promo 2014<br><div>06 60 53 11 35</div>
</div>
</blockquote></div><br></div></body></html>